陈玲玲:RNA有自己的特点,别把它当蛋白质来“玩” | NSR
值得强调的是,非编码RNA在发挥功能的过程中常常是和蛋白质密不可分的,它们的合成就依赖蛋白质,也需要和蛋白质相互作用形成复合物,才能折叠成具有功能的构象,进而发挥生物学功能。另一方面,许多蛋白质同样要依赖非编码RNA作为其“分子伴侣”“脚手架”“适配体”等发挥功能。RNA的折叠比蛋白质简单吗?不,我认为和...
科学家研发新型核酸检测系统,无需依赖昂贵蛋白质酶,单次材料成本...
然而,核酸标志物存在低丰度、高度动态、高异质性、背景干扰大等特点,其临床检测面临着测不出、测不准、测不全、测不了、测不起等挑战。因此,迫切需要开发超灵敏、高特异、通量高、便捷经济的核酸生物标志物检测分析方法。DNAzymes是一类体外筛选的合成DNA分子,具有类似酶的催化活性,例如裂解核酸磷酸二酯键。
复杂体系多尺度研究院马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
攻克“不可成药”难题,这十大特点让靶向蛋白降解剂脱颖而出
一般来说,蛋白酶体通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)来消除目标蛋白质(主要为短半衰期的蛋白),溶酶体则通过内吞作用、吞噬作用或自噬途径来降解半衰期较长的蛋白质、不溶性蛋白聚集体,甚至整个细胞器、大分子化合物和细胞内寄生物。经蛋白酶体降解途径发挥作用的TPD包括PROTAC、分子胶、以及双机制降解剂,经溶酶体途径发...
陈玲玲:RNA有自己的特点,别把它当蛋白质来“玩” | 走近科学
值得强调的是,非编码RNA在发挥功能的过程中常常是和蛋白质密不可分的,它们的合成就依赖蛋白质,也需要和蛋白质相互作用形成复合物,才能折叠成具有功能的构象,进而发挥生物学功能。另一方面,许多蛋白质同样要依赖非编码RNA作为其“分子伴侣”“脚手架”“适配体”等发挥功能。
AlphaFold3深度评论:提升的、能做的和做不到的
对于蛋白质复合物,运行交叉蒸馏方法,使用AlphaFoldMultimerv2.3预测多个复合物,并在此基础上进行训练;对于RNA,他们使用预测结构;而对于DNA,他们使用一堆增强算法,如来自JASPAR的数据(www.e993.com)2024年7月10日。然而,对于配体它们只使用PDB。同样,Eric对AlphaFold3在配体上的表现感到惊讶,特别是仅在PDB有限的数据中学习了大量知识,怀疑该模...
他,博士毕业五年就获“国家杰青”资助,玩转核酸材料!
作者讨论了FGA的基本原理,并从内部、外部和平面框架类别中总结了形态可控性。作者还系统地讨论了FGA的机理,包括组装的驱动力、两亲物浓度和动力学过程。此外,FGA在脂质体工程、膜蛋白掺入和药物递送方面的应用也得到了发展,这表明FGA在制备新型功能复合物方面具有巨大的潜力。
【新华网】中国科学家绘出DNA修复关键组分的高清结构
ATR激酶在细胞内是以与ATRIP蛋白质结合形成ATR-ATRIP复合物的形式行使功能,而人类的ATR-ATRIP与酵母版本相似,所以蔡刚等人利用冷冻电子显微镜技术,对酵母版本的ATR-ATRIP复合物展开结构解析。冷冻电子显微镜技术应用了冷冻固定术,可在低温下使用透射电子显微镜观察样品。
Nature速递:AlphaFold 3 预测所有生命分子的结构和相互作用
在扩展建模能力的同时,相对于AlphaFold-Multimerv2.3,AF3在蛋白质复合物准确性上也有所提高。通常,蛋白质-蛋白质预测成功率(DockQ>0.23)增加了(配对Wilcoxon符号秩检验,p=1.8*10-18),特别是抗体-蛋白质相互作用的预测表现出显著改善。单体蛋白质LDDT的改善也是显著的。AF3对MSA深度的依赖性与AF-M2....
自身抗体之“你问我答”——抗RNP抗体和抗Sm抗体
U1snRNP则特指以U1-RNA为核酸分子的snRNP复合物颗粒。抗RNP抗体所针对的靶抗原为该复合物颗粒中的70kDa、蛋白A和蛋白C三个蛋白质。RNP/Sm(或nRNP/Sm)则特指天然U1snRNP。在部分采用天然抗原检测抗RNP抗体的检测试剂盒中,往往使用RNP/Sm(或nRNP/Sm)等英文名称。从这个角度来看RNP/Sm(或nRNP/Sm)与天然U1snRNP...