Trends in Neurosciences丨Trends in Cognitive Sciences双刊中国...
调控α-突触核蛋白病理学的蛋白间相互作用帕金森病(PD)是一种神经退行性疾病,其特征是神经黑质中(SNpc)中的多巴胺能神经元变性并形成路易小体(LBs)。路易小体的主要蛋白成分是聚集的α-突触核蛋白(α-syn),不过目前对α-syn聚集的机制尚未完全了解。越来越多的研究证据表明,在某些病理条件下,其他蛋白质可与α...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS在预测蛋白质-DNA复合体的建模技术改进方面起到了指导作用。
SOTA性能,多尺度学习,中山大学提出蛋白质-药物相互作用AI框架
它将蛋白质和药物对及其原子级结构信息作为输入,并通过M-step预测的相互作用进行增强。M-step将分子级相互作用网络、结构嵌入和E-step的预测相互作用作为输入,并输出预测的相互作用。E-step和M-step之间的迭代优化确保了分子结构和网络信息的交互捕获,并在两个尺度上具有不同的学习率。相互监督确保每个...
...深度迁移学习鉴定了全蛋白质组范围人去泛素化酶-底物相互作用
蛋白质之间的相互作用往往由特定结构域和motif介导。作者基于TransDSI模型发展了一个可解释性模块,通过观察敲除特定序列片段对“TransDSI分数”的影响,在预测去泛素化酶-底物相互作用的同时推测决定相互作用的关键区域(图3a)。图3b展示了DNMT1与去泛素化酶USP7结合过程中DNMT1自身序列上每个残基的重要性。TransDSI预测...
...止蛋白质结构!AlphaFold3可高精确度预测生物分子结构及相互作用
在扩展建模能力的同时,相对于AlphaFold-Multimerv2.3,AF3也提高了对蛋白质复合物的预测准确度(www.e993.com)2024年10月16日。具体而言,AF3对蛋白质-蛋白质预测成功率有所提高,特别是对于抗体-蛋白质相互作用的预测有了显著提高,准确率达62.9%;对蛋白质单体LDDT的预测则有显著改善。上述结果表明,AF3在预测类药物相互作用(包括蛋白质-配体结合以...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。了解我们体内的生物分子世界,以及我们细胞内复杂的分子网络如何相互作用,是理解疾病和理性设计药物治疗疾病的关键起点。
质谱分析蛋白相互作用:深入了解生物药物的分子机制与优化设计
1.鉴定蛋白相互作用:质谱分析可以帮助鉴定和鉴定蛋白质之间的相互作用。通过将目标蛋白质与潜在相互作用蛋白质一起进行质谱分析,可以鉴定共沉淀的蛋白质,从而了解其相互作用网络。这对于揭示生物过程、研究疾病机制以及药物设计具有重要意义。2.研究药物-靶标相互作用:...
6.6亿美元!礼来与PRISM就蛋白-蛋白相互作用小分子抑制剂达成合作
2023年11月28日,PRISMBioLab(简称“PRISM”)宣布,公司已与礼来(“Lilly”)就设计蛋白-蛋白相互作用(PPI)靶向小分子抑制剂达成战略合作。根据协议条款,PRISM和礼来将利用PRISM专有的PepMetics??技术合作,发现礼来指定的靶向PPI的小分子抑制剂;除此以外,礼来还可以选择增加额外两个靶点,负责其最终产品...
Nature:新研究深入揭示酵母的蛋白-蛋白相互作用网络
这项新的研究强调了酵母作为模式生物的关键作用,因为它与人类具有可比性。虽然酵母是自然界中最简单的生命形式之一,但它们与我们共享重要的细胞功能。酵母菌的分子相互作用表明,绝大多数蛋白都紧密相连,每种蛋白平均形成16种关系,它们之间只有大约4次“握手”。因此,这些蛋白似乎与我们人类在社交网络中的行为一...