AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评
不少结构的预测精确度跟实验晶体结构相当,可以替代晶体结构;一些含有多个结构域的复杂超长的单链结构也达到了可以跟实验结构比较的程度;帮助解析了竞赛中涉及到的、实验多年没拿到的X射线晶体和cryo-EM冷冻电镜结构,比如T1058的膜蛋白是用了Alphafold2的预测模型之后,才跟原有晶体学数据综合成功解析了结构。AlphaFol...
AI因“破坏性创新”获诺贝尔化学奖:摧毁了冷冻电镜测定蛋白质结构...
在论文导向下,国内很多高校花费数千万上亿购买冷冻电镜后,利用这些设备解析了蛋白质结构,每解析一个蛋白质结构,就能在《Cell》《Nature》《Science》上发表一篇顶刊论文,实现该校所谓“CNS零的突破”。在蛋白质结构研究这个领域内,也诞生了多位院士。某种程度上,实现了这个领域的弯道超车。不过,国内一直也有争论,质疑...
更简单、更清晰,解析核酸、蛋白、细胞等结构,AI实现快速分子模式...
1、对于2D网格可视化,2D特征向量被分配给子断层图的各个xy切片,并放置在根据归一化特征坐标值着色的2D网格上。2、对于3D断层图可视化,MiLoPYP允许通过根据其归一化的2D表示为断层图中的每个体素分配不同的颜色来映射数据集中存在的结构多样性,其中相似颜色的体素表示结构同质的特征。3、对于3D...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而最...
人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码
但直到20世纪50年代,随着研究工具精度的提高,研究人员才开始借助仪器解析蛋白质三维结构。到20世纪70年代,研究人员已经认识到,决定蛋白质如何折叠的相关信息蕴含在组成蛋白质的氨基酸序列中。从那时起,研究人员一直怀有一个梦想,即试图根据已知的氨基酸序列预测蛋白质三维结构,但这非常困难,甚至一度被认为是不可能实现...
诺贝尔化学奖也颁给了AI,谷歌DeepMind科学家因揭秘蛋白质结构获奖
今年5月,谷歌DeepMind还推出了最新版本的AlphaFold3(www.e993.com)2024年10月17日。该模型不仅能预测蛋白质结构,还能够高精度地预测所有生命分子的结构和相互作用,包括DNA、RNA等。谷歌DeepMind当时表示,AlphaFold3超越蛋白质进入了更广泛的生物分子领域,这一飞跃可以开启更多变革性科学,从开发生物可再生材料到加速药物设计等等。在得知获得诺贝尔...
为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?
构建全新蛋白质的领域被称为denovodesign。研究小组绘制了一种具有全新结构的蛋白质,然后让罗塞塔计算:哪一种氨基酸序列可以产生所需的蛋白质。为了做到这一点,罗塞塔搜索了所有已知蛋白质结构的数据库,并寻找与所需结构相似的蛋白质短片段,然后对这些片段进行了优化,并给出一个结果——一段氨基酸序列。为了...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
随着许多蛋白质结构被解析,科学界考虑将这些信息进行存档以便利科研人员使用。1971年,在美国冷泉港实验室举办的一次蛋白质晶体学研讨会上,由布鲁克海文国家实验室汉密尔顿(W.Hamilton)倡导建立蛋白质数据库(ProteinDataBank,PDB),最初只包含7种蛋白质结构信息,是生命科学领域第一个开放获取的数字资源。
14位专家点评丨Nature发布AlphaFold完成的98.5%人类蛋白结构预测...
考虑到理解人类蛋白质组对健康和医药的重要性,研究人员付出了大量努力来确定这些蛋白质结构。虽然开展了数十年的研究攻关,但通过实验方法确定的结构只覆盖了人类蛋白质组17%的氨基酸——氨基酸是连接起来形成蛋白质的亚单位。利用实验方法解析结构需要跨越诸多十分耗时的障碍,因此,扩大蛋白质组覆盖面仍是一项艰巨挑战。
2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...
“自己辛辛苦苦花费数年解析出来的蛋白质结构被AI很快精准预测了,很多结构生物学家心里确实会不舒服。”沈琦说。不过在他看来,AI在蛋白质结构预测领域还有很长的路要走。他认为,蛋白质结构预测的终极问题还未被解决,AI算法对我们彻底理解底层生物规律的帮助有限。AlphaFold一类的大模型本质是通过对已有的大量氨基酸序...