「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
AlphaFold新版本不仅可以估计蛋白质的形状,还可以估计其他生物分子的形状。包括:小分子(配体)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)、具有翻译后修饰(PTM)的分子。第二大升级:预测相关配体的结构。所谓配体,是指其他不同分子与蛋白质结合,并导致蛋白质功能方式发生变化。配体在细胞信号传导中起着重要作用,细胞信号传导...
未来五年AI如何改变各学科?从LLM到AI蛋白设计、医疗保健...
在蛋白质的特定背景下,研究领域在过去三年中经历了彻底的转变,从基于物理的方法转向人工智能引导的工具。现在,我们不仅可以解决传统的蛋白质设计问题,而且我们也有丰富的方法来生成结构或序列,或者围绕给定的支架定义两者。这些人工智能模型在实验室环境中表现出显著提高的性能,减少了时间要求并提高了传统上具有挑战性的...
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。“从原子到生态系统,(蛋白质结构)就像是一种通用语言,”AlQuraishi说道。“所有事情...
「科研」关键物种是微生物组结构和功能的驱动因素
在动物界中,这样的功能群可以改变生态系统的结构和动态的例子很常见。也许最著名的例子是三种袋鼠大鼠,它们可以被认为是美国奇瓦瓦沙漠中的一个关键功能群,并且对当地的生物多样性和生物地球化学过程有着强大的影响。在微生物界,关键功能群可能基于许多因素而产生,例如,互补的资源获取策略、资源共享、生态位分化和...
知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用
AF3能够比RoseTTAFold2NA更准确地预测蛋白质-核酸复合物和RNA结构。由于RoseTTAFold2NA仅针对1000个残基以下的结构进行验证,研究人员仅使用最近的PDB评估集中1000个残基以下的结构进行比较。AlphaFold3能够预测具有数千个残基的蛋白质-核酸结构,图3a显示了其中的一个示例。请注意,研究人员没有直接与RoseTTAFoldAll-Atom...
...低盐条件下草鱼鱼片在冷藏过程中品质和蛋白质稳定性的变化分析
8.低盐草鱼鱼片在冷藏过程中表面疏水性的变化由图8可知,在冷藏初期,蛋白质被氧化且结构被展开,大量疏水氨基酸暴露在分子表面,使蛋白质与溴酚蓝结合概率增加(www.e993.com)2024年9月7日。图8低盐草鱼鱼片在冷藏过程中表面疏水性的变化9.低盐草鱼鱼片在冷藏过程中二级结构含量的变化...
酶,是生命不可缺少的核心物质
酶的本质是具有催化效能的蛋白质,它们的空间结构复杂而多样。当一种物质需要转化为另一种物质时,有时需要先达到一个很高的能量级别,有的化学反应因为需要越过这个像高山一样的能级,遂“望而却步”或“缓缓而行”;而大自然会使用酶来削低这座山的高度,加速转化过程,科学家们称它为“生物催化”。目前已知的酶可以...
盘点2020十大国际科技新闻,这是变局中的希望之光
这一技术成就被认为将改变结构生物学和蛋白质研究的未来:实验学家将能使用精确结构预测来理解不透明的低温电磁数据;药物设计者也可借此迅速厘清新冠病毒等危险病原体中每种蛋白质的结构,从而更快研发出相关药物。9“基因魔剪”首次治愈两种遗传性血液病...
AlphaFold等对蛋白结构的搜索是否会取代对序列的搜索
虽然BLAST搜索是功能预测的强大工具,但它的能力是有限的。序列经过处理可以显著降解,但仍然会折叠成执行相同或相似功能的类似3D结构。不同的序列,相同的结构这种蛋白质对的例子可以在藻类和细菌的粘附分子中找到,特别是在硅藻粘附蛋白CaTrailin_4和细菌冰结合蛋白FfIBP中。该对没有可通过BLAST检测到...
??有关AlphaFold 3,深圳湾实验室周耀旗:革命尚未成功,还需努力
周耀旗通过对Deepmind与IsomorphicLabs共同发布了的新闻稿对新一代AlphaFold模型:AlphaFold3进行评论,他指出“AlphaFold3改变了以前AlphaFold2只能用于蛋白质结构预测的局限性,而使它能够预测跟其它分子的复合物结构,包括小分子配体、多肽、多糖、蛋白质、核酸(DNA和RNA)以及含有翻译后修饰(PTM)的生物分子,可以说是...