异特龙研究取得突破性进展 揭示侏罗纪霸主的秘密

异特龙研究取得突破性进展揭示侏罗纪霸主的秘密中新网广州11月21日电(记者王坚)据广州正佳自然科学博物馆20日通报称,该馆与中国地质大学(北京)邢立达课题组合作,利用新技术、新方法开展异特龙的生物力学研究,并已在国际期刊《历史生物学》(HistoricalBiology)上发表最新科研成果《脆弱异特龙前肢运动范围》。异...

Science Bulletin | 同济大学杨鹏/王译萱课题组合作揭示KRAB-锌指...

2024年7月15日,同济大学生命科学与技术学院杨鹏课题组与王译萱课题组在ScienceBulletin上发表了题为“ExplorationofEvolutionaryMechanismsShapingKZFPandRetrotransposonInteractions”的研究论文,详细而系统地探索了KZFPs对于逆转座子的抑制作用和它们之间的共进化关系。研究显示,KZFPs针对逆转座子的结合特异性...

无实验数据指导蛋白质定向进化,上海交大洪亮课题组发表微环境感知...

为此,上海交通大学洪亮课题组研发了一种名为PROTLGN的微环境感知图神经网络,能够从蛋白质三维结构中学习并预测有益的氨基酸突变位点,指导具有不同功能白质单位点突变和多位点突变设计,超过40%的PROTLGN设计单点突变体蛋白质优于其野生型对应物。成果已发表在JCM。PROTLGN:轻量级图神经去噪网络的搭建PROT...

上海交大洪亮课题组发表基于微环境感知图神经网络构建指导蛋白质...

近日,上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院洪亮课题组设计了一种微环境感知图神经网络(ProtLGN),能够从蛋白质三维结构中学习有益的氨基酸突变位点,建立自然选择下的氨基酸序列分布,用于指导蛋白质氨基酸位点设计,最终实现蛋白质指定功能的提升(定向进化)。课题组通过生物化学室实验证明,这是一个通用...

国家生物信息中心合作揭示人群免疫背景对新冠病毒进化偏好的影响

近日,国家生物信息中心李明锟研究员与北京大学/昌平实验室曹云龙教授课题组合作揭示人群免疫背景对新冠病毒进化偏好的影响,该成果近日在NationalScienceReview??杂志发表。研究比较了新冠病毒在不同国家流行过程中新生突变的分布与功能,发现人群免疫压力与病毒进化方向密切相关。

复旦团队重大突破登Cell,破纪录复活「冰封」18个月人脑,三体...

复旦大学团队利用人类胚胎干细胞,在三周时间内培育出了大脑类器官,这些自组织脑细胞的小簇,就可以发育成各种类型的脑细胞(www.e993.com)2024年11月23日。然后,研究人员将这些类器官浸入不同的化合物中,包括糖和防冻液,这样就可以让它们在液氮中冷冻至少24小时。样本解冻后,他们在接下来的两周内,监测它们的生长和细胞死亡情况。

独创方法提升蛋白质结构预测精度 腾讯AI Lab联合研究登上Nature子刊

首先,实验室研发了“多数据来源融合”(multi-sourcefusion)技术,来挖掘多组多序列联配(multiplesequencealignment,MSA)中的共进化信息。然后,借助“深度交叉注意力残差网络”(deepcross-attentionresidualnetwork,DCARN),能极大提高一些重要的蛋白2D结构信息(如:残基对距离矩阵)的预测精度。

北化梁浩课题组ACS Catalysis:理性构筑蛋白体内外自环化提升酶的...

基于AlphaFold2从头预测构建了野生酶和融合蛋白CBT,TBC的三维结构,利用拉伸分子动力学(SMD)得到环化酶的模型。由于折叠时空间位阻的存在,修饰在环化酶N端的短寡肽SpyTag或长寡肽SpyCatcher折叠后会定位在不同的空间位置,处于不利的空间位置下形成的环化酶耐热性提升略低,但是这并不会影响稳定的自环化的形成。

全球首次湿实验证实,上交成功实现“蛋白质功能定向进化”,零数据...

在生物化学实验的基础上,课题组证实了ProtLGN是一项通用的人工智能方法,在极少甚至没有实验数据的情况下,成功地实现了针对特定蛋白质性质的定向进化,包括提高抗体的亲和力和稳定性、增强多种荧光蛋白的荧光强度,以及提升核酸内切酶的DNA切割活性。也是全球首次,也是唯一一次经湿实验验证,可以利用通用人工智能模型,在极少...

...团队等发现CRISPR免疫增效子——pro-CRISPR,建立Cas9生长进化...

清华大学刘俊杰课题组长期关注核酸酶机制研究及核酸操纵工具的开发、应用。综合运用生物信息学、结构生物学、生物化学和细胞生物学手段,刘俊杰课题组及合作者已鉴定并开发了多种基因编辑工(Science,2024;Cell,2023;Nature,2019;MolecularCell,2022;CellResearch,2023)。课题组长期招募对新型核酸操纵系统挖掘和RNA...