分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以提供关于功能域...
中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...
之前研究发现4.1G蛋白C端结构域与NuMA蛋白C端区域之间存在相互作用,但缺乏明确的结构机制,难以确定该C端结构域所识别的氨基酸序列特性。在该研究成果中,作者先用基于二氢叶酸还原酶的蛋白质互补分析体系来高效检测无序片段间的相互作用,系统研究了位点突变和截短对互作的影响,发现实验结果与AlphaFold2预测的α/β型...
中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...
结构分析表明,apo-formABCC3结构呈现向细胞质基质开口(inward-facing)的构象:两个核苷酸结合结构域(NBD)彼此分开,两个跨膜结构域(TMD)形成一个朝向细胞质基质开放的“V形”底物转运通道。与经典的ABC转运蛋白不同,其N端有一个额外的五股跨膜螺旋组成的TMD0结构域。TMD0的五股跨膜螺旋聚拢在一起,形...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
LonAAA+蛋白酶(LonA)是一种在原核生物和真核生物细胞器中保守的ATP依赖性蛋白酶。LonA组装为同源六聚体,每个单体都包含一个N端结构域、一个中间ATP酶结构域和一个C端蛋白酶结构域。LonA通过降解受损或错误折叠的异常蛋白质在细胞蛋白质稳态中发挥重要作用,从而防止这些不需要的蛋白质种类形成有毒聚集体。LonA还...
Science:刘如谦团队开发全新靶向蛋白降解系统,快速精准清除细胞内...
刘如谦团队聚焦于锌指结构域,这是一种已知与分子胶结合的CRBN相关蛋白质基序。通过PACE系统进行数百代的迭代进化,研究团队获得了一种全新的锌指结构域,其肽链短至36个氨基酸,称为SD40。SD40可以与PT-179、CRBN形成三元复合物,启动融合靶蛋白的降解,无论它位于靶蛋白的N端还是C端。
将PROTAC与分子胶结合!新一类蛋白降解剂登上《自然》
这一新发现引入了一种新的靶向蛋白质降解模式,该模式通过桥接顺式蛋白质结构域来增强与E3连接酶的表面互补性,从而实现高效的泛素化和降解(www.e993.com)2024年9月16日。“到目前为止,我们发现导致靶向蛋白质降解的药物往往是偶然的。然而,随着我们对这一系统的了解越深入,我们就越接近能合理地设计这类药物。”GeorgWinter研究小组的博士后研究...
为什么说想了解AI+合成生物学,必须先搞懂蛋白质?
目前AlphaFold2已经预测出了约20000种人类基因组蛋白质,覆盖几乎整个人类蛋白质组(98.5%的人类蛋白)。一石激起千层浪,后AlphaFold2时代浪潮席卷而来,蛋白质结构领域多样化的AI探索如泉水般涌现。同年BrunoE.Correia团队基于并行约束逻辑,编程出蛋白质拓扑预测模型TopoBuilder,能够从二级结构分配和拓扑折叠规则中预测蛋...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
CASP主要通过结构域来评估蛋白质,并更多地关注蛋白质结构域的建模准确性。然而,蛋白质通常作为一个完整的单链结构来执行其功能。与单结构域蛋白结构相比,多结构域蛋白的建模似乎长期以来一直被该领域所忽视。为了引起人们对这个问题的关注,CASP在CASP14之后增加了域间预测评估。AlphaFold2对多结构域蛋白的预测精度不...
生物生命活动驱动者——与人类健康息息相关的分子马达(一)
驱动蛋白作为体积最小的分子马达,运动结构域仅为肌球蛋白的三分之一和动力蛋白的十分之一。更小的运动结构域有利于科学家对驱动蛋白运动的结构和功能进行分析研究,因此对驱动蛋白实验探究和运动分析的研究课题极为丰富。线性分子马达通常结合在细胞骨架上运动,并参与细胞移动、分裂等细胞活动。它们的蛋白质结构中都...
由lncRNA NEAT1结构域指定的外壳蛋白组成决定旁斑形成
2023年11月6日,《自然—细胞生物学》杂志发表了日本科学家的一项最新研究成果。大阪大学TetsuroHirose等研究人员合作发现,由lncRNANEAT1结构域指定的外壳蛋白组成决定作为独特无膜细胞器的旁斑形成。研究人员报道了由NEAT1_2长非编码RNA搭架的具有核壳结构的旁斑作为不同无膜细胞器(MLO)存在的分子机制。研究人员...