AI面临的五个蛋白质设计问题,Nature找了一群专家来讨论

加州大学旧金山分校的生物工程师TanjaKortemme表示,一个含有100个氨基酸的蛋白质(以蛋白质标准来说很小)至少可以呈现3100种可能的构象。「我们对物理学的理解相当不错,但将其融入其中受到我们需要计算的可能性数量的限制。」机器学习可以帮助缩小范围,微软和其他公司正在开发加快寻找蛋白质构象所需计算的方法。

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

蛋白质分子的直径经常也就几纳米或者几十纳米,胰岛素只有51个氨基酸;助消化的胰蛋白酶有281个氨基酸;运氧气的血红蛋白有574个氨基酸;再大一点的有免疫系统用来对抗细菌病毒的抗体蛋白(1316个氨基酸),以及线粒体里提供能量的ATP合成酶(1125个氨基酸)。蛋白质是由氨基酸构成的。想象一下,你有20种不同形状和颜色的柔...

科学家开发非天然氨基酸eFSY,能在活细胞中鉴定直接的蛋白质相互作用

01浙江大学杨兵研究员实验室成功开发了可富集的非天然氨基酸eFSY,能在活细胞中鉴定直接的蛋白质相互作用。02该团队克服了高效大量制备探针化合物eFSY的难题,筛选出了能够识别eFSY的氨酰-tRNA合酶。03除此之外,研究人员开发了非天然氨基酸交联鉴定软件AixUaa,提高了交联肽段的鉴定率和准确性。04该技术有望用于鉴...

【科普营养】蛋白质:吃多少、怎样算?

总的必需氮流失折合成蛋白质是每日0.35g/kg/d,也就是说即便不吃蛋白质,我们的身体也会每日排出0.35g/kg的蛋白质,这些蛋白质的来源就是自身组织的分解。所以至少每日要摄入这些蛋白质才能不进入消耗状态。如果研究者控制人的氮摄入,同时测定他们的氮排泄,就可以知道这些人身体中的氮平衡是正还是负,测定足够多...

...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式

于是,安芬森假设,我们应该能找到一种方法,通过氨基酸序列来预测蛋白质的形状结构。这就是后来广为人知的“蛋白质折叠问题”。一旦多肽链组装完成,蛋白质便能在千分之一秒内折叠成形,速度之快让分子生物学家塞勒斯·利文索尔(CyrusLevinthal)困惑不已。在他1969年发表的论文《如何优雅折叠》(HowtoFoldGraciously)...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

而这些长链在空间中是折叠成复杂的三维结构的,所以氨基酸的排列顺序其实就决定了蛋白质最终的三维结构,然而尽管科学家们知道蛋白质的氨基酸序列,但他们无法计算得知这些序列会如何折叠成特定的三维结构(www.e993.com)2024年11月15日。由于蛋白质结构的复杂性,预测其折叠方式不仅需要巨大的计算能力,还需要对于这个物理化学过程有更为深刻的了解。

诺贝尔化学奖揭晓!国际象棋AI大师破解了蛋白质的密码

2024年诺贝尔化学奖了授予华盛顿大学的戴维·贝克教授(DavidBaker)、谷歌DeepMind的德米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnJumper),他们因“蛋白质结构预测”,破解了蛋白质结构的密码,从而获得诺奖。诺贝尔化学奖委员会主席海纳·林克说:“蛋白质里这20种氨基酸所蕴含的潜力,无论怎样强调都不为过。”...

吃什么增加抵抗力好和免疫力?优选可增强免疫力的蛋白粉

其次是鱼类、牛肉等食物。因此,不知道抵抗力低吃什么能提高抵抗力的可以从此类食物中进行选择。需要注意的是,构成人体蛋白质的氨基酸有20种,若要均衡地摄入人体所需蛋白质,还需参考《中国居民膳食结构指南》,以此作为日常饮食搭配的依据。当然,但对于大多数人而言,单纯依靠食物搭配,很难补充到足量的蛋白质,因为...

基因突变影响蛋白质稳定性有新解

25日发表在《自然》杂志的一项研究称,西班牙基因组调控中心和英国威康桑格研究所的研究人员发现,基因突变对蛋白质稳定性的影响遵循着极其简单的规律。这一发现对加速开发新疗法或设计具有工业应用前景的新蛋白质具有重要意义。GRB2-SH3是一种含有34个氨基酸的蛋白质,每种氨基酸都可以突变成19种不同的氨基酸。如果每个...

基因突变影响蛋白质稳定性有新解—新闻—科学网

预测基因突变如何改变蛋白质的形状至关重要。然而,由于蛋白质中存在大量的氨基酸,突变组合的方式多得惊人。通过实验测试每种可能的组合对蛋白质的影响几乎是不可能的。随着氨基酸数目的增加,不同组合的数量呈指数级增长。对于一个由100个氨基酸组成的蛋白质,其可能的组合数量超过了整个宇宙中的原子数量。已知的大多数蛋...