他们用AI破译蛋白质结构“密码”
美国华盛顿大学科学家戴维·贝克因在蛋白质设计方面的贡献,荣获该奖项一半的奖金;另一半奖金则由谷歌“深度思维”公司创始人、英国科学家德米斯·哈萨比斯和该公司美国科学家约翰·江珀共享,以表彰他们在蛋白质结构预测方面的成就。诺贝尔化学奖委员会主席海纳·林克指出,今年的诺贝尔化学奖如同“双花并蒂”,他们一方面用计...
他们用AI破译蛋白质结构“密码”——三位科学家分享2024年诺贝尔...
“阿尔法折叠3”能够更准确预测不同大分子之间复合物的结构,以及大分子、小分子和离子之间的相互作用。能够预测蛋白质结构并设计全新蛋白质,是科学赐予人类最美好的礼物之一。科学家迎来AI黄金时代张梦然在2024年最后一个诺贝尔自然科学奖项公布后,诺贝尔化学奖和物理学奖同时垂青AI领域研究者受到世人瞩目。这是AI...
2024化学诺奖得主David Baker:从头设计蛋白的“上帝之手”,用开源...
而蛋白质可以看做是一种自然界的语言,Baker希望通过Rosetta这个软件来解决把蛋白质的序列翻译成结构的难题。在华盛顿大学,DavidBaker开始研究开发一套能够根据序列预测蛋白质结构的软件。图源:httpssites.uw.edu/biochemistry/faculty/david-baker/当然,Baker并不是唯一这么想的科学家。随着人类基因组计划的进...
David Baker:从头设计蛋白的“上帝之手 ”,极大地推动了蛋白质...
他决定将主要精力用于开发一套能够根据序列预测蛋白质结构的软件。这就有了后来大名鼎鼎的Rosetta系列软件。Rosetta的名字来源于古埃及的罗塞塔石碑,这块石碑上同时刻有古埃及象形文字、世俗体文字和古希腊文三种不同语言的文本,这使得人们得以通过对照不同语言的内容,破译了古埃及象形文字,从而打开了古埃及文明的大门...
AI凭啥又得奖?就凭它半小时干完了几年的活
Rosetta:制造全新的蛋白质与两位人工智能研究者分享诺奖的是生物化学家大卫·贝克(DavidBaker),他的研究成果是利用计算机软件从头开始设计全新的蛋白质。这正是蛋白质结构预测的反向操作:这一次,人们输入的是蛋白质空间结构的“设计图纸”,计算机会根据图纸反推出对应的氨基酸序列。只要按照这个氨基酸序列进行合成,就可...
不用冷冻电镜,学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬
PyMoL软件以「Py+MoL」命名,Py表示该软件由计算机语言Python衍生而来,MoL则是英文molecule的前三个字母,表示该软件是一款分子可视化软件(www.e993.com)2024年10月16日。其适用于绘制小分子或生物大分子如蛋白质的三维结构图像,具有免费的开放源码、鼠标操作与命令行操作、文档文件和会话文件并存等优点。
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
??考虑到比较系统使用已知的蛋白质结构作为基础,AlphaFold3在配体对接的准确性方面,优于开源分子建模模拟软件AutoDockVina等传统系统;??与AlphaFold2.3相比,AlphaFold3在预测蛋白质-蛋白质结构方面,抗体结合结构显著增强;??此在蛋白质-核酸相互作用方面,AlphaFold3优于其他竞争方法,如RoseTTA2FoldNA...
从头设计蛋白的“上帝之手 ”David Baker,极大地推动了蛋白质结构...
为了评估软件预测蛋白质结构的能力,马里兰大学的JohnMoult教授在1994年创办了一个比赛——蛋白质结构预测技术的关键评估(theCriticalAssessmentofTechniquesforProteinStructurePrediction),简称CASP。此后这个比赛每两年举行一次,参赛者被邀请参加一个盲测,即只使用蛋白序列来预测结构,这些蛋白已通过传统方法解析过...
不用冷冻电镜,有手就行!学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬
PyMoL软件以「Py+MoL」命名,Py表示该软件由计算机语言Python衍生而来,MoL则是英文molecule的前三个字母,表示该软件是一款分子可视化软件。其适用于绘制小分子或生物大分子如蛋白质的三维结构图像,具有免费的开放源码、鼠标操作与命令行操作、文档文件和会话文件并存等优点。
AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!
b.用pymol或chimeraX可视化蛋白质分子体系c.小分子结构的生成与优化:rdkit与GAMESSd.分子动力学模拟轨迹可视化:VMDe.通用序列/结构分析软件包:biopythonf.生物大分子编辑平台:DiscoveryStudiog.位点冲突分析:Frustratometeh.简易生物分子空腔与通道分析:CAIN...