中国科大揭示Rpd3S/HDAC结合和催化核小体底物的分子机制

该研究解析了酵母Rpd3S/HDAC全酶复合体结合特定修饰核小体底物的复合物结构,首次发现完整的天然底物H3尾巴(1-24aa)结合在Rpd3S底物结合口袋,且H3K18残基的侧链朝向催化中心待催化;阐明了Rpd3S底物特异性的结构基础以及通过构象变化实现多位点催化的机制,尤其是Rco1亚基在核小体结合和位点特异性催化中起着关键作用,...

中国科大发现人类胆汁酸外排蛋白ABCB11的一种新颖底物结合和转运...

为了探究ABCB11转运生理底物的分子机制,研究组继续解析了ABCB11在不同浓度牛磺胆酸钠存在时的两个3.7??复合物结构:低浓度时结合一个牛磺胆酸钠分子,高浓度时结合两个牛磺胆酸钠分子。结合ATP酶活性实验和底物转运实验,阐明了两个口袋具有明显的底物亲和力梯度,使得底物可以顺亲和力梯度依次结合两个口袋,最终完成跨膜...

靠裂解酶这张“嘴” 噬菌体轻松“吃掉”超级细菌

与其他裂解酶不一样的独特结构,提高了它与细菌的结合能力,并且结构上的4个分子和催化功能域都是由一个基因编码,而其他裂解酶结合功能域只有一个分子,这赋予“LysIME-EF1”高效裂解多种粪肠球菌临床株的超能力,催化活性和裂解范围比其他的裂解酶高效和宽广。

中国科大揭示人类超长链脂酰辅酶A跨膜转运蛋白ABCD1的底物识别与...

两个底物分子以一种独特的结合模式结合在两个TMD上:每个C22:0-CoA分子的3'-磷酸-ADP部分结合在一个TMD的富含正电荷的极性口袋中,泛巯基乙胺部分跨越两个TMD之间的空腔,使得后续的脂酰基链插入到另一个TMD与过氧化物酶体膜形成的疏水口袋中。两个底物分子以二重对称的方式结合在TMD上,生化分析结果表明这两个底物...

纳米酶:结合天然酶和人工催化的力量

GuHCl与H2O2竞争性结合Fe3O4纳米酶,从而抑制Fe3O4纳米酶的过氧化物酶活性。2022年,张连兵团队设计合成了一种基于锰纳米金属有机骨架材料(nMnBTC)的新型适冷纳米酶,其在0℃—45℃下均表现出比其他模拟酶更好的类氧化酶活性,并且在—20℃环境下灭活流感病毒(图1d)。适冷纳米酶研究开辟了纳米酶在低温领域的生物...

《食品科学》:东北农业大学李柏良教授、郭增旺副教授等:乳脂肪球...

胃液中含有的酶主要是用于催化乳脂和蛋白质水解的胃脂肪酶和胃蛋白酶(www.e993.com)2024年11月7日。胃相通过2种方式影响MFGM:1)胃脂肪酶产生游离脂肪酸,有助于与胰脂肪酶结合;2)低pH值使牛奶中的酪蛋白聚集,从而形成一个紧密的网络,包裹MFG,随着蛋白质网络密度的增加,MFG会不断聚集。

一文搞懂 “抑制剂-激活剂-激动剂-拮抗剂-反向激动剂-阻滞剂”

酶——抑制剂(inhibitor)、激活剂(activator)酶是生物体细胞产生的具有高度特异性和催化效能的蛋白质或RNA,正是因为酶的存在,生物体内的化学反应可以在极为温和的条件下高效特异地进行,酶促反应是生命存在的一种内在本质。有些小分子能够与酶结合降低酶的催化活性,这类小分子称为酶的抑制剂(inhibitor)。根据与酶...

Nat Cell Biol | 自噬障碍如何引发蛋白质核内降解

02研究发现,自噬缺陷时,蛋白质需要从细胞质转运到细胞核,并在核蛋白酶体中进行降解。03由于亨廷顿病等神经退行性疾病发生过程中自噬与核质转运均有缺陷,这些细胞在蛋白质稳态紊乱时更易受到损害。04作者鉴定了酵母中与核心自噬基因有至少5个负向遗传或合成致死互作的人类直系同源基因,并在人类细胞中验证了这些互作...

ACS Catal | 从两种二萜合酶(IrTPS2/IrKSL3a)的功能可塑性到酶的...

二、酶中存在对邻近的β-甲基敏感的水结合二联体为了进一步研究酶结构与功能的关系,作者将底物(+)-CPP与三个二价镁(Mg2+)辅因子一起对接到建模的野生型和突变体中,并进行了分子动力学(MD)模拟和QM/MM优化。野生型IrTPS2的T527和S499均能与C8附近(??4??)的水分子形成氢键,作者推测该水...

干货| 酶切实验切开 or 切不开,真的是玄学吗?

??底物DNA在扩增过程中引入了突变,突变可能破坏已知的识别位点或创造出新的酶切识别位点,从而产生错切条带。可对模板DNA测序判断是否突变。-酶与模板DNA结合-??部分限制性内切酶(如FokⅠ,TauⅠ)可能会与DNA结合,导致电泳时出现明显的凝胶迁移,使用含SDS的上样染料,加热使酶从切割的DNA上解离开。