人工智能+超算,创新计算框架在蛋白质设计方面获突破

这些超算不仅支持模型训练和微调,还能够执行大规模的分子模拟,验证所设计蛋白质的稳定性和催化活性。MProt-DPO框架已经在多个平台上实现了超过1exaflop(百亿亿次浮点运算)的持续计算,其中在“极光”上的峰值算力达到了5.57exaflop。MProt-DPO框架的算法使得AI模型可以从结果中学习,不断改进设计。这种方法类似于人...

人工智能喜提诺奖,科学是否已经Next Level了?| 活动回顾

也只能始终这20种氨基酸,但实际上药物分子中需要插入一些非天然氨基酸,例如减肥神药司美格鲁肽,里面由两个残基属于非天然氨基酸,结果我们发现我们使用的蛋白质设计算法出现幻觉事实的时候,恰好对应于一些20种基本氨基酸之外的氨基酸,我们就完全可以把它作为非天然氨基酸加入药物设计中。

哈佛等名校科研表明:中年时多吃这种蛋白质,老了更健康

碳水、脂肪和蛋白质是维持我们生命活动的三大必需营养素,尤其是蛋白质,是构成机体组织的基础,人体氮的唯一来源,可以说没有蛋白质就没有生命。膳食摄入的蛋白质分为动物性蛋白质和植物性蛋白质,关于哪种蛋白质更好,该怎么吃一直是热议话题。动物性蛋白质因氨基酸模式更接近人体,吸收利用率更高而更被认可;植物性...

【Science】震撼发布:DeepMind开源AlphaFold3代码,引领AI蛋白质...

当DeepMind在5月8日的《自然》杂志上宣布AlphaFold3时,研究人员赞扬了这项技术不仅能预测蛋白质的结构,还能预测它们如何与DNA、RNA和其他蛋白质相互作用,这对药物发现和其他领域是一个福音。但他们批评了这一宣布本身:尽管《自然》杂志的编辑指南规定,计算代码必须与发表的研究一起提供,但新论文只包含了“伪代码”—...

Nature | 计算蛋白质设计:AI如何重塑生物学的未来

分子动力学模拟可以提供关于蛋白质运动的详细时间序列数据,但计算成本高昂且耗时,而机器学习模型则可以通过从大量数据中学习来快速预测蛋白质的可能构象,从而在精度与效率之间取得平衡。复杂结构的设计蛋白质不仅可以作为酶类,其还能够作为构建模块,用于自组装成能够携带货物进入细胞、产生机械力,或展开错误折叠的蛋白质...

2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”

他计算出,即使蛋白质只由100个氨基酸组成,理论上蛋白质也可以采取至少10^47种不同的三维结构(www.e993.com)2024年11月15日。如果氨基酸链随机折叠,那么找到正确的蛋白质结构需要比宇宙的年龄还要长的时间。在细胞中,这只需要几毫秒。那么氨基酸链实际上是是如何折叠的呢?Anfinsen的发现和Levinthal的悖论表明,折叠是一个预先确定的过程...

...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式

2024年10月9日北京时间17时45分许,戴维·贝克(DavidBaker)因计算蛋白质设计,戴米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnJumper)因蛋白质结构预测共同获得2024年诺贝尔化学奖。戴维·贝克(DavidBaker)是美国化学家、计算生物学家,华盛顿大学教授、蛋白质设计研究所主任,计算蛋白质设计和预...

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

拿一个由300个氨基酸组成的蛋白质来说,以前的预测方法每次只关注某几个位置的氨基酸信息,比如第一个氨基酸、第十个氨基酸或者第一百个氨基酸;也可能只关注某一个局部区域,比如第20个到第30个氨基酸……总之,关注的都是一些局部信息。许锦波的想法是,一定要让AI把从第1到第300个氨基酸的全局信息全用上,当然,难...

AI再问鼎诺贝尔化学奖!48岁DeepMind创始人因蛋白质结构预测摘桂冠

Levinthal计算出,即使一个蛋白质只由100个氨基酸组成,理论上该蛋白质也可以呈现出至少10^47种不同的三维结构。如果氨基酸链是随机折叠的,那么找到正确的蛋白质结构所需的时间将比宇宙的年龄还要长。然而在细胞中,这个过程只需要几毫秒。那么,氨基酸链究竟是如何折叠的?

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

FM又称从头计算方法,利用能量函数计算氨基酸空间相互作用,最终从所有可能结构中选取最佳形式,依靠分子动力学模拟获得蛋白质折叠方式,该法对小分子量蛋白质结构预测还算准确,但随着蛋白质复杂性增加逐渐变得无能为力。1994年,美国计算生物学家莫尔特(J.Moult)和菲德利斯(K.Fidelis)为推动蛋白质结构预测领域的快速...