Nat Commun :原佳沛/张蔷/杨扬团队揭示基因启动子选择调控新机制
该研究针对puQTL研究领域的几个关键问题,包括puQTL研究的组织局限性、启动子选择与利用度计算方法的不足,以及puQTL对基因调控机制的不明确性,提出了创新性的解决方案。研究者们开发了一种新的方法,通过计算启动子的相对利用度来精确度量每个基因主要启动子的活性,从而简化了对基因可变启动子选择问题的研究。(Credit...
Nat Commun 丨原佳沛/张蔷/杨扬团队揭示基因启动子选择调控新机制
该研究针对puQTL研究领域的几个关键问题,包括puQTL研究的组织局限性、启动子选择与利用度计算方法的不足,以及puQTL对基因调控机制的不明确性,提出了创新性的解决方案。研究者们开发了一种新的方法,通过计算启动子的相对利用度来精确度量每个基因主要启动子的活性,从而简化了对基因可变启动子选择问题的研究。(Credit...
《科学》:暴增超80倍!哈佛/西奈山团队首次发现,产前发生的体细胞...
一种是在启动子附近活性TFBS上,CpG位点出现了CpG>GpG替换富集的体细胞单核苷酸变异(2),与预期的全基因组水平(0.083)相比,增加23倍多。值得注意的是,他们注意到,其中一个CpG>GpG替换(CpG颠换),位于GRN启动子附近。已经有研究表明,GRN单倍体缺乏会导致成人额颞叶痴呆和小儿神经元变性,在精神分裂症中也有报道GRN的...
水稻调控关键基因防御不同病原菌侵染
纹枯菌侵染水稻,能够增强该转录因子与抗病相关基因的启动子结合,抑制水杨酸和茉莉酸的生物合成和信号传导,减弱水稻的抗病性。稻瘟菌或白叶枯菌侵染,则能够增强该转录因子与乙烯响应因子启动子的结合,促进水杨酸和茉莉酸的生物合成和信号传导,增强水稻的抗病性。该研究揭示了水稻应对死体和活体病原菌侵染的不同调控机制...
西湖大学解明岐团队:创新的生物计算基因网络,或成糖尿病治疗新希望
因此,NS3a(H1)-GEMS的共表达TM系列-IL-6RBm(指定GEMSNS3a(H1))、GNCR1-宝石学TM系列-IL-6RBm(指定GEMSGNCR1型),由合成的STAT3特异性启动子驱动的报告基因表达载体,产生新的Gra诱导型BUF2开关,而类似的Gra-repressibleNOT2开关,包括ANR-GEMSTM系列-IL-6RBm(指定GEMS抗逆转录病毒),而不是GEMSGNCR1型...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
这些改进包括不基于oligo-dT的RNA富集方法,特异性富集3??或5??末端转录本的方法,使用UMIs区分PCRduplicates的方法,以及针对降解的RNA构建文库的方法(www.e993.com)2024年10月17日。这些方法的组合(也包括dRNA-seq和后面提到的分析其它状态的RNA的方法)允许研究者揭示由可变poly(A)(alternativepoly(A),APA),或选择性启动子(alternative...
通过对拟南芥基因表达的研究,揭示其他各类生物体的生存进化规律
根据噪声可塑性散点图,分别估算了含有和不含TATA启动子的基因组,在每个实验数据集(见表)中的噪声-可塑性相关性。分析结果显示,尽管具有TATA盒的基因组的相关系数较小,但这两个基因组中都存在明显的噪声——可塑性相关性。按照处理条件下的平均基因表达水平,把基因分成五组,分别是高(前20%的基因)...
同济大学张赫团队发表关于染色质拓扑相关结构域调控基因转录新...
TAD重构存在两种不同机制,即Intra-TAD(Mechanism1,CTCF促进启动子–CRE相互作用)或Inter-TAD(Mechanism2,CTCF阻碍启动子–CRE相互作用),在调控基因转录方面发挥着关键作用。Inter3D首先使用Hi-C和CTCFChIP-seq数据集来识别CTCF介导的TAD边界变化,并结合RNA-seq数据集识别出由CTCF结合变化和TAD重构调控的显著差异...
RNA靶向基因激活疗法
远端增强子元件通过染色体环与活性基因启动子的物理相互作用募集转录因子、染色质修饰物、中介复合体和RNA聚合酶II(PolII),导致转录激活。启动子区和增强子的双向转录分别产生非编码启动子RNA(pRNA)和增强子RNA(eRNA)。从蛋白质编码基因座、反式作用的长非编码RNA(lncRNA)、pRNA和eRNA的反义链转录的天然反义转录物...
高速发展|全球已上市54款基因治疗药物
备注:Roctavian(valoctocogeneroxaparvovec)是以AAV5为载体,使用人源肝特异性启动子HLP驱动Bdomain删除了的人凝血因子八(FVIII)的表达。欧盟委员会批准valoctocogeneroxaparvovec上市的决定是基于该药物临床开发项目的整体数据,其中,III期临床试验GENEr8-1结果显示,与入组前一年的数据相比,单次输注val...