中国科大张凯铭团队解析人源m6A甲基化酶复合物冷冻电镜结构
再通过调低冷冻电镜密度阈值,借助已解析的METTL3/14核心晶体结构和锌指溶液结构1-4,搭建出了MAC-MACOM复合物中两个亚基的相对空间关系(图3b,同时通过分析s4U标记的RNA底物与MAC-MACOM复合物的交联质谱结果,确定了RNA底物在MAC-MACOM复合物上的结合区域,提出了可能的m6A甲基化酶复合物修饰RNA底物的作用模型(图3c)。
中国科大揭示Rpd3S/HDAC结合和催化核小体底物的分子机制
该研究解析了酵母Rpd3S/HDAC全酶复合体结合特定修饰核小体底物的复合物结构,首次发现完整的天然底物H3尾巴(1-24aa)结合在Rpd3S底物结合口袋,且H3K18残基的侧链朝向催化中心待催化;阐明了Rpd3S底物特异性的结构基础以及通过构象变化实现多位点催化的机制,尤其是Rco1亚基在核小体结合和位点特异性催化中起着关键作用,...
困扰科学界数十年 “红色万能酶”全长结构终被破解
“我们经过研究发现,整个P450酶的三个组成部件,从基因序列的排序依次为:血红素结合区—还原酶结构域—铁氧还蛋白结构域。这三个区域各带有一个辅因子,三个辅因子成为P450酶内部电子传递的中转站。电子传递就像送快递一样,需要经过几个中转站。”陈纯琪介绍,晶体结构显示,血红素结合区和还原酶分别位于整个蛋白质的两...
...组发现一类广泛存在于病原菌中的新型D-E家族ADP-核糖基转移酶
CteC的底物识别结构域,主要通过疏水相互作用特异性结合泛素的I44区域。CteC的酶活结构域以一种非经典的half-ligand结合方式,结合配体分子NAD+的磷酸基团和烟酰胺基团。CteC通过底物识别结构域识别泛素后,发生构象变化,从而靠近泛素第66位苏氨酸(T66),并利用催化氨基酸D134和E220介导NAD+的切割,最终将ADP-核糖基团...
...西北农林科技大学罗安伟副教授等:没食子酸对α-淀粉酶和α...
如图2B所示,不同底物质量浓度所对应直线相交在第2象限,与纵坐标截距变大,与横坐标截距变小,可知Km值增大,而Vmax呈下降趋势,表明没食子酸以混合竞争方式抑制α-葡萄糖苷酶,能与底物竞争α-葡萄糖苷酶的活性中心结合位点。这与阿卡波糖对α-淀粉酶和α-葡萄糖苷酶抑制作用类型分别为混合竞争性抑制和竞争性抑制...
关文强教授等:可溶态和膜结合态双孢蘑菇多酚氧化酶的分离纯化及酶
sPPO和mPPO对底物邻苯二酚的酶促动力学曲线结果如图4所示,从拟合的Michaelis-Menten函数得出,sPPO的Km为8.85mmol/L,Vmax为1196U/(mL·min),mPPO的Km为5.07mmol/L,Vmax为3120U/(mL·min)(www.e993.com)2024年7月19日。由此可知,mPPO跟邻苯二酚结合能力更强,褐变反应速度更快。这些结果说明PPO与某一底物间的亲和力与催化活性可能与...
中国科大揭示人类超长链脂酰辅酶A跨膜转运蛋白ABCD1的底物识别与...
两个底物分子以一种独特的结合模式结合在两个TMD上:每个C22:0-CoA分子的3'-磷酸-ADP部分结合在一个TMD的富含正电荷的极性口袋中,泛巯基乙胺部分跨越两个TMD之间的空腔,使得后续的脂酰基链插入到另一个TMD与过氧化物酶体膜形成的疏水口袋中。两个底物分子以二重对称的方式结合在TMD上,生化分析结果表明这两个底物...
干货| 酶切实验切开 or 切不开,真的是玄学吗?
??底物DNA在扩增过程中引入了突变,突变可能破坏已知的识别位点或创造出新的酶切识别位点,从而产生错切条带。可对模板DNA测序判断是否突变。-酶与模板DNA结合-??部分限制性内切酶(如FokⅠ,TauⅠ)可能会与DNA结合,导致电泳时出现明显的凝胶迁移,使用含SDS的上样染料,加热使酶从切割的DNA上解离开。
Nature Chemical Biology:类胡萝卜素裂解酶趋同进化生成视觉发色团
结果显示,胡萝卜素底物特异性和裂解区域选择性是通过近端活性位点区域的多个残基来实现的。与NdCCD相比,NinaB近端活性位点的体积大大增加,这使得β-ionone分子能够穿过活性位点空腔,到达催化相关的结合位置。该实验观察到NinaB酶中五个不同位置上的单个氨基酸取代可显著改变催化的异构产物。
科学家研发光酶协调催化策略,两步反应即可合成化合物
此外,课题组还发现立体互补酶可以获得产物的两种对映体。机理研究表明:Ru(bpy)32+与蛋白质的结合,有助于将自由基的形成和终止,定位到酶的活性位点。最初,该团队设想直接利用激发态的黄素,来氧化氨基酸类型的底物,从而生成自由基物种。然而,蛋白骨架的氨基酸侧链例如酪氨酸、色氨酸或半胱氨酸,同样可能被氧化...