因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

这里展示了蛋白质结构与功能的三个例子。左边这幅图显示了新冠抗体和病毒刺突蛋白结合的样子,抗体通过和刺突蛋白结合,就可以阻挡新冠病毒进入人体细胞。中间这幅图片是一个血红蛋白,它的主要功能是帮助我们把氧气运输到人体各个地方。怎么运输?你看到中间有些小球,这些小球表示的是铁原子。血红蛋白把铁原子包裹起来,铁...

2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”

与其在Rosetta中输入氨基酸序列并输出蛋白质结构,他们应该能够输入所需的蛋白质结构并获得其氨基酸序列的建议,这将使他们能够创建全新的蛋白质。Baker成为蛋白质构造者蛋白质设计领域——研究人员创建具有新功能的定制蛋白质——始于20世纪90年代末。在许多情况下,研究人员调整了现有的蛋白质,以便它们能够分...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

可视化功能:用户可以通过平台上传自己的蛋白质残基注释(如变异和功能得分),并将这些数据与现有的数据库信息进行交互式映射。此外,所有注释的数据都可以在平台上进行可视化和下载,用于后续分析。API功能:G2P3DAPI允许通过基因、转录本、蛋白质序列和结构的标识符,实现从基因变异到蛋白质结构的无缝映射,从而帮助研究者...

蛋白质结构的丧失导致功能的丧失

一个例子是蛋清煮沸后可见的蛋白质沉淀。正如我们将看到的,在一些蛋白质中也观察到更有序的聚集体。来源:国家基因库大数据平台告诉小伙伴

干货分享:蛋白质融合表达的标签及切割研究汇总

生物素化的蛋白质如大肠杆菌的羧基载体蛋白可以结合,但生物素或者生物素化的蛋白质则用抗生物素封闭。纯化条件是多种多样的.螯合剂,温和性去污剂,还原型去污剂,和高达1M的盐可以加到缓冲液中。Strep-标签系统适合用于研究蛋白质之间的相互作用以及当那些大的标签或者带电荷的标签无效时的特殊用途。

【前沿科普】破解蛋白质折叠的天书

但另一方面,一些蛋白质片段可以嫁接到另一个完全不同的蛋白质骨架上,并保持其原来的结构和功能,说明在不同的蛋白质序列的“上下文”中,局部多肽片段也可以采取相同的结构(www.e993.com)2024年11月8日。最典型的例子就是抗体的人源化,即将鼠抗体互补决定区(complementary-determiningregion,CDR)序列移植到人源抗体上(图1)[2-3]。

慢性呼吸系统疾病的遗传学研究值得关注:基因变异与肺功能相关特征...

多基因优先评分(PoPS)是一种基因优先化方法,利用GWAS汇总统计数据,并结合来自整体和单细胞表达数据集、整理的生物通路和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据。最后,可以通过将识别的可能驱动效应的基因进行分组并使用全表型组关联研究(PheWAS)方法探索其他表型,进一步研究生物机制。

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴

当不同的氨基酸连成一串的时候,它们会脱水形成肽链,也就是蛋白质的一级结构;而这样的一级结构是不稳定的,受到疏水作用、氢键和范德华力等影响,肽链最终会折叠成一个非常复杂而稳定的三维结构。图1是一个蛋白质折叠前后对比的例子。图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki...

地球生命源于外太空?到底是先有DNA,还是先有蛋白质?

我们知道,一个细胞的结构大致是由一层具有保护功能的脂质细胞膜包裹着核酸(DNA或RNA)和各种蛋白质。其中,细胞遗传物质编码的蛋白质相当于活体细胞中的螺丝、弹簧和齿轮等所有运转部件,以维持细胞生活所需的能量、养分。细胞结构有些科学家认为世界上第一种蛋白质早于细胞出现,也就是说早于我们已知的生命出现。

专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...

论文二中的scPROTEIN框架，针对单细胞蛋白组数据的特殊性提出了解决方案，能够处理数据中的不确定性、缺失值、批次效应和噪声问题。为基于单细胞蛋白质组的肿瘤发生发展机制研究、药物靶点发现和肿瘤早筛和微环境研究提供重要的AI辅助作用。第三篇论文中提出的scpDeconv方法，是一种全新的反卷积方法，能够从“组织...