科学家研发新型核酸检测系统,无需依赖昂贵蛋白质酶,单次材料成本...
受自然酶和核酸酶的启发,通过实施异构模块(如aptamer、toehold)来设计异构的DNAzyme生物传感器,可以通过小分子、蛋白质、核酸或细菌等,调节因子介导其催化活性。传统的异构DNAzyme生物传感器通常被设计成多组分分子复合体,通过具有toehold的抑制链,来抑制并释放DNAzyme。以及通过在靶结合后分裂并恢复催化...
新一代蛋白质预测模型登上《自然》杂志,让生物世界更“高清...
通过直接预测原子坐标,而非氨基酸特定的框架和扭转角,“阿尔法折叠3”的预测对象超越了蛋白质,覆盖到包括核酸、小分子、离子和修饰残基在内的蛋白质复合体,预测准确性超过任何已有工具,由此让生物世界更“高清”。更令马剑鹏在意的是,“阿尔法折叠3”已展现某种掌握第一性原理的特质。所谓第一性原理,即我们所处的物...
2023年David Baker团队连发5篇Nature和Science论文,开启AI蛋白质...
:深度学习模型可以预测蛋白质和蛋白质之间的相互作用,从而帮助设计新的蛋白质复合物和抗体。蛋白质功能注释和预测:深度学习可以进行蛋白质功能注释和预测,识别蛋白质的功能域、结构域和功能位点等。这有助于预测蛋白质的功能和相应的生物学作用。蛋白质优化和筛选:深度学习可以用于优化和筛选设计出的蛋白质。通过...
Nat Commun:核酸结合蛋白SFPQ通过促进组蛋白H1表达抑制EB病毒裂解...
这些蛋白质是专性二聚体,其核酸结合能力使它们能够在核DNA和RNA过程之间起分子桥梁的作用。DBHS家族成员剪接因子脯氨酸和谷氨酰胺丰富(SFPQ,也称为PSF)已被确定为转录和RNA加工的多功能调节因子。SFPQ作为二聚体蛋白复合体的一部分,依赖于其卷曲的结构域,它可以根据功能背景形成同源或异源二聚体然而,几乎所有基于...
提高mRNA药物稳定性,王潇团队合成具有核酸外切酶抗性的枝状poly(A...
天然mRNA翻译多数由5'帽和3'多聚腺嘌呤核糖核酸(poly(A))尾介导。真核翻译起始因子识别mRNA的5'帽形成翻译起始复合体,而多聚腺嘌呤核糖核酸结合蛋白(PABP)识别mRNA的poly(A)尾并与5'翻译起始复合体相互作用形成伪环状结构从而高效地产生蛋白。王潇课题组过去曾通过在poly(A)尾部用T4RNA连接酶特异性地引入具...
AlphaFold3:生物分子预测的大一统工具?|构象|配体|核酸|蛋白质|...
对于蛋白质-核酸复合体结构预测,目前最好的预测方法是DavidBaker实验室开发的RoseTTAFold2NA[8](www.e993.com)2024年10月18日。从下图中可以看出,AF3在蛋白质-RNA复合体结构预测任务和蛋白质-双链RNA结构预测任务上,表现都比RoseTTAFold2NA好很多。对于RNA结构预测,目前比较好的基于人工智能的方法有RoseTTAFold2NA和AIchemy_RNA[9](后者是CASP...
mBio.|SARS-CoV-2与自噬的双向相互作用
Rab7能够招募多种效应蛋白,包括马达蛋白和系留因子,促成自噬体与溶酶体的融合。此外,STX17、SNAP29、VAMP7和VAMP8等SNARE复合体,以及ATG14、HOPS复合体和LAMP2等蛋白也在这一过程中发挥重要作用。自噬作为防御机制抑制SARS-CoV-2复制,同时SARS-CoV-2利用自噬机制促进自身复制。
抗衰新希望!J Extracell Vesicles | 细胞凋亡囊泡能够助力DNA修复
最后,研究者证明了胚胎干细胞来源的16,000g载脂蛋白具有优越的DNA修复能力,因为它含有高水平的核DNA修复酶来拯救受到致命剂量辐射的小鼠。这项研究不仅揭示了凋亡囊泡在DNA保护方面的巨大作用,更展示了干细胞衍生囊泡在对抗辐射伤害上的无限潜力。细胞凋亡产生含有丰富DNA修复相关蛋白的apoV复合体...
11月9日开播!蛋白分析及表征技术进展主题网络研讨会
为了获取生物大分子较全面的立体结构,课题组进一步将离子迁移电泳与非变性质谱技术相结合,通过气相非变性质谱实验获得了分子的溶液可及表面积、通过液相迁移电泳实验获取了分子体积,再结合流体力学StokesFlow方程,最终获取了蛋白及蛋白复合体的三维几何尺寸信息,该方法可应用于蛋白-小分子复合体结构研究和蛋白质内部几何...
AlphaFold 3重磅发布,开启理解生命的新时代;因气候变化,这里成为...
但这一次,AlphaFold3使用了AI绘画模型中常见的扩散模型,可以直接预测原子的三维坐标,并在多步汇总后构建出精确的分子结构。论文摘要中写道,AlphaFold3能够对包括蛋白质、核酸、小分子、离子和修饰残基在内的蛋白质复合体进行联合结构预测,预测准确性大幅超过任何已有工具。