他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

第二,它很困难,这是个被清晰定义的问题——已知蛋白质的序列,也就是氨基酸在一维上的排列顺序,要预测出整个蛋白质里面每个原子的三维坐标。这个问题横亘六十年,进展始终不大,许锦波好奇,自己能不能把这个问题的边界,向前推进一点点。许锦波演讲《AI预测蛋白质结构,但这只是一个开始》丨我是科学家蛋白质是什么?

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

下图展示了AlphaFold3对RNA修饰蛋白复合物的结构预测,该复合物包含一个蛋白质(蓝色)、一条RNA链(紫色)和两个离子(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。下图展示了AlphaFold3对一种分子复合物的结构预测,该复合物包含一种酶蛋白(蓝色)、离子(黄色球体)和单糖(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。这种酶...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学学家如何走好下一步,今年前知名学者颜宁就在讨论这个问题。2020年12月1日,谷歌旗下的DeepMind公司宣布,其新一代AlphaFold人工智能系统在国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上击败了其余的参会选手,精确预测了蛋白质的三维结构,准确性可与冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振或X射线晶体...

唠科|人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码——2024年诺贝尔化学奖...

唠科｜人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码——2024年诺贝尔化学奖成果解读记者：郭爽视觉：王涵宇（实习生）唠科工作室出品

...了,专家解读:2024诺贝尔化学奖为何颁给蛋白质的AI计算和结构预测

大卫·贝克掌握了生命的构建模块,利用“珍珠项链”里不同的“珍珠”设计出了全新的蛋白质。而戴密斯·哈萨比斯和约翰·M·詹伯成功地利用人工智能技术AlphaFold预测了几乎所有已知蛋白质的结构。AlphaFold与打败了李世石的围棋博弈算法AlphaGo是“师出同门”。蒋超介绍道,“AlphaFold是DeepMind在2016-2018年中一直在研究的...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

这张幻灯片的左边展示了四个不同蛋白的结构,很漂亮,我们用软件把它画成了卡通形式,简化了结构的复杂度(www.e993.com)2024年11月8日。但在右边,我们把蛋白质复合物的原子都画出来了,就变得非常复杂。我们可以用不同软件、不同表示形式把蛋白质的三维结构给画出来,去观察蛋白质到底长什么样。根据蛋白质的结构,我们可以在原子层面去分析、去预测...

人工智能从头设计了大量全新蛋白质,还获得了诺贝尔奖,但它们真能...

在过去,竞赛推动了关键科学进展,特别是在蛋白质结构预测领域,例如,AlaphaFold2就是在第14届CASP竞赛中一战成名。而现在,一系列新比赛通过降低进入门槛吸引了来自世界各地的人们进入蛋白质设计相关领域。但一些科学家指出,这些竞赛必须克服一些障碍,例如确定要解决哪些问题,以及如何客观地选出获胜者。否则,这些竞赛反...

诺贝尔化学奖揭晓!国际象棋AI大师破解了蛋白质的密码

2024年诺贝尔化学奖了授予华盛顿大学的戴维·贝克教授(DavidBaker)、谷歌DeepMind的德米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnJumper),他们因“蛋白质结构预测”,破解了蛋白质结构的密码,从而获得诺奖。诺贝尔化学奖委员会主席海纳·林克说:“蛋白质里这20种氨基酸所蕴含的潜力,无论怎样强调都不为过。”...

诺贝尔化学奖颁给DeepMind,AI是如何终结蛋白质研究的?

基于这一发现,Anfinsen提出了一个假设:应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的结构——这就是后来广为人知的蛋白质折叠问题。一旦多肽链组装完成,它们就能在千分之一秒内折叠成正确的结构,速度之快令分子生物学家CyrusLevinthal咋舌。在1969年发表的论文《如何优雅地折叠》(HowtoFoldGraciously)中,Levintha...

关注2024诺奖|借助计算机模拟“上帝之手”,蛋白质设计不负众望...

这样一来，研究人员们可以更快预测出蛋白质的结构。在Rosetta这个程序基础上，2003年，戴维·贝克的团队设计出了第一个原本并不存在于自然界中的蛋白质，它被命名为Top7，具有完全新颖的褶皱。接下来的几年时间，大卫的团队对Rosetta进行了更多的优化。如今，戴维·贝克的实验室，以及他的合作伙伴们已能设计出一个...