谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
最近,DeepMind又放大招——推出了用于设计和生成全新蛋白质的人工智能模型——AlphaProteo,其能够为多种目标蛋白设计和生成全新的高亲和性蛋白结合体,有望加速人类对生物学过程的理解,并帮助发现新药、开发生物传感器等。深度学习是一种人工智能技术,它通过模拟人类大脑中的神经网络来解决复杂的问题。深度学习已经应用...
...等解读AI赋能的蛋白质结构与功能预测及设计丨Cell Press线上讲座
蛋白质设计与改造已进入AI时代,诸多基于序列或结构的模型为各类蛋白质家族补充了前所未有的生成式蛋白新序列,也赋予了传统蛋白新功能,但整体而言,大部分预测模型得到的蛋白新序列有效率不足50%,后续需要大量湿实验对序列进行进一步筛选和功能性验证,而很多相关模型研究缺乏湿实验验证。我们构建了基于蛋白序列与结构信息的...
青科沙龙第118期 | Cell-叶绿体蛋白转运系统的结构与功能研究
「马达」复合体为叶绿体蛋白转运提供能量掌握了这些机理,如同获得了开启叶绿体门控的密钥,意味着将有望调控叶绿体大门的效率,使其加速通行,或调整其结构,仅允许特定蛋白通过,从而优化光合作用效率。至此,闫浈实验室以五年里三篇被Cell收录的研究论文,完整揭开了叶绿体蛋白转运中「大门」和「马达」的模...
入选ACL 2024!实现蛋白质数据与文本信息跨模态解读,中科大王翔...
其中,研究人员选择的蛋白质语言模型是ESM-2150M,用于蛋白质理解;选择的跨模态投影器是Q-Former,用来桥接PLM和语言模型LM之间的模态差异,进而将蛋白质表示映射到LM的文本空间中;选择的语言模型是Galactica1.3B,用于文本处理;为保持下游适应(downstreamadaptation)的效率,研究人员还在语言模型中融入了LoRA...
两个圈外人的前卫实验,引发了一场不凡俗的科学革命
这篇论文表明,蛋白质的合成能够被攻击RNA的RNA酶(RNase)打断,并且——最终且程度较低地——能够被破坏DNA的DNA酶(DNase)打断。马特伊和尼伦伯格为这一结果给出了一种正确的解释:完好无损的RNA的存在是蛋白质合成的必要条件,而DNA酶造成的抑制是因为“DNA遭到了破坏,导致其无法再承担模板RNA的合成模板这一功能”...
Nature Methods主题特刊:关注 AI 在生物学中的应用
此外,高级AI方法也将塑造蛋白质组学领域:在他们的评论中,BenjaminGyori和OlgaVitek描述了AI方法将如何帮助研究人员利用来自零散来源的知识,推进基于质谱的蛋白质组学数据分析,进而完成机制的发现和功能的解释[17](www.e993.com)2024年9月16日。专刊中也介绍了由MarinkaZitnik和其团队开发的PINNACLE框架[18],这是一个AI模型,它在考虑生物学背...
【国盛通信】Fabrinet股价背后的逻辑
10.OpenAIGPT-4AI模型潜力挖掘:高精度建模基础蛋白质结构据C114报道,科技媒体TheDecoder引述罗格斯大学的一项研究表明,OpenAI公司的GPT-4语言模型能高精度模拟简单的氨基酸和蛋白质结构。相关研究成果发表在《ScientificReports》上,该科研团队使用GPT-4AI语言模型,探索其在基本结构生物学任务中的表现,...
...Science论文:利用AlphaFold2发现Cas13的祖先,并解析其结构和功能
该研究表明,与较大的Cas13不同,Cas13an用于crRNA加工和RNA引导的切割的是一个单一的活性位点,揭示了祖先核糖核酸酶(ribonuclease)结构域的两种活性模式。论文通讯作者JenniferDoudna教授表示,在从细菌到人类的许多生物体中,40%-80%的基因编码了功能未知的蛋白质。这项新研究展示了如何通过对由AlphaFold等人工智能生...
QB期刊 | 天津大学宋浩教授团队综述基于导电蛋白质的电活性微生物...
文章综述了细胞内电子生成和界面电子传递的动力学计算模型,揭示了细胞色素蛋白和导电纳米线的结构、功能、电子传导机制和工程策略,并展望了细胞色素和导电纳米线未来潜在的研究方向,为理性提高EAMs的电子传递能力以及推动电活性微生物实际应用提供了参考。相关文章以“Conductiveproteins‐basedextracellularelectrontransfer...
张锋最新综述论文:系统总结基于CRISPR的基因编辑工具及其递送载体
例如,现在已有临床试验使用AAV递送基因编辑器治疗Leber先天性黑蒙10型(LCA10)和艾滋病患者,使用LNP递送基因编辑器治疗转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR)、遗传性血管性水肿(HAE)和杂合子家族性高胆固醇血症(HFH)。这篇综述论文讨论了基于CRISPR的基因组编辑器的递送系统,重点关注AAV和LNP,对于它们作为递送系统的优...