中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而最...
...Plants|蛋白|细胞|互作|染色质|结构域|dna_网易订阅
然而葫芦科植物黄瓜的ADCP1同源蛋白(CsaADCP1)的Agenet结构域后面具有一个潜在的HMG结构域和两个AT-hook基序(图1)。因此从蛋白质结构上看,CsaADCP1蛋白类似于拟南芥ADCP1和HMGA两个蛋白在进化上发生融合而形成的嵌合蛋白。通过实验发现,CsaADCP1蛋白中长段的无序区决定了其相变能力,促进了染色中心的形成。进一...
Cell | 傅天民团队报道DdmDE系统清除质粒的分子机制
DdmE包含所有Argonaute蛋白的典型结构域,包括N、L1、PAZ、L2、MID和PIWI结构域,以及一个额外的DID结构域,可以加强与DdmD的相互作用。3.DdmE是一个无核酸酶催化活性的、由DNA引导识别靶向DNA的Argonaute类蛋白,且偏好于结合5’磷酸化修饰的、长度小于14个核苷酸的引导DNA(guideDNA)。4.在guideDNA的引导下,D...
Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...
蛋白质由基序(motif)和结构域(domain)组成,类似于蛋白质世界的「单词」和「短语」。基序和结构域的各种组合与重复构建了更加复杂的结构,从而决定蛋白质的生物功能,类似于人类语言中句子传达的含义。除了结构层次的相似性,蛋白质和人类语言还有另一个关键的相似点——「信息完整性」。这意味着从信息论的角度来看...
【科技日报】Lon蛋白酶完整三维结构获解析 有助理解相似酶结构
LonAAA+蛋白酶(LonA)是一种在原核生物和真核生物细胞器中保守的ATP依赖性蛋白酶。LonA组装为同源六聚体,每个单体都包含一个N端结构域、一个中间ATP酶结构域和一个C端蛋白酶结构域。LonA通过降解受损或错误折叠的异常蛋白质在细胞蛋白质稳态中发挥重要作用,从而防止这些不需要的蛋白质种类形成有毒聚集体。LonA还...
西湖大学施一公团队合作再取重大进展|蛋白|细胞|亚基|位点|结构域...
它被称为多囊蛋白-粘脂蛋白结构域(PMD)、多囊蛋白结构域或多囊蛋白的四方开放结构域(TOP)(www.e993.com)2024年9月16日。研究人员将其称为TOP域,因为这个名称暗示了它在结构中的位置(在通道孔之上)。来自四个亚基的TOP域相互作用并组装成一个甜甜圈状结构,中心有一个大洞。在PC2的冷冻电镜结构中,TOP结构域与外孔以及S3和S4之间的连接物形成...
Science:刘如谦团队开发全新靶向蛋白降解系统,快速精准清除细胞内...
刘如谦团队聚焦于锌指结构域,这是一种已知与分子胶结合的CRBN相关蛋白质基序。通过PACE系统进行数百代的迭代进化,研究团队获得了一种全新的锌指结构域,其肽链短至36个氨基酸,称为SD40。SD40可以与PT-179、CRBN形成三元复合物,启动融合靶蛋白的降解,无论它位于靶蛋白的N端还是C端。
...团队合作揭示,索式梭菌出血毒素识别其宿主受体TMPRSS2的结构基础
研究者们首先在枯草芽孢杆菌系统中表达了全长TcsH蛋白,并在E293F细胞中分泌表达了TMPRSS2的胞外域TMPRSS2ECD,将两者稳定复合后利用冷冻电镜单颗粒三维重构技术解析了该复合物的三维结构。TcsH的核心区域(图2b,d)分辨率达到了3.2A??,其CROPs结构域向下弯折通过CROPs中后部的结构单元-IV与DRBD结构域桥接形成“...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
与单结构域蛋白结构相比,多结构域蛋白的建模似乎长期以来一直被该领域所忽视。为了引起人们对这个问题的关注,CASP在CASP14之后增加了域间预测评估。AlphaFold2对多结构域蛋白的预测精度不如对单个结构域的预测精度好。域间取向的预测是一个更具挑战性的问题。蛋白质在执行其功能时经常发生结构变化,特别是对于结构域...
“一网多击”——巨型聚类算法工具发现多个稀有的CRISPR系统
β-CASP结构蛋白广泛存在,具有RNA酶活性,在有些情况下也具有DNA酶活性。β-CASP结构域蛋白在DNA非同源重组修复、V(D)J重排,以及多个RNA质量控制、代谢过程发挥作用。AlphaFold2结构分析揭示此β-CASP蛋白有两个结构域:N端β-CASP结构域和位于C端衔接结构域。C端衔接结构域和Cas10蛋白C端存在结构相似,但...