Cell丨张锋团队揭示真核基因编辑器Fanzor的结构多样性和DNA切割机制
通过对同源蛋白家族的模型分析,研究团队还发现这个Lid区域在所有Cas12、TnpB和Fanzor家族蛋白中都可能存在构象适应性,暗示了一种广泛存在的RNA引导核酸内切酶活性的激活机制。模式图(Credit:Cell)总体而言,作者通过来自不同物种以及不同DNA结合构象的Fanzor蛋白结构分析,揭示了该家族蛋白的分子多样性,并揭示了Fanzor蛋...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
因为目前缺少大标度高精度的蛋白质互作序列数据库供互作MSA的直接搜索,如何从单体MSA构造有效的互作MSA、进而产生高精度蛋白质复合物结构预测仍然是一个巨大的挑战。图3.通过合理拼接单体MSA构建复合物MSA,进而预测蛋白质复合物结构。在这项研究中,张阳团队基于他们此前开发的DeepMSA迭代MSA构建算法,提出了改进版的...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
造成现有模型难以预测动态构象分布的主要原因是,蛋白质结构数据集仅有实验解析的单一静态结构或结合态结构,结构数据集的偏置导致了模型难于预测真实的分布。另一方面,物理知识的缺失导致模型无法模拟分子动力学行为,从而与真实世界对齐。在此,来自字节跳动ByteDanceResearch的研究人员提出了一种物理信息引导的蛋白质构象...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
通过直接比较两个聚类集(参考与ED蛋白质聚类集),我们发现ED蛋白质聚类集中至少有3个成员的聚类集增加了14倍以上,至少有25个成员的聚类集增加了3倍以上,至少有50和75个成员的聚类集增加了2倍左右,至少有100个成员的聚类集也有所增加(表1)。虽然与参考基因组相比,宏基因组的序列...
追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?
淀粉样蛋白支架:阿尔茨海默病的新病因DTI扫描可帮助识别可能长期受脑震荡影响的患者中等强度自愿运动显著提升认知反应时间█神经技术折纸启发的新型脑电极,减少手术创口提高安全性可生物降解电子帐篷技术,将大脑疾病诊断推进至无创领域电动对流增强递送技术为大脑药物精准输送带来新突破...
专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...
通过蛋白质组或转录组等组学数据,我们可以更全面地理解细胞的微环境和疾病产生的原因,这对于临床治疗和疾病机制的研究具有重要意义(www.e993.com)2024年9月7日。与AlphaFold等关注单个蛋白质结构的技术相比,我们的研究更侧重于整个细胞和微环境的系统性分析,这使得我们的工作更接近临床应用和疾病机制的探索。雷峰网:虽然是三个论文成果,但...
通过功能优先、人工智能引导的生成模型 Chroma 重塑蛋白质设计
美国GenerateBiomedicines的研究团队介绍了Chroma,一种蛋白质和蛋白质复合物的生成模型,可以直接对新的蛋白质结构和序列进行采样,并且可以进行调节以引导生成过程实现所需的特性和功能。为了实现这一点,研究人员引入了一种尊重聚合物整体构象统计的扩散过程,这是一种分子系统的有效神经架构,它能够通过次二次缩放、根...
Trends in Neurosci综述:张振涛团队总结蛋白质相互作用调控α...
α-Syn可以与细胞内其他蛋白质发生多样且复杂的相互作用,形成具有不同结构和毒性的毒株(Strain),导致不同的疾病表型。因此,蛋白间相互作用的多样性以及“交叉接种”可能是导致疾病异质性的重要原因。3α-Syn与微生物蛋白质的相互作用某些微生物蛋白能够在特定条件下形成聚集体,包括大肠杆菌的Curli、酵母菌淀粉样...
专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学
通过蛋白质组或转录组等组学数据,我们可以更全面地理解细胞的微环境和疾病产生的原因,这对于临床治疗和疾病机制的研究具有重要意义。与AlphaFold等关注单个蛋白质结构的技术相比,我们的研究更侧重于整个细胞和微环境的系统性分析,这使得我们的工作更接近临床应用和疾病机制的探索。
Nature Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构...
在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组学级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的...