中国科大揭示Lon蛋白酶在单个蛋白水解位点对底物进行持续切割

晶体结构表明,AAA+和蛋白酶结构域形成一个封闭的腔室,六个ATP酶位点朝外,六个蛋白水解活性位点朝内。已有研究表明了与共价抑制剂结合的蛋白水解活性位点的结构,然而,与蛋白酶活性位点结合的底物结构尚未确定。迄今为止,人们致力于了解蛋白质底物如何被AAA+蛋白酶的AAA+环识别、去折叠和移位,张凯铭/张崇毅团队在2021...

中国科大揭示Rpd3S/HDAC结合和催化核小体底物的分子机制

该研究解析了酵母Rpd3S/HDAC全酶复合体结合特定修饰核小体底物的复合物结构,首次发现完整的天然底物H3尾巴(1-24aa)结合在Rpd3S底物结合口袋,且H3K18残基的侧链朝向催化中心待催化;阐明了Rpd3S底物特异性的结构基础以及通过构象变化实现多位点催化的机制,尤其是Rco1亚基在核小体结合和位点特异性催化中起着关键作用,...

...四川农业大学刘书亮教授、李琴副教授等:微生物来源酚酸脱羧酶...

底物结合位点位于β桶核心和螺旋底部之间,由β8、β9折叠片以及β1/2、β3/4发卡组成,以两种不同的构象存在:封闭状态,避免底物进入活性位点;开放状态,底物的存在触发构象变化,允许底物进入活性位点。研究发现,活性口袋内的氨基酸与酶构象具有较大的关联,关键位点的氨基酸有所不同,酶的构象也会随之改变。此外,对EcF...

靠裂解酶这张“嘴” 噬菌体轻松“吃掉”超级细菌

他们进一步开展系列实验,结果验证了他们的推测并找到了关键结合位点。“针对这些位点,我们可以开展相关实验,通过提高裂解酶与细菌细胞壁的结合能力来提高裂解活性。”欧阳松应表示,他们打算根据这个裂解酶的结构特征,采用计算机模拟的方法,确定能与其结合的底物,从而拓展它的应用。欧阳松应告诉记者,他们的研究首次从结构...

中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...

具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而...

Tris缓冲剂如何优化酶反应条件

3.减少非特异性结合在复杂的酶反应体系中,酶与底物之外的其他分子(如容器壁、杂质等)之间可能发生非特异性结合,导致酶活性降低或丧失(www.e993.com)2024年11月7日。Tris缓冲剂中的某些成分可以与这些非特异性结合位点相互作用,从而减少它们对酶活性的影响,提高反应的特异性和效率。

酪氨酸酶抑制剂或能用于安全美白

环(脯氨酸一酪氨酸)与蘑菇酪氨酸酶的底物结合位点结合,阻塞底物口袋并阻止其活性。图片来源:东京理科大学日本东京理科大学研究人员从一种常见于人类皮肤上的细菌——结核硬脂酸棒状杆菌中,发现了一种有前景的酪氨酸酶抑制剂,可起到安全美白皮肤的效果。这项研究发表于新一期《国际分子科学》杂志。

催化能力提高 3.5 倍!中科院团队基于扩散模型,开发 P450 酶从头...

该研究基于P450Diffusion生成了比自然界P450酶活性更好、稳定性更高的新酶,相较于天然黄酮6位羟化酶,新酶的催化能力提升了1.3至3.5倍。研究亮点:*该研究剖析了P450酶进化过程中新功能的起源机制,提出了P450酶底物结合的「三点固定原则」...

Science:施一公团队解析人γ-分泌酶识别和连续切割淀粉样蛋白的...

成熟的γ-分泌酶由四个亚基组成,分别是前体蛋白酶(PS)、前体蛋白酶增强因子2(PEN-2)、前咽缺陷蛋白1(APH-1)和Nicastrin蛋白(NCT)。其中催化亚基是PS,而PS1是其主要的异构体。人γ-分泌酶与APP-C83结合的冷冻电镜(cryo-EM)结构揭示了底物和PS1之间的杂交β-折叠,底物β链引导切割位点,与APP-C83相比,由γ-...

Nature背靠背丨UFM1 E3连接酶促进核糖体60S亚基再循环

E3（UFM1）包裹60S亚基形成一个c形的钳夹结构，在一端阻断tRNA结合位点，在另一端阻断肽出口通道。一个UFL1环插入并重塑肽基转移酶中心。E3（UFM1）的这些特征表明，UFMylation在从内质网膜释放和回收停滞或终止的核糖体中起关键作用。在功能性E3（UFM1）缺失的情况下，60S-SEC61易位复合体在内质网膜聚集，表明...