为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?
上世纪90年代末,戴维·贝克开始开发能够预测蛋白质结构的计算机软件:罗塞塔(Rosetta)。贝克所说,“如果你想造一架飞机,你不能从改造一只鸟开始;相反,你了解空气动力学的基本原理,并根据这些原理制造飞行器。”构建全新蛋白质的领域被称为denovodesign。研究小组绘制了一种具有全新结构的蛋白质,然后让罗塞塔计...
AI再问鼎诺贝尔化学奖!48岁DeepMind创始人因蛋白质结构预测摘桂冠
他们需要根据已知的氨基酸序列来预测蛋白质结构。CASP吸引了许多研究人员,但事实证明,蛋白质结构预测是相当困难的,多年来进展十分缓慢,预测结构和真实结构之间的异质性几乎没有任何改善。直到2018年,突破才终于出现,一位集国际象棋大师、神经科学专家和人工智能先驱于一身的人物进入了这个领域,为这个长期存在的难题带...
2024化学诺奖得主David Baker:从头设计蛋白的“上帝之手”,用开源...
而蛋白质可以看做是一种自然界的语言,Baker希望通过Rosetta这个软件来解决把蛋白质的序列翻译成结构的难题。在华盛顿大学,DavidBaker开始研究开发一套能够根据序列预测蛋白质结构的软件。图源:httpssites.uw.edu/biochemistry/faculty/david-baker/当然,Baker并不是唯一这么想的科学家。随着人类基因组计划的进...
为何诺贝尔化学奖又颁给AI?万字专题详解
贝克是被广泛使用的蛋白质结构从头设计和预测软件“罗赛塔”的发明人,他的团队还设计出了首个具有全新折叠结构的人工蛋白质Top7。戴米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)是英国计算机科学家,人工智能研究者、前游戏设计师,DeepMind(现GoogleDeepMind)联合创始人及首席执行官。哈萨比斯1976年出生于英国伦敦,幼年便展现出惊人...
谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
数据库详解同源建模c)分子动力学基础分子-蛋白对接蛋白-蛋白对接可视化软件pymol使用AMBER分子动力学模拟高斯加速分子动力学模拟模拟轨迹RG,RMSD,RMSF,二级结构变化,PCA分析MM-GB/PBSA方法计算结合自由能实践范例:蛋白和小分子配体的分子动力学模拟第二天机器学习与深度学习基本知识a)经典模型线性及...
“AI预测蛋白质结构第一人”许锦波 计算生物学拓荒者
结果是,许锦波在全自动高通量蛋白质结构预测的评比中一举夺冠(www.e993.com)2024年10月16日。不过,许锦波认为,“虽然排名最好,但不是大的突破,因为预测结果并不比以前的方法好很多。”他重新梳理那一年来的工作,发现这一思路有着天然缺陷。“第一,一个蛋白质是一个非常大的体系,由成千上万个原子组成,对应一个非常巨大的搜索空间,构型是...
2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”
然而,对Hassabis来说,围棋不是目标,而是开发更好的人工智能模型的手段。取得这一胜利后,他的团队已准备好解决对人类来说更重要的问题,因此他们在2018年注册了第13届CASP竞赛。AI模型意外获胜在前几年,研究人员为CASP预测的蛋白质结构,其准确率最高达到40%。Hassabis团队使用其AI模型Alp...
BiopharmaLynx软件在蛋白质肽图分析中的应用
BiopharmaLynx软件这可以自动地将各个批次样品的肽图与参照样品的肽图进行对比,帮助我们快速而敏锐地发现不同批次的样品间有无细微差别。六、二硫键的定位二硫键对于蛋白质高级结构的形成和功能的维持具有重要的作用,二硫键的定位也是蛋白质结构分析的重要方面。但是二硫键的定位一直很耗时且非常具有挑战性的事情,尤...
Nature:AlphaFold和AI蛋白质折叠革命的下一步是什么
斯德哥尔摩大学的蛋白质生物信息学家ArneElofsson说,只要一个蛋白质蜷缩成一个定义明确的三维结构--而不是所有的--AlphaFold的预测就很难被打败。"这是一个一键式解决方案,可能是你要得到的最好的模型。"在AlphaFold不太自信的地方,"它非常善于告诉你什么时候它不起作用",Elofsson说。在这种情况下,预测...
...的AlphaFold被刷屏后,圈内科学家是如何“吃瓜”的? | 深度解析
AI药物研发公司晶泰科技CEO马健博士也向雷锋网《医健AI掘金志》表示,结构决定性质。在AlphaFold准确的预测的蛋白结构之上,我们可以更准确地预测药物分子和蛋白的相互作用,从源头上提高计算辅助药物发现与设计的准确度。同时,现在能解出的蛋白质很少,很多关键的蛋白质十几、二十年都难以用实验解析出结构。有了这项技...