实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...

纵观其研究进程,AlphaFold的面世是一个里程碑式突破,能够预测单个蛋白质的空间三维结构,为研究蛋白质–配体相互作用提供了结构基础。但AlphaFold只能预测蛋白质在一个瞬间的静态结构,未能实现蛋白质结构动态变化的预测。当使用AlphaFold预测的无配体蛋白质结构作为对接进行输入时,所得到的配体位置预测往往与配体结合...

Nature亮点丨David Baker让蛋白质从头设计“飞入寻常百姓家”

综合运用各学科的技术手段,确保获得比天然蛋白质性能更加优越的新型蛋白质,它即可以通过改造已知结构的天然蛋白质分子上的氨基酸残基以研究和改善蛋白质的性质和功能;也可以对来源不同蛋白的结构域进行拼接组装以转移相应的功能,从而获得具有新特点的蛋白质分子;同时还可以完全从头设计全新的蛋白质,使之具有特定的空间结构...

Nature Methods:基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动临床...

通过对变异映射到PDB和AlphaFold三维结构的详细统计,展示了G2P平台在变异功能分析中的应用,为研究者提供了精确的蛋白质结构功能分析工具,尤其是在分析遗传变异如何影响蛋白质结构和功能方面具有重要意义(Credit:NatureMethods)变异映射到三维结构的比例:gnomAD数据库:大约90%的gnomAD变异成功映射到PDB或AlphaFold结构上...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

这些蛋白质特征包括活性位点(activesite)、结合位点(bindingsite)、DNA结合区域(DNA-bindingregion)、结构域(domain)等。数据显示,ClinVar数据库中具有致病/可能致病(P/LP)错义变异的数据集中,活性位点的丰度最高,表示这些变异更有可能出现在功能重要的蛋白质区域。相比之下,gnomAD中的常见变异(commonvariants)则...

...非变性纳米蛋白质组学捕获内源性心肌肌钙蛋白复合物的结构和...

这里分别将与1、2和3个Ca2+结合的TnC隔离出来进行CAD碎裂(m/z分别为2312、2316和2321),可以更准确地将结构域III、II和IV的序列分别定位到113DLD115、141DKNND145和73DFDE76(图4c),表明非变性纳米蛋白组学方法在定位非共价金属结合方面具有高分辨能力。

...Acids Res. | m-AMSA抗非洲猪瘟病毒pP1192R双功能机制的结构基础

在本项研究中,作者展示了pP1192R的atp酶结构域的晶体结构,并测定了pP1192R全长在多个酶活性阶段、载脂蛋白和DNA切割状态下的冷冻电镜(cryo-EM)结构,从结构上定义了这种进化上独特的TopoII,并全面揭示了病毒TopoII调节DNA拓扑变化的结构基础(www.e993.com)2024年11月8日。非洲猪瘟病毒(ASFV)II型拓扑异构酶(TopoII)pP1192R是已知的...

国内首家!独特结构的弹性蛋白出现了!

典型如先进再生医学开发的独家二级结构折叠技术,该公司研发团队借助于领先的AlphaFold3技术,对弹性蛋白的结构进行了广泛的解析预测与深入研究,同时引入PyMOL进行分子模拟和结构可视化,并通过实施定点突变技术等,最终成功设计制备出具有仿生天然弹性蛋白弹性关键结构域的三维交错构型嵌合的β-螺旋“类弹簧”结构。

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

圆二色光谱(简称CD),或红外(傅里叶变换红外(FourierTransformInfrared,FTIR)光谱),是应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法,是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单的方法。圆二色谱法诞生于20世纪60年代,其原理是利用左、右两束偏振光透过具有手性结构的生物大分子等活性介质,获得的圆二色谱来分析其结构特点...

Cell:整合效率超 60%!中国科学院李伟/周琪等破解数十年难题,实现...

通过预测R2Tg蛋白三维结构和进化信息,对关键氨基酸定点突变(Q955R,Q1062R,G1098R,andP1105R),改造与核酸结合或加工相关的小蛋白结构域等方式,成功提高了R2系统的活性,最终获得了在人细胞系中超过20%基因整合效率的en-R2Tg工具。简而言之,R2蛋白可以从多个角度进行工程设计,以提高其基因整合...

Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...

蛋白质是一种「语言」自然语言由单词、短语、句子等不同层次的模块组成,蛋白质的「语言」也是类似的情况。蛋白质由基序(motif)和结构域(domain)组成,类似于蛋白质世界的「单词」和「短语」。基序和结构域的各种组合与重复构建了更加复杂的结构,从而决定蛋白质的生物功能,类似于人类语言中句子传达的含义。