AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评
为了搞明白组分,他们甚至先做了基因组测序。第二,几十上百个蛋白如何众星捧月地把那么几条貌似简单的RNA掰成与几个小小的金属离子配合的核酶反应中心,在茫茫碱基中,在正确的时间正确的地点牵线搭桥,剪掉intron(内含子),连接exon(外显子)?就为了这一“剪子”一“钩针”,为了几毫秒的过程,这么个庞然大物的几十...
蛋白质设计师David Baker:我喜欢做那些“魔法”般的事
NSR:蛋白质设计和蛋白质结构预测都依赖于基本的蛋白质折叠法则。对于这些法则,我们已经完全掌握了吗?Baker:我们掌握了这些法则的基本框架,但还没有掌握所有的细节。我们知道,蛋白质通常会折叠到能量最低的状态。我们也知道如何去计算它的能量。这种计算已经比较准确,但还没有准确到,能够精确反应每一种蛋白质功能的程...
Nat Methods丨scNanoSeq-CUT&Tag技术:可精准检测单细胞基因组复杂...
设计图清晰展示了长读长测序与短读长测序在比对能力上的差异,突显了长读长测序通过识别重复元件两侧的特异性序列,能够在单拷贝分辨率下精准区分序列高度相似甚至完全相同的重复元件的强大优势(Credit:NatureMethods)该研究深入分析了五种组蛋白共价修饰(H3K4me3、H3K27ac、H3K36me3、H3K27me3、H3K9me3)以及两种染...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
FM又称从头计算方法,利用能量函数计算氨基酸空间相互作用,最终从所有可能结构中选取最佳形式,依靠分子动力学模拟获得蛋白质折叠方式,该法对小分子量蛋白质结构预测还算准确,但随着蛋白质复杂性增加逐渐变得无能为力。1994年,美国计算生物学家莫尔特(J.Moult)和菲德利斯(K.Fidelis)为推动蛋白质结构预测领域的快速发...
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探寻新质生产力 | 齐碳科技:要做国人自己的纳米孔基因测序仪
1.读长长:二代测序技术读长通常是150-300bp,而纳米孔测序超长读长,可以一次读取10kb,甚至数兆碱基之间的天然DNA连续序列,大大降低了全基因组拼接难度,也有助于更准确地解析基因组的复杂结构,如重复序列、基因拼接和基因变异等(www.e993.com)2024年10月16日。例如,扬州大学李瑞超教授所在研究团队(王志强教授团队)利用齐碳科技纳米孔测序平台开...
...领域“光刻机”全球竞速,中国企业在纳米孔测序仪新赛道表现如何?
从公开披露信息来看,T20刷新了全球基因测序仪通量的新纪录。按照全年300个工作日计算,T20每年可完成高达5万例人全基因组测序。更为重要的是,T20超强生产规模使得“超级测序工厂”成为可能,从而使得单人全基因组检测成本降至100美元以下。这也是此前全行业的目标。
人工智能两夺桂冠,诺奖进入AI时代?无人驾驶出租登场,特斯拉蒸发近...
10月10日,国际顶级学术期刊《Cell》发表了中山大学与阿里云合作的科研成果,研究团队利用云计算与AI技术发现了180个超群、16万余种全新RNA病毒,是已知病毒种类的近30倍。利用AI算法,研究团队在来自全球生物环境样本的10487份RNA测序数据中发现了超过51万条病毒基因组,代表超过16万个潜在病毒种及180个RNA病毒超群。其...
号外| 陈鹏课题组与王初课题组合作开发蛋白质“扩增测序”新方法
作者首先设计了AmproCode技术的蛋白质解析程序。作者用一个个矩阵记录蛋白质组中每条蛋白质的选定氨基酸的比例信息,并计算它们与输入信号矩阵的余弦距离,以评价蛋白质是否被成功鉴定。作者尝试利用计算机模拟评估在此算法下AmproCode技术对蛋白质组的覆盖程度。计算模拟结果表明,四到五类的氨基酸的比例信息便足以成功覆盖...
10月12日外媒科学网站摘要:得过新冠使心脏病发作风险增加一倍
该技术被称为扩增原位基因组测序(expansioninsitugenomesequencing,ExIGS),最近发表在预印本平台bioRxiv上,还没有经过同行评审。这种技术对于研究DNA如何缠绕在蛋白质上并塞入细胞核,以及基因在这一位置如何影响其活性的研究人员来说可能特别有用。预印本的作者强调,我们可以把DNA想象成“一串线性的信息,它必...