中国科大揭示Rpd3S/HDAC结合和催化核小体底物的分子机制
该研究解析了酵母Rpd3S/HDAC全酶复合体结合特定修饰核小体底物的复合物结构,首次发现完整的天然底物H3尾巴(1-24aa)结合在Rpd3S底物结合口袋,且H3K18残基的侧链朝向催化中心待催化;阐明了Rpd3S底物特异性的结构基础以及通过构象变化实现多位点催化的机制,尤其是Rco1亚基在核小体结合和位点特异性催化中起着关键作用,...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
张凯铭课题组李珊珊等解析了MeiothermustaiwanensisLon底物结合状态的3.6-??冷冻电镜结构,发现ATPase结构域的双孔环介导底物相互作用,由处于不同ATP结合和水解状态的四个连续单体以螺旋梯状排列,揭示了其通过LonA特异性变构实现持续性旋转易位的分子机制。AAA+蛋白酶与底物结合的核苷酸结合状态比较顶部视图显示了核苷酸...
干货| 酶切实验切开 or 切不开,真的是玄学吗?
??底物DNA在扩增过程中引入了突变,突变可能破坏已知的识别位点或创造出新的酶切识别位点,从而产生错切条带。可对模板DNA测序判断是否突变。-酶与模板DNA结合-??部分限制性内切酶(如FokⅠ,TauⅠ)可能会与DNA结合,导致电泳时出现明显的凝胶迁移,使用含SDS的上样染料,加热使酶从切割的DNA上解离开。看完以...
...Catal.:改造羰基还原酶同时提高对大位阻酮底物及异丙醇的催化...
为了进一步解释突变体对1a和异丙醇活力提高的分子机制,在晶体结构解析的基础上,与底物分子进行对接,通过M1底物通道分析(图2)和分子动力学计算(图3),表明M242F对异丙醇活力提高的原因可能是由于底物入口通道变窄,减少了异丙醇从底物结合位点的逃逸,从而增强了活性。相比之下,突变体Q245T对1a的活性是野生型酶的近8倍...
【科技自立自强】西安交大科研人员在生物酶多构象催化领域取得...
值得说明的是,发现具有单个催化位点的酶存在多条反应通路并不违背底物选择性原理,但是生物酶所表现出的多态构象催化现象可增强对不同底物的催化效率。该工作阐明了简单生物体中酶的进化适应性,是首个探索连接酶催化DNA底物动态结构的研究成果,并对更高级生物有着重要的参考意义,可为真核细胞中其他连接酶复杂功能的...
关文强教授等:可溶态和膜结合态双孢蘑菇多酚氧化酶的分离纯化及酶
sPPO和mPPO对底物邻苯二酚的酶促动力学曲线结果如图4所示,从拟合的Michaelis-Menten函数得出,sPPO的Km为8.85mmol/L,Vmax为1196U/(mL·min),mPPO的Km为5.07mmol/L,Vmax为3120U/(mL·min)(www.e993.com)2024年7月8日。由此可知,mPPO跟邻苯二酚结合能力更强,褐变反应速度更快。这些结果说明PPO与某一底物间的亲和力与催化活性可能与...
曲晓刚&任劲松JACS:单原子纳米酶尺寸工程—模拟过氧化物酶!
在自然界中,酶促反应发生在功能良好的催化空间中,底物通过在三维(3D)空间中合适的排列催化位点和氨基酸,来结合和反应。单原子纳米酶(SAzymes)是一种新型的纳米酶,其活性位点与天然金属酶相似。然而,目前SAzymes中的催化中心是二维(2D)结构,缺乏协同底物结合特征限制了它们的催化活性。
m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶活性
超过50%的RBM33结合位点位于ALKBH5结合位点上游100nt处;RBM33KD导致1330个RNA转录本的m6A修饰上调,其中65%的转录本的m6A修饰同样可以被ALKBH5敲低所诱导。(3)ALKBH5通过RBM33结合m6A修饰底物以调节HNSCC细胞中m6A修饰RBM33蛋白中的S1101A或R1134A显著破坏了ALKBH5与RBM33之间的相互作用...
SynEn.Pro战队:“酶”力无限 | 合成生物学竞赛
酶表现出非凡的特异性,这就要归功于它们“私人订制”的活性位点。其活性位点就像“一把钥匙开一把锁”一样,只能与特殊的底物结合,催化化学反应的发生。PART3酶如何与底物“拥抱”?当酶与底物特异性结合时,会发生一个被称为“诱导契合”的过程,诱导契合是指酶进一步改变自己的形状而完美地与底物结合。
研究阐释猴痘病毒DNA聚合酶F8-A22-E4-H5四元复合物的工作机制
UDGE4结合在单链模板DNA区域,位于聚合酶F8酶活中心上游(图2C)。在添加有E4特异性DNA底物(-7位为尿嘧啶,dU-7)的四元复合物结构中,可以看到U碱基被切除(图3A-B),形成一个无碱基的位点,表明聚合酶中的E4具有UDG酶活性,也再次从结构证明了痘病毒中DNA尿嘧啶单碱基修复和DNA合成过程是耦合在一起的。不同状...