...CUT&Tag技术:可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰
基于二代测序平台检测方法的另一个主要局限在于无法在单细胞水平上直接检测同一条DNA分子上相邻调控元件(例如相邻的启动子和增强子)是否存在相同组蛋白修饰或相同转录因子的共占位事件。此外,短读段也限制了其对染色质修饰进行单倍型分析的能力,而单倍型分析对于探究二倍体细胞中等位基因上调控元件间的相互作用及深入理解...
2024国自然热点—组蛋白乳酸化修饰在肿瘤研究中的思路
ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术,通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序,即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。CUT&Tag则利用Tn5转座酶...
...CUT&Tag技术,可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰
由于二代测序的读段较短(通常为单端150bp,双端300bp),对于检测基因组复杂区域的染色质修饰等表观基因组信息存在明显的局限性,尤其是基因组中的重复序列区域(在人类基因组中占52%,约1.56Gb;在小鼠基因组中占45%,约1.2Gb)、“黑名单”区域(在人类基因组中占3.0%,约91Mb(不包括着丝粒区域和rDNA...
一种新型染色质免疫共沉淀测序技术研发成功—新闻—科学网
该研究开发了一种新型染色质免疫共沉淀测序技术——aChIP技术,可普遍适用于植物经济器官。研究以油菜为例,首次解析了作物种子休眠和萌发过程中组蛋白修饰景观的动态变化及其潜在功能。染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)被认为是鉴定全基因组组蛋白修饰和染色质相关蛋白结合位点的金标准。由于作物经济器官通常具有坚硬...
中国发现人类早期胚胎发育组蛋白重编程规律
科技日报讯(记者乔地)郑州大学第一附属医院孙莹璞/徐家伟课题组、清华大学生命科学院颉伟课题组合作研究,揭示了人类早期胚胎发育组蛋白修饰重编程规律,发现人类早期胚胎发育染色质独特的亲本到合子表观基因组的转换模式,提出“表观基因组重启”模型。该研究成果近日在线发表在《科学》网站上。
Molecular Cell | 何川团队开发单碱基分辨度的6mA修饰二代测序...
总体而言,DR-6mA-seq作为一种单碱基分辨度的6mA修饰二代测序方法,是目前最便捷和可靠的6mA全基因组测定手段之一(www.e993.com)2024年10月17日。除此之外,它突破性地采用了人工修饰的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)作为区分修饰和未修饰碱基的有力工具,这一策略将来值得被运用在其他DNA和RNA共价修饰的检测上。
眼黑色素瘤组蛋白乳酸化与RNA甲基化修饰桥联调控机制
基于此,该研究首次揭示了在眼部黑色素瘤中,全局性m1A修饰特异性降低,这归因于组蛋白乳糖化增加了ALKBH3的表达。此外,研究人员还进行了全基因组蛋白质组学分析、转录组筛选和m1A甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq),发现ALKBH3可以去除SP100A上的m1A修饰并抑制其表达。重要的是,ALKBH3的沉默在体外和体内都对黑色素...
人早期胚胎发育的表观遗传调控(染色质组蛋白修饰+DNA甲基化
发育过程中组蛋白修饰图谱绘制落后于其他表观遗传标记,主要是因为组蛋白分析方法通常需要数千~数百万个细胞,因此与可用胚胎细胞数量匹配。同时也已经开发出需要更少样本的方法,例如low-input染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、CUT&RUN和CUT&Tag,并已被用于生成第一个人类胚胎和其他物种的组蛋白修饰图。
华中农业大学油菜团队开发aChIP技术揭示油菜干种子表观遗传调控新...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)技术广泛应用于鉴定全基因组组蛋白修饰和转录因子以及染色质修饰酶等染色质相关蛋白的结合位点,是表观基因组和功能基因组研究的核心技术之一。作物种子、果蔬果实和花卉林木等作物重要经济器官为人类提供必需的营养物质、工业原料和美学享受,是人类生存和文明发展的重要基础。然而,由于这些...
探索新前沿:乳酸化修饰在心血管疾病中的革新之路
作为大健康产业链上游创新引擎的科技服务事业部,以蛋白质组、修饰组、代谢及脂质组等质谱服务为核心,并延伸打造微生物、转录组等基因组以及单细胞蛋白、单细胞测序、空间转录组、空间代谢、空间蛋白等单细胞/空间多组学服务,已搭建出完整的创新型多组学平台。科技服务事业部在上海、浙江义乌两地设有近10000m2的实验室...