超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
...3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
该研究在AlphaFold2的基础上推出了AlphaFold3,能够以前所未有的准确度预测所有生命分子的结构和相互作用(包括蛋白质、核酸、小分子、离子)。在蛋白质-配体相互作用方面的预测精度远高于当前最先进的分子对接工具,在蛋白质-核酸相互作用方面的预测精度远高于专门针对核酸的预测工具,在抗体-抗原相互作用方面的预测精度也显著...
科学家开发非天然氨基酸eFSY,能在活细胞中鉴定直接的蛋白质相互作用
能在活细胞中以原位方式捕获蛋白质之间较弱的、瞬时相互作用;能区分直接蛋白质与间接蛋白质相互作用;能鉴定蛋白质相互作用的界面;能提高蛋白质相互作用鉴定的灵敏度;能鉴定出在其它技术中丢失的、或未被鉴定出的蛋白质相互作用。例如,亲和纯化结合质谱鉴定技术是鉴定蛋白质相互作用的常用技术之一。但是,该技术...
David Baker任科学顾问,初创公司发布世界最大蛋白质相互作用数据...
生物技术初创公司A-AlphaBio发布世界上最大的蛋白质相互作用数据库AlphaSeq,包含超7.5亿条测量结果,并且每个月以3M-50M数据点的速度快速扩展,解决数据集匮乏问题。蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分,在调控和维持细胞的生理功能中(如细胞的信号传导...
新AI模型可大幅提高化合物-蛋白质相互作用预测可靠性—新闻—科学网
中国科学院上海药物研究所研究员郑明月,副研究员张素林、李叙潼,提出了基于知识图谱的人工智能计算模型PertKGE,并以数据驱动的形式从微扰转录组数据中解耦出化合物-蛋白质相互作用(CPI)。9月19日,相关研究发表于《细胞基因组学》。对化合物和蛋白质之间的相互作用进行建模,是药物发现的基础。目前,研究人员可以利用不...
...商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对...
蛋白质与酚酸的相互作用受不同条件以及酚酸和蛋白质类型的影响,并引起其加工性质、营养价值、抗氧化活性等方面的变化,蛋白质与酚酸的相互作用能够拓展其应用领域和赋予新的价值,并进一步影响其所在的食品体系,因此可利用不同食物来源的蛋白质与酚酸结合以开发具有更好营养、功能、感官品质的新食物成分或产品(www.e993.com)2024年10月17日。
打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...
新智元导读虽然AlphaFold等系列的大模型已经在蛋白质预测方面取得了前所未有的突破,但依旧无法胜任蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)这种复杂的任务。初创公司A-AlphaBio的PPI数据集AlphaSeq,有望补足这方面的技术短板。随着最近AlphaFold3和ESM3的相继推出,我们看到了深度学习在生物学领域的无限潜力。
「卡梅德生物」蛋白互作简介
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)是指两种或多种蛋白质通过特定的物理接触进行结合并发挥生物学功能的过程。蛋白互作在生物学中非常重要,几乎参与了所有的细胞活动,例如信号传导、代谢调控、细胞周期控制、免疫反应等。蛋白互作的类型1.永久性互作:这些是稳定的相互作用,常常在复杂蛋白质机器(如核糖体或蛋白质复合物...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS可以应用于实验或预测结构,提取残基的可解释蛋白质原子重要性评分,并通过突变实验验证这些评分。转录因子在各种调控功能中起着关键作用,因此,了解蛋白质如何靶向特定DNA序列的机制至关重要。研究发现,结合机制包括精确的静电相互作用、脱氧核糖-苯丙氨酸堆叠、鸟嘌呤和精氨酸在大沟中的双齿氢键等。蛋白质-DNA...
瑞士公司Invasight开发蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂
瑞士生物科技公司Invasight成立于2020年,该公司开发了同类首创的药物发现平台,能精准识别导致癌细胞侵袭的细胞间蛋白质靶点,并设计特定的蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂,为靶向治疗侵袭性癌症提供精确、低毒性的创新疗法。Invasight是苏黎世大学的衍生公司,由KarthigaSanthanaKumar博士创立。Karthiga在苏黎世大学和苏黎世...