填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
造成现有模型难以预测动态构象分布的主要原因是,蛋白质结构数据集仅有实验解析的单一静态结构或结合态结构,结构数据集的偏置导致了模型难于预测真实的分布。另一方面,物理知识的缺失导致模型无法模拟分子动力学行为,从而与真实世界对齐。在此,来自字节跳动ByteDanceResearch的研究人员提出了一种物理信息引导的蛋白质构象...
Cell | 结构之美:探索结构生物学的真相与幻象
重组蛋白质通常在体外表达和纯化,这可能会导致缺乏或错误的翻译后修饰,如磷酸化和糖基化,这些修饰在调节蛋白质功能中扮演着关键角色。此外,体外环境缺少细胞内的相互作用网络,这可能会影响蛋白质的结构稳定性和活性。因此,虽然重组蛋白提供了一个便利的工具,但它们的使用需要谨慎,以避免对蛋白质功能的误解。结构生物...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的结构生物学实验手段获得。近年来,随着AlphaFold2等AI和深度学习算法在蛋白质结构预测问题上的成功,通过计算手段获得高质量的蛋白质及复合物结构已经成为可能。但是,目前绝大多数AI算法都是通过对已知蛋白结构和基...
...多尺度研究院马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构...
这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败问题。研究人员介绍,生物大分子的许多重要功能是通过其高度的柔性特质来完成的,但柔性也是负面影响结构测定精度的主要因素。在处理冷冻电镜数据的过程中,生物大分子结构柔性引起的构象多样性使得从单个样本中获取...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释,并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型,揭示了新的结构。总之,我们的研究结果揭示了一个极其多样化的功能空间,突出了进一步探索微生物功能暗物质的重要性。-正文-...
这家融资7亿美元的AI制药公司发表Nature论文,推出生成式AI蛋白质...
该研究开发的生成式人工智能模型Chroma,能够在外部约束条件下从头设计蛋白质,这些约束条件涉及对称性、亚结构、形状,甚至自然语言提示(www.e993.com)2024年7月10日。研究团队对310个由Chroma生成的蛋白质进行了实验表征,结果显示,这些生成的、自然界不存在的蛋白质可以表达、折叠,并具有良好的生物物理特性。
准确性比AlphaFold2高6倍,BasecampAI模型,蛋白结构预测新突破
与现有公共数据相比,该数据集中捕获的蛋白质序列多样性更高,在AlphaFold2的推理过程中通过MSA补充将这一数据优势应用于蛋白质折叠问题。BaseFold在CASP15和CAMEO的目标上超过了传统的AlphaFold2性能,其中60%显示pLDDT得分有所提高,RMSD值降低了高达80%。最重要的是,预测结构质量的提高...
Trends in Neurosci综述:张振涛团队总结蛋白质相互作用调控α...
α-Syn可以与细胞内其他蛋白质发生多样且复杂的相互作用,形成具有不同结构和毒性的毒株(Strain),导致不同的疾病表型。因此,蛋白间相互作用的多样性以及“交叉接种”可能是导致疾病异质性的重要原因。3α-Syn与微生物蛋白质的相互作用某些微生物蛋白能够在特定条件下形成聚集体,包括大肠杆菌的Curli、酵母菌淀粉样...
Nature Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构...
在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组学级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的...
《食品科学》:哈尔滨工业大学王振宇教授等:食源性蛋白酪氨酸磷酸...
IR与胰岛素结合后使IR催化结构域发生自磷酸化,引起IRS1和IRS2的多个酪氨酸残基磷酸化,进而激活磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和蛋白激酶B(PKB)/Akt通路,随后葡萄糖转运蛋白4(GLUT4)转移至细胞表面,促进细胞的葡萄糖摄取。被激活的Akt还通过抑制糖原合成酶激酶3(GSK3)的活性来刺激糖原合成。PTP1B使磷酸化的IR和IRS1去...