南京大学陈迪俊团队开发基于单细胞和空间转录组的肿瘤微环境空间...

三级淋巴结构是非淋巴组织中因慢性炎症形成的独特免疫微环境,包含B细胞、T细胞、树突状细胞(DCs)等多种免疫细胞。TLSs的细胞组成因组织和炎症条件的不同而存在变异,给计算预测带来挑战。通过对原发性肝癌的空间转录组数据进行分析,SpaTopic识别出与TLSs相关的空间域,这些空间域与B细胞、T细胞和树突状细胞等免疫细胞...

Nat Commun|空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞...

利用TSO-his的映射功能,研究人员以单细胞分辨率重建了胸腺空间结构,并概括了经典细胞类型及其对T细胞发育的基本共定位。此外,研究还发现了以前未知的共定位关系,如CD8αα与记忆B细胞和单核细胞的共定位。结合单细胞免疫组库测序(VDJ测序)数据,研究人员还描绘了αβT细胞发育过程中不同的中间胸腺细胞状态。总的来说...

中健“长生露”:生命科学的重大突破

单细胞生物的细胞承受的重量很小,所以细胞没有专门承受重量的附属结构,它的生命活动和生长分裂不受细胞附属结构的限制,可以无限分裂和生存。高等生物个体通常很大,体细胞必须生长出一些能承受生物个体重量的附属结构,否则高等生物就无法站立。但这些附属结构本身没有生命活性,还会妨碍细胞分裂和生命合成活性。比如高等动...

Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型

鉴于此,来自哈佛大学的MarinkaZitnik教授团队开发了一种考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型——PINNACLE,通过结合单细胞转录组数据、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、细胞相互作用和组织层次数据,为每个蛋白质生成细胞类型特异的低维表示,该模型生成的结果能够显著增强之前仅通过蛋白三维结构得到的通用表示,进而完...

【学术前沿】Cell Metab | 韩敬东课题组开发单细胞水平鉴定与定量...

本研究的发现表明细胞衰老的调控因子之间存在明显的模块化和层次结构。综上，该研究开发了能够识别和评估细胞衰老的机器学习算法程序，并利用此工具，在更细致的单细胞精度上研究衰老细胞在不同阶段、不同生理环境下的性质，衡量了基因或小分子化合物干预手段对细胞衰老状态的影响，鉴定到许多鲜有报道的调控因子，并推断...

研究人员成功绘制小鼠胎盘发育精细时空图谱

研究团队通过整合已发表的单细胞转录组数据,在时间和空间维度鉴定了小鼠胚胎植入后,早期滋养层发展为胎盘圆锥的结构层次及空间发育轨迹,对在既往研究中检测受限的壁滋养层巨细胞的分化来源和迁移方向提出了新的假说(www.e993.com)2024年11月9日。在滋养层侵袭界面,团队鉴定了包括ATF3、JUN、JUNB等在内的界面特异性转录因子调控模块。这些模块大多数...

贝锦新团队解析三级淋巴结构在鼻咽癌肿瘤进展及免疫治疗作用

贝锦新课题组主要从事精准医学和转化医学研究,围绕肿瘤精准医学的核心理念,利用个体和单细胞水平的基因组、表达谱等多层次、多组学信息,挖掘与肿瘤发生发展及其异质性相关的分子、细胞及其作用网络,研究候选分子、细胞调控肿瘤进展的重要机制,发现与肿瘤早期精准诊断相关的分子标志物,筛选针对肿瘤微环境演进关键事件的精准诊治...

【日程公布】第五届单细胞技术应用研讨会暨空间组学前沿研讨会9月...

论坛背景为了加强国内外单细胞和空间生物技术学术交流,促进单细胞&空间组学基础研究、转化与临床研究深入发展,“第五届单细胞技术应用研讨会暨空间组学前沿研讨会”将于2024年09月20-21日在中国·北京召开。为推动我国单细胞组学技术更快、更优的解决临床问题,转化

条形码病毒工具-解剖学和转录组学在神经结构解析中的结合

其次,作者将含有不同DNA分子条形码的AAV病毒同时注射到同一只小鼠的不同器官上,包括肺、心脏、食道、胃、十二指肠、结肠和胰腺。一周后,分离出迷走神经元,进行单细胞测序分析。综合多方面的实验分析显示,迷走神经元能够运用不同的维度编码一个内感受信号最重要的三个特征元素,即内脏器官、组织层次和刺激模态,哺乳动物...

Cell子刊:韩敬东团队开发机器学习程序,在单细胞水平识别衰老细胞

不同的SID表现出不同的衰老基线、干性、基因功能和对衰老细胞清除疗法(Senolytics)的响应。SenCID可以重建正常衰老、慢性疾病和COVID-19下的衰老轨迹。此外,当应用于单细胞Perturb-seq数据时,SenCID有助于揭示衰老调节因子的层次结构。总的来说,SenCID是精确单细胞分析细胞衰老的重要工具,使针对衰老细胞的靶向干预...