ByteDance Research登Nature子刊:AI+冷冻电镜,揭示蛋白质动态

CryoSTAR是首个成功在冷冻电镜实验数据上应用蛋白质原子结构模态先验的方法，方法的主要特点有：结合蛋白质结构先验知识：CryoSTAR方法创新性地利用原子模型信息作为结构正则化来解决冷冻电镜数据中的构象动态问题，这与以往大多数仅从计算机视觉角度处理问题的方法不同。它要求一个初始原子模型作为参考，将其结构信息用于...

...食品中的应用——戊糖乳杆菌调控花生蛋白分子结构及凝胶特性规律

随着发酵微环境的改变,球蛋白内部基团更活跃,蛋白结构展开程度最大,而花生分离蛋白、伴花生球蛋白发酵后游离巯基含量降低是由于在发酵过程中,新展开的蛋白界面不稳定,暴露出的巯基与氧气结合形成了二硫键,巯基重新被包埋,从而使表面巯基含量降低。结果表明,发酵处理可在一定程度上促使花生蛋白组分空间构象发生改变,生成聚...

想改造蛋白质?交给人工智能吧

值得一提的是,功能标签是该模型的“独门秘笈”,借助它可以为蛋白质序列与前文提到的热稳定性、活性、亲和力、衰减耐受性等功能找到合理的对应方式。此前AlphaFold2预测蛋白质结构一鸣惊人,就是因为它完美实现了蛋白质序列到结构的对应,而蛋白质序列到功能的良好对应有助于蛋白质实现更优异功能,可谓改造蛋白质的“胜负...

tdTomato荧光蛋白质结构和特点,荧光峰值波长,荧光蛋白的定制

结构:tdTomato是由233个氨基酸组成的蛋白质,具有β-桶结构,内部包含荧光色团。与其他红色荧光蛋白相比,tdTomato在温度和酸碱条件下都相对稳定。荧光特性:tdTomato的荧光峰值波长约为581纳米,适合用于红色荧光成像和实验。tdTomato常被用作细胞标记的荧光标记物,在活细胞成像和追踪实验中发挥作用。tdTomato可以用作报...

单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法

蛋白质结构相比于序列往往被认为更加具有信息量,因为其直接决定了蛋白质的功能。而随着AlphaFold2带来的巨大突破,大量的预测结构被发布出来供人研究使用,如何利用这些蛋白质结构来训练强大且通用的表征模型是一个值得研究的方向。西湖大学的研究人员利用Foldseek来处理蛋白质结构,将其编码成一维的离散token,并与传统的...

...Ⅲ型人源化胶原蛋白具备164.88°柔性三螺旋纤维网结构等三大特点

(1)氨基酸序列重复单元与人体Ⅲ型胶原蛋白核心功能区一致,不含非人胶原蛋白氨基酸序列,无免疫原性;不启动细胞通路,通过细胞外环境,支持成纤维细胞合成胶原蛋白和透明质酸,安全性高;(2)具有164.88°柔性三螺旋纤维网结构(这是胶原蛋白的基本结构),同时具有高水溶性;(3)可以自组装成胶原蛋白纤维网,对受损组织、细胞起...

上海应用技术大学2025考研招生入学考试大纲:846食品化学

4.掌握蛋白质的乳化性、凝胶性和水化性等加工学特性及其对食品品质的影响,控制方法5.了解常见食品蛋白质的特点及其在食品工业上的具体应用第四章碳水化合物单糖及其食品化学反应,低聚糖结构、性质及食品化学反应,多糖的结构及性质,多糖的加工学特性。

AI又一突破!填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发病机制

IDPs是一种无法折叠成稳定或有序三维结构的蛋白质,被认为在健康系统和各种疾病的病理生理学中都具有重要的生物学意义。与折叠的蛋白质不同,IDPs的特点是高度无序、局部移动性和高动态性,对现有预测工具而言尤其具有挑战性。这项研究不仅在理论上提出了新的设计方法,还通过实验验证了设计的IDPs变体,并使用机...

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。

填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来

造成现有模型难以预测动态构象分布的主要原因是,蛋白质结构数据集仅有实验解析的单一静态结构或结合态结构,结构数据集的偏置导致了模型难于预测真实的分布。另一方面,物理知识的缺失导致模型无法模拟分子动力学行为,从而与真实世界对齐。在此,来自字节跳动ByteDanceResearch的研究人员提出了一种物理信息引导的蛋白质构象...