AI赢麻了?2024年诺贝尔化学奖授予蛋白质结构预测|科技观察

蛋白质通常由20种不同的氨基酸组成，它们可以被描述为生命的基石。2003年，大卫·贝克成功地利用这些模块设计了一种不同于其他任何蛋白质的新蛋白质。从那时起，他的研究小组创造了一个又一个富有想象力的93个氨基酸残基的α/β蛋白，具有全新的拓扑结构，能够自动折叠成球状并非常稳定。这个蛋白被命名为Top7，这是...

2024年诺贝尔化学奖揭晓:AI 预测蛋白质结构

大卫·贝克团队设计了一个含有93个氨基酸残基的α/β蛋白,具有全新的拓扑结构,能够自动折叠成球状并非常稳定。这个蛋白被命名为Top7,这是人类第一次获得了非自然界来源的全新蛋白质,代表着人类在从头设计蛋白领域迈出了一大步。DavidBaker也因此被一些媒体称为「上帝之手」。此后,贝克团队创造了一系列创新蛋白质,...

更清晰,解析核酸、蛋白、细胞等结构,AI实现快速分子模式挖掘

1、对于2D网格可视化,2D特征向量被分配给子断层图的各个xy切片,并放置在根据归一化特征坐标值着色的2D网格上。2、对于3D断层图可视化,MiLoPYP允许通过根据其归一化的2D表示为断层图中的每个体素分配不同的颜色来映射数据集中存在的结构多样性,其中相似颜色的体素表示结构同质的特征。3、对于3D...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

相对于Rosetta等此前的结构预测算法,AlphaFold2得到的预测结构与实验测定的真实蛋白质结构有着非常高的一致性。插图:使用Baker程序Rosetta开发的蛋白质AlphaFold2的技术特点是使用了一种基于深度学习的方法,特别是注意力机制和神经网络,用于预测蛋白质的氨基酸对之间的距离,并据此构建蛋白质的三维结构。它的成功震撼了科...

David Baker:从头设计蛋白的“上帝之手 ”,极大地推动了蛋白质...

美国生化学家、华盛顿大学蛋白质设计研究所所长DavidBaker,因开发能够设计出在自然界从未见过的新型蛋白质的技术获得2020年科学突破奖生命科学奖。图源:httpsipd.uw.edu/david-baker/导读昨天,诺贝尔化学奖授予蛋白设计和蛋白预测领域的三位学者。来自华盛顿大学

中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...

前人的研究揭示了LonA的多种功能和结构特征(www.e993.com)2024年11月8日。具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转...

更简单、更清晰,解析核酸、蛋白、细胞等结构,AI实现快速分子模式...

低温电子断层扫描技术可以以纳米级分辨率对细胞三维结构进行常规可视化。当与单粒子断层扫描技术相结合时,可以获得原生环境中常见大分子的近原子分辨率结构。低温电子断层扫描/单粒子断层扫描(CET/SPT)面临的两个突出挑战是蛋白质的自动识别和定位,这两项任务受到细胞内分子拥挤、低温电子断层扫描断层图像特有的成像失真以...

2024年诺贝尔奖中的生命科学

在保证蛋白质结构和功能不变的情况下,蛋白质序列中的大部分位置仍是可变的。蛋白质可以是球状或者纤维状的,坚硬的或者富有弹性的。它们可以进行或精妙细微、或差别巨大的构象变化。它们可以是酶,既能合成或大或小的各种分子,也可以催化降解这些分子;它们也可以是分子马达,产生旋转或者平移运动。

蛋白质结构的丧失导致功能的丧失

热稳定蛋白已经进化到可以在温泉的温度下(~100°C)发挥作用。这些蛋白质的折叠结构通常与其他生物体中蛋白质的折叠结构相似,但将此处概述的一些原理发挥到了极端。它们的表面通常具有高密度的带电残基,内部甚至具有更紧密的疏水性堆积,并且离子对网络使得折叠变得不太灵活。这些特征中的每一个都使得这些蛋白质在高温...

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

特点:借助荧光定量PCR适用于高通量筛选,信号强度可控,灵敏度和准确性都较高。但添加的外源染料可能会对蛋白质结构和功能产生影响,且操作较复杂,不适用于所有蛋白研究。比如做膜蛋白研究时,溶液环境中需要添加双亲性的分子,一端疏水一端亲水。这种情况荧光分子会直接结合到疏水端,导致直接产生荧光信号。并且染料种类的选...