Nat Chem | 陈加余团队系统揭示三链体DNA互作蛋白调控机制与功能...
值得注意的是,先前研究难以区分内源性三链体DNA的构型,而该研究通过分析单链多聚胞苷酸结合蛋白HNRNPK、PCBP1和PCBP2的结合模式,推断出内源性三链体DNA主要采用H-r3构型。该重要发现也解决了HNRNPK、PCBP1和PCBP2蛋白的DNA结合位点相较于其RNA结合位点存在偏移的这一领域内悬而未决的难题6。此外,HNRNPK、P...
分子互作|蛋白与蛋白、核酸、小分子互作检测技术介绍、应用及资料...
3、筛选和目标蛋白相互作用的未知蛋白,一般结合质谱实验;02GSTpulldown??原理GSTpulldown技术基于GST标签和谷胱甘肽(GSH)的特异性高亲和力,将带有GST标签的目标蛋白固定于GSH琼脂糖珠上,当细胞裂解液经过该基质时,与目标蛋白有相互作用的蛋白或者大分子会被吸附,而没有被吸附的杂质则随缓冲液流出。...
Cell | 绘制人体病原体与人体外蛋白间的互作图谱
因此,作者比较了不同温度下伯氏疏螺旋体与人体外蛋白的互作情况。结果发现,在不同的温度下,互作组存在明显差异。如在人体宿主37°C下伯氏疏螺旋体能够独特地结合表皮生长因子(EGF)和与EGF相关的其他蛋白质。并且,作者使用流式细胞术验证了EGF与伯氏疏螺旋体之间的相互作用,表明EGF结合活性取决于伯氏疏螺旋体生长...
准确率达0.96,从序列中预测蛋白-配体互作的约束图神经网络
在多个蛋白质-配体复杂结构(如PDB6K1S和6OXV)的分析中,PSICHIC能够准确定位重要的结合残基和配体功能基团,这验证了其在序列数据中直接解码蛋白质-配体相互作用模式的能力。这一能力特别体现在其通过序列数据预测蛋白质-配体结合位点和关键残基上。图示:利用交互指纹进行虚拟筛选。(来源:论文)有趣的是,PSICH...
Nature Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构...
(2)提升人类蛋白质组单体结构预测精度为了验证该算法对于大规模结构建模的实用性,论文作者进一步将DMFold应用于人类蛋白质组的结构预测。作者选取了AlphaFold2DB数据库中5042个AlphaFold2预测失败(pLDDT<0.7)的人类蛋白。根据DMFold和AlphaFold2DB数据库对这5042个蛋白质的pLDDT分数直方图分布(图7A)显示,DMFold能够...
从样本到结果:蛋白互作验证方法的全面解析
免疫共沉淀法是一种常用的生物学实验方法,通过特异性抗体与目标蛋白结合,然后用磁珠或琼脂糖颗粒等材料沉淀出蛋白质复合物(www.e993.com)2024年10月17日。免疫共沉淀法可以鉴定蛋白质间的直接或间接相互作用,是蛋白互作验证的重要手段。4.酵母双杂交法:酵母双杂交法是一种通过酵母细胞中两个蛋白质的互作引发报告基因表达的方法。这种方法可以高...
IP和Co-IP技巧:解密蛋白质互作网络的关键步骤
1.可以在原位分析蛋白质相互作用,不需要对蛋白质进行化学修饰或标记。2.可以分析蛋白质复合物的组成和结构,以及蛋白质相互作用的动态变化。3.可以用于分析蛋白质相互作用的定量和定位。但是,IP和Co-IP技术也存在一些缺点:1.可能存在假阳性和假阴性结果,需要进行验证。
华中农业大学狂犬病研究团队揭示丽莎病毒属M蛋白抑制NLRP3炎症小...
图2RABV的M蛋白与NLRP3分子发生直接的相互作用图3RABV的M蛋白的分子对接及其与NLRP3分子互作验证图4丽莎病毒M蛋白与NEK7竞争性结合NLRP3通过点突变和Co-IP等方法进一步发现M蛋白的第158位丝氨酸在其与NLRP3分子互作中发挥关键作用,而这一位点在丽莎病毒属的病毒中非常保守。
PRRSV感染中不同转录的剪切mRNA的获得及猪白细胞介素18结合蛋白的...
将pIL-18和pIL-18BP基因连接到真核表达载体和原核表达载体中。WB结果表明两个目的蛋白pIL-18和pIL-18BP蛋白成功表达(图3A,C,D)。同时,将原核表达载体pET28a-pIL-18和pET28a-pIL-18BP转化到BL21感受态细胞中进行原核表达。纯化后的蛋白进行WB验证,证实pIL-18蛋白表达纯化成功。
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
图2.MSA及其包含的共进化信息与蛋白质空间结构关系。对于蛋白质互作形成的复合物,其MSA可以通过“合理”拼接蛋白质单体的MSA获得(图3)。但是,构造有效合理的蛋白质互作MSA需要满足一定条件。首先,单体MSA的同源序列必须要到达一定的数目,以保证推导单体内部有效共进化信息的统计量。第二也更重要的是,蛋白质互作MSA...