【JMC】Kymera的长效可口服的蛋白降解剂KT-413分子设计
这种降解剂的扩展性质表明其几何形状可以同时招募CRBN和IRAK4,具有能量可及性,并且在细胞环境中具有稳定的构象。图6.化合物32的晶体结构。基于32的特征,我们接下来通过体外分析其选择性。发现化合物32对KINOMEscan筛选平台中评估的468种激酶具有高度选择性,S(10)为1μM=0.005。首先在未刺激...
2023年David Baker团队连发5篇Nature和Science论文,开启AI蛋白质...
功能基因组学是深度学习的主要应用领域,包括预测DNA和RNA结合蛋白以及增强子和顺式调控区的序列特异性、甲基化状态、基因表达和剪接控制。当深度学习应用于调控基因组学时,通过直接使用从现代计算机中的视觉和自然语言处理的架构是非常成功的。单细胞测序技术的出现成为细胞生物学历程上的一个重要的转折点,它对于细胞类型...
??南京大学曹毅、王炜/北海道大学龚剑萍等合作,最新Nature...
偶氮苯是研究最为广泛的光致分子,在365纳米或435纳米波长的光照射下,偶氮苯会在延长的反式构象和较短的顺式构象之间发生可逆的异构化,同时中心C-N=N-C二面角会发生27.8°的变化。由于这种巨大的结构变化,蓝光/紫外光诱导的偶氮苯异构化已被用于实现聚合物材料的可逆相分离、表面性质转换,甚至是宏观层面...
中科大蒋彬课题组开发 FIREANN,分析原子对外界场的响应
通过调控外加电场,可以改变物质的化学结构、促进电子转移、控制物质相变和生物分子的构象变化、调整催化剂的选择性,甚至影响冷化学反应的量子动力学。在扫描隧道显微镜的尖端和金属表面之间施加电场,可以将金属表面的偶氮苯衍生物可逆的反式-顺式异构化。金(111)表面偶氮苯的反式-顺式异构同样的,改变电场的取向,...
Nat. Commun.:利用硫羰基叶立德的4π-电环化反应实现顺式环硫乙烷...
由于环硫乙烷的顺式构型可能是由反式硫羰基叶立德通过立体定向4π-电环化反应形成的。因此,作者分别利用N-苯基马来酰亚胺和马来酸酐捕获到了假定的反式硫羰基叶立德中间体8,并成功地获得了1,3-偶极环加成产物9a和9b(Fig.5a)。此外,当作者在体系中同时加入5a和5f(5a:5f=1:1)时,仅分别观察到产物6a和6f,...
COOLAIR体内单分子RNA结构构象,发现其对开花时间的调控功能
近些年来,越来越多的研究表明lncRNA的二级结构可以顺式或反式作用来调控染色质的状态进而影响基因的表达(www.e993.com)2024年9月17日。细胞内同一个基因的转录本,包括lncRNA,在加工过程中会产生不同的可变剪切产物;另外,即便是序列相同的可变剪切产物,在体内也会形成不同的RNA结构构象,因此,细胞内的lncRNA在序列和二级结构上存在高度的...
再生元对TCR-CD3和pMHC复合物的结构分析
MAGE-A4(230-239)和MAGE-A8(232-241)肽的不同之处只有两个保守的替换:在位置2(V2L)的缬氨酸到亮氨酸的替换,以及在第9位(T9S)中等表面暴露的残基上的苏氨酸到丝氨酸的替换。为了评估PN45545和PN45428与MAGE-A4/MAGE-A8的交叉反应性,首先在原代人T细胞中表达TCRs,并用pMHC四聚体试剂进行流式细胞术分析...
Nat Methods | 汤富酬课题组开发出基于单分子测序平台的scNanoHi...
随着三维基因组技术的发展,人们对基因表达调控相关的染色质构象已经有了一定的理解,但由于技术的限制,大部分研究都是集中在成对的相互作用(pair-wiseinteraction)上,而对于多个顺式调控元件同时与一个基因启动子之间的高阶相互作用(high-orderinteraction)的研究仍然比较有限。此外,多个基因组元件是如何通过三维基因组...
天大课题组Nature Communications发文
图2.全细胞催化系统水解hcPET示意图。首先,由于吸附模块HFBI的存在,共展示细胞迅速吸附到hcPET表面,且在hcPET上的吸附率接近100%。随后,降解模块PETase接触高结晶度PET的表面,并以顺式构象水解PET链,从而实现高结晶度PET的高效水解。天津大学生命科学学院硕士研究生陈卓芝、段荣迪,副研究员肖云杰,硕士研究生...
靶向蛋白降解(TPD):PROTAC、LYTAC、分子胶、光控PROTAC...|PROTAC...
(2)光响应开关型PROTACs(photoswitchablePROTACs):功能偶氮苯经常被用作光开关,因为它在受到光刺激时可以在反式和顺式构象之间转换。将四氟偶氮苯部分偶联到连接剂上,可得光切换的PROTAC267(图52)。在530nm光照射下,活性反式-267可转化为非活性顺式-267。顺式-267被证明不能诱导BRD2的降解,因为连接子距离较...