他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

2024诺贝尔化学奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...

江小涓最新文章:数据、数据关系与数字时代的创新范式(1.7万字)

AlphaFold预测蛋白质结构的本质,是寻求氨基酸之间的相互关系。它的成功表明,只要是可以表示为序列的数据,不管是文字、语音、图像,还是蛋白质序列,都可以使用Transformer捕捉上下文关系。因此,大规模数据的意义在于可以通过算法找出更多的数据关系。从宏观角度看,数据在本质上体现为一种关系性。寻求相关关系或因果关系的定量...

AI蛋白质折叠奠基人许锦波:AI蛋白质技术抵达规模化应用临界点

第一,蛋白质序列空间非常大;第二,基于特定功能设计蛋白质,需要对蛋白质结构、功能的深入理解;第三,产业界对蛋白质的需求复杂多样。业内较为知名的蛋白质设计方法包括华盛顿大学DavidBaker团队推出的蛋白质序列设计方法ProteinMPNN和蛋白质主链生成模型RFDiffusion、美国初创公司GenerateBiomedicine公司推出的...

《自然-免疫学》:刘万里与合作者揭示IgG1进化及其在抵御病原体中...

IgG1膜联抗体编码基因IGHG1(重链)G396R变异体(IgG1-G396R,rs117518546),主要分布于东南亚地区等相关国家地区;进一步揭示IgG1-G396R变异体能够通过增强抗体应答,促进机体对病原微生物(细菌,病毒等)的抵抗作用;后续的蛋白质组学分析也验证了IgG1-G396R变异体与多个淋巴细胞免疫活化相关的信号转导蛋白的丰度存在...

拿下诺贝尔化学奖,类谷歌AlphaFold开源蛋白质大模型

在模型架构方面,Chai-1通过引入来自大型蛋白质语言模型的残基级嵌入,能够更好地捕捉蛋白质序列中的信息,从而提高在单序列预测方面的能力(www.e993.com)2024年11月3日。使得模型在处理缺乏多序列比对信息的情况时,仍然能够准确预测蛋白质的结构。Chai-1还添加了约束特征,包括口袋约束、接触约束和对接约束等。这些约束特征能够模拟实验中观察到的...

李根国:从全球最快的到最需要的……展望下一代AI算力

具体做法是,第一步,先用计算预测蛋白质的结构,无论人的功能细胞还是病体的病毒结构,都要通过这个实验或者计算来预测。这个工作目前已与人工智能结合起来,如AlphaFold已经发布到第六版了,它是一个开源的软件来预测正常细胞或是病体。然后,再去找新研究的药物或已有的基药,通过实验和计算机测试这些药对这个结构(靶体...

2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

不同氨基酸的区别在于它们的侧链基团不同,这影响了它们在蛋白质结构中的相互作用和功能。当两个氨基酸相遇时,其中一个的羧基结构会和另一个的氨基发生反应,形成肽键将它们连接在一起,如此形成多肽链。这便是蛋白质的“一级结构”。多肽链会以螺旋或折叠的方式形成特定的“二级结构”,这些二级结构又能通过连接结构...

被质疑“不该拿物理学奖”的诺奖得主,一生经历却足够拍一部《奥本...

令人惊叹的是,各种物理学技术都被用来研究这个分子。核磁共振(NMR)、电子顺磁共振(EPR)、光谱学、共振拉曼散射、X射线结构研究、中子散射、穆斯堡尔光谱学——所有这些固态物理学的巧妙实验技术似乎都与血红蛋白密切相关。有一段时间,血红蛋白成为物理学家理解蛋白质如何运作的“氢原子”。

揭秘细胞信号传导的奥秘:G蛋白偶联受体研究的突破性进展|上海市...

图3.GPCR与G蛋白复合物的结构模型在G蛋白亚型选择性机制方面,研究团队首次解析了GPCR与抑制型G蛋白(Gi)的复合物结构(图3),揭示了GPCR如何通过跨膜区的构象变化来选择不同的G蛋白亚型;聚焦重大疾病关联的B类GPCR信号机制,研究团队鉴定并阐述了7个重要的B类GPCR的多个信号复合物激活构象及经典激活作用机制,包括激...