超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
...3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
该研究在AlphaFold2的基础上推出了AlphaFold3,能够以前所未有的准确度预测所有生命分子的结构和相互作用(包括蛋白质、核酸、小分子、离子)。在蛋白质-配体相互作用方面的预测精度远高于当前最先进的分子对接工具,在蛋白质-核酸相互作用方面的预测精度远高于专门针对核酸的预测工具,在抗体-抗原相互作用方面的预测精度也显著...
打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...
他们最近发布的AlphaSeq数据库专注于蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI),包含了超过7.5亿条测量结果,构成了世界上最大的PPI数据集。在AlphaSeq数据的基础上,训练出的AlphaBind模型可以准确预测有不同结合特性(亲和力、特异性、交叉反应性、表位等)的蛋白质序列,从而辅助蛋白质设计或发现全新的蛋...
研究揭示组蛋白变体调控及作用机制
该研究利用磁镊单分子操控技术并结合多种手段,揭示FACT能够介导macroH2A从核小体上清除的重要作用,并最终锁定macroH2A连接区域中第139位丝氨酸是调控FACT复合物与macroH2A相互作用的重要位点。该工作首次从分子水平上明确了FACT复合物与变体macroH2A的互作机制,为深入理解两者互作在基因转录调控中的作用提供理论基础,也为...
科学家实现左右异向蛋白质-蛋白质相互作用的精确从头设计
西湖大学卢培龙等研究人员合作实现左右异向蛋白质-蛋白质相互作用的精确从头设计。相关论文于2024年8月14日在线发表在《细胞研究》杂志上。研究人员从头开始设计了由50-65个残基组成的D-蛋白,旨在靶向L-蛋白或L-肽的特定表面区域。研究人员设计的D-蛋白结合剂对人工l-肽以及两种具有治疗意义的天然蛋白:人肌钙蛋白...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS可以应用于实验或预测结构,提取残基的可解释蛋白质原子重要性评分,并通过突变实验验证这些评分(www.e993.com)2024年10月16日。转录因子在各种调控功能中起着关键作用,因此,了解蛋白质如何靶向特定DNA序列的机制至关重要。研究发现,结合机制包括精确的静电相互作用、脱氧核糖-苯丙氨酸堆叠、鸟嘌呤和精氨酸在大沟中的双齿氢键等。蛋白质-DNA...
谷歌DeepMind发布AlphaFold 3:可预测药物如何与蛋白质相互作用
IT之家5月9日消息,谷歌DeepMind公司近日推出了AlphaFold3,通过预测所有生命分子是如何相互作用的,加速寻找新药和探索新的治疗方法,治疗癌症、帕金森氏症、疟疾、肺结核等疾病。IT之家从报道中获悉,AlphaFold3能够预测人体每个细胞分子的复杂形状,以及如何相互连接,以及其中最小的变化如何影响可能导致疾病...
胃里的蛋白酶,在体内发挥什么样的作用,专家现场为您讲解
胃里的蛋白酶,在体内发挥什么样的作用,专家现场为您讲解_腾讯新闻,健康大问诊,健康知识,生命缘,营养饮食,临床表现,医疗
...王道营研究员:肌内磷脂与蛋白质相互作用机制及其对禽肉品质的...
肌内磷脂与蛋白质相互作用机制及其对禽肉品质的影响以鸭肉为材料,对热休克蛋白(heatshockprotein,Hsp)90进行分离纯化;采用荧光光谱、红外光谱和表面等离子共振分析,探究鸭肉中Hsp90绑定磷脂的微观结构特征和影响因素,推测Hsp90的磷脂保护效应;再运用高效液相色谱-蒸发光散射、气相色谱等手段,分析水相和肌肉内环境模拟...
上海有机所在自噬受体蛋白TAX1BP1的结构和作用机制研究中获进展
研究表明,自噬受体蛋白TAX1BP1在识别泛素化自噬底物后可能先通过双位点模式结合RB1CC1进而招募ULK复合物。其中,TAX1BP1和RB1CC1之间的相互作用,不仅阻碍TAX1BP1的CLIR基序与ATG8家族蛋白的结合,而且可能导致ULK复合物寡聚并激活ULK复合物,从而原位诱导自噬前体产生。进一步,TAX1BP1通过NAP1蛋白招募NAP1/TBK1复合物。