马剑鹏:“如果没有今年的化学奖,可能就没有物理学奖”

贝克本人是做实验出身的,他后来改行做计算蛋白结构预测,这就充分说明了在蛋白质建模,尤其在蛋白质设计这个行当里面,不仅要有预测(设计也是先有预测),还要用实验去验证,就是设计出来的东西很难继续用计算来判别“设计的是对还是错”,以及判断设计的合理性。虽然有一部分可以通过计算实现,但不可能100%的准,最后还是要...

康迈迪森:打造计算化学和AI驱动新药研发平台,已服务数十家客户

一体化新药研发平台:可探索1010化学空间,满足小分子药物研发0-1的需求基于技术积累和团队优势,康迈迪森构建了一个计算化学和AI驱动的一体化新药研发平台,其中包括苗头化合物发现、先导化合物优化、成药性优化三个子平台。苗头化合物发现平台是一个超大规模虚拟筛选平台,能够将可探索的化学空间从106提升至1010,可用于...

《美丽山东建设规划纲要(2024—2035年)》征求意见

统筹产业结构调整、污染治理、生态保护、应对气候变化,协同推进降碳、减污、扩绿、增长,切实维护生态安全,以高品质生态环境支撑高质量发展,加快塑造绿色低碳转型新优势目标到2035年,绿色生产生活方式广泛形成,碳排放达峰后稳中有降,生态环境根本好转,国土空间开发保护新格局全面形成,生态系统多样性稳定性持续...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

AlphaFold3另一通用化的设计在其结构模块(structuremodule),即从Pairrepresentation生成最终的三维结构图。上一代的AlphaFold2把蛋白质最终的三维结构视为一系列由氨基酸残基构成的三角形在空间中的旋转和平移构成的主干框架(backboneframes)以及侧链的扭转(side-chaintorsion),通过让模型计算出这些三角形的旋转角度...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(spatialomics)也在积极研究中。通过结合新兴的三代长读长long-read和directRNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从...

地下空间支撑下的城市轨道交通和能源系统融合发展丨中国工程科学

结构损伤指数与功能损失、恢复时间、抗爆等级之间的对应关系复杂,而现有的功能损失计算、功能恢复时间计算等方法,不足以保障地下储能系统设施周围的生命财产安全(www.e993.com)2024年11月5日。构建面向储能安全运行的地下空间防御力评估理论,是解决相关问题的关键内容(见图4)。①分析储能电池热失控造成的火焰传播过程,揭示多组分燃气耦合爆炸荷载的...

两派最聪明头脑的激烈竞争,让化学键理论兼容并蓄

十九世纪初,道尔顿(J.Dalton)提出了近代科学意义上的原子理论:每种元素都对应一种特定性质且不可分割的原子,不同种类的原子可以按照简单的整数比相互结合。阿伏伽德罗(A.Avogadro)进一步指出,这种结合的结果是形成分子(molecule),而分子正是保持物质化学性质的最小单元。见微方能知著,从研究分子结构入手探索物质的...

计算神经科学读书会启动:从复杂神经动力学到类脑人工智能

本讲座将简要介绍单神经元、神经突触、神经网络三个不同层面的神经计算建模相关知识。3.唐乾元:Sloppiness模型简介与理论基础复杂系统不仅在变量空间有着极高的自由度,其在参数空间同样也有非常高的自由度。在大量参数不确定的情况下,我们是否仍然可以对系统的动力学情况进行预测?如果错误地估计了某个参数,我们所预...

孙奋勇教授:分子诊断创新技术研究前沿

总之,该研究表明,通过改变靶标类型,FLUCO技术有望成为脱落细胞分析、转录组分析、RNA表观遗传学分析等应用的有力工具。文章链接:基于工程仿生传感器的溶血病原菌生物效应丰度分析传统的基于生物标志物分子结构或化学特性的病原体检测策略只能提供微生物的“物理丰度”,而不能真实反映“生物效应丰度”。“生物效应丰...

中药物质基础的化学解析丨Engineering

代谢产物预测算法可以在枚举中使用预先定义的子结构或“构筑块”,以便预测代谢产物中是否存在结构成分;这将增加可用化学库的化学覆盖空间,实现更高效、结构去重复且预测更准确。该方法尤其适用于结构多样的糖苷分子,如皂苷类和糖化黄酮类化合物中的糖苷分子,这些分子通常由与各种糖基和酰基轭合的糖苷配基组成。借助商业...