中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...

LonAAA+蛋白酶(LonA)是一种在原核生物和真核生物细胞器中保守的ATP依赖性蛋白酶。LonA组装为同源六聚体,每个单体都包含一个N端结构域、一个中间ATP酶结构域和一个C端蛋白酶结构域。LonA通过降解受损或错误折叠的异常蛋白质在细胞蛋白质稳态中发挥重要作用,从而防止这些不需要的蛋白质种类形成有毒聚集体。LonA还...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

刚发Cell,又登Science!张锋团队连日重磅论文,两大领域迎来突破

研究团队发现,Fz1中额外的REC结构域结构对加载到RuvC结构域上的靶DNA的R-loop稳定有贡献。REC结构域对DNA解旋机制和R-loop调控的适应,可能对Fanzor蛋白在真核细胞复杂染色质环境中的功能至关重要。总之,这些研究揭示了Fanzor蛋白的作用机制、加深了对这类蛋白的理解,也为开发更强大的基因编辑工具奠定了基础。基因...

Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...

蛋白质由基序(motif)和结构域(domain)组成,类似于蛋白质世界的「单词」和「短语」。基序和结构域的各种组合与重复构建了更加复杂的结构,从而决定蛋白质的生物功能,类似于人类语言中句子传达的含义。除了结构层次的相似性,蛋白质和人类语言还有另一个关键的相似点——「信息完整性」。这意味着从信息论的角度来看...

为什么说想了解AI+合成生物学,必须先搞懂蛋白质?

而2018年,Deepmind带着AlphaFold首次参赛CASP13,并在98名参赛者中名列榜首,准确地从43种蛋白质中预测出了25种蛋白质的结构。“这是人工智能对科学领域*的一次贡献,也是人类在21世纪取得的最重要的科学突破之一”生物物理学家、西湖大学校长施一公对AlphaFold给予了高度评价。

生物生命活动驱动者——与人类健康息息相关的分子马达(一)

驱动蛋白作为体积最小的分子马达,运动结构域仅为肌球蛋白的三分之一和动力蛋白的十分之一(www.e993.com)2024年11月9日。更小的运动结构域有利于科学家对驱动蛋白运动的结构和功能进行分析研究,因此对驱动蛋白实验探究和运动分析的研究课题极为丰富。线性分子马达通常结合在细胞骨架上运动,并参与细胞移动、分裂等细胞活动。它们的蛋白质结构中都...

...郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性及其体内代谢研究进展

PAS6/7作为MFGM中最多的蛋白质,又称乳脂肪表皮生长因子,作为一种亲脂性糖蛋白附着在MFGM表面,在乳小管顶端的分泌细胞处富集,由364个氨基酸组成。乳凝集素家族目前有6个成员,均含多种表皮生长因子样结构域和C样结构域。在机体内,PAS6/7参与了一系列细胞生命活动的改变,包括细胞分化、增殖和凋亡。

Nature | 蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质...

折叠蛋白质的读取示例:图a展示了使用PASTOR技术对折叠蛋白质结构域进行连续读取的实验设计。研究者选用了绿色荧光蛋白(GFP)作为实验对象,GFP具有稳定的β折叠结构,其紧密的折叠状态对蛋白质解折和测序带来了挑战。通过引入ClpX解折酶,PASTOR技术能够逐步解折GFP的结构,并通过纳米孔测序检测其电流信号。

疟原虫和弓形虫微孔的蛋白质组成及其潜在机制

其中,Kelch13可能作为一个适配器起作用,它包含一个Kelch结构域和一个BTB/POZ结构域。含有这些结构域的蛋白质在其他真核生物中通常参与将待降解的蛋白质呈递进行泛素化。Kelch13的这些结构域可能也通过类似的机制来发挥功能。第二个蛋白UBP1已知是Kelch13的关键互作蛋白[5,7,8],且与青蒿素抗药性相关[9]...

AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学

用上文提到的两种方法都可以成功得到AdK的变构路径。如图3C所示,用Lid、NMP两个结构域与Core结构域分别所成的夹角来衡量变构路径,所预测的变构路径与实验及分子模拟结果一致。该方法甚至可以根据需求而给出蛋白质不同于变构路径的独特结构,相关的探索对蛋白理性设计问题具有重要参考意义。