国内首个!《动物病原微生物宏基因组高通量测序技术规范专家共识...
宏基因组高通量测序整个流程通常分为湿实验和干实验两部分[10]。湿实验流程是指从样品处理到测序数据产生的整个过程,需要在标准的实验室完成,一般包括:样品前处理、核酸提取、文库制备、测序;干实验流程是指对测序数据进行生物信息学分析及结果审核和出具报告的过程。宏基因组高通量测序湿实验的每一个环节都要严格控制...
一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识
鉴定到复合群内不常见的种:当MALDI-TOFMS鉴定出复合群内较为少见的种,在经过基因测序复核后,为了协助临床决策,可考虑报告复合群水平,或是同时报告种和复合群。例如质谱鉴定出霍氏肠杆菌,可报告阴沟肠杆菌复合群??[??6??]??;质谱鉴定为银白色葡萄球菌,可报告为金黄色葡萄球菌复合群??[??71??]??。由...
MALDI-TOF MS鉴定病原微生物临床应用专家共识
四、展望MALDI-TOFMS在微生物学实验室相关的其他应用领域,特别是耐药和分型方面取得了一定的进展。1.MALDI-TOFMS应用于耐药菌的检测,主要包括:(1)检测抗菌药物的水解。将待测菌株与β内酰胺类抗菌药物共孵育,依据分子量的变化判断抗菌药物的水解情况来评估β内酰胺酶活性,从而判断细菌是否具有相应的耐药性[...
法国实验室基因测序显示:法国去年初流行的新冠毒株与中国无关
近日,欧洲精准医学平台首席执行官、免疫学家鞠丽雅在接受《欧洲时报》采访时表示,法国实验室去年的基因测序结果证明,2020年初在法国流行的新冠病毒毒株与中国毫无关系。鞠丽雅介绍说,法国巴斯德研究所曾于2020年4月报告该国新冠患者基因测序结果,结果显示法国的新冠疫情源自本土的、可能在2020年之前就流行的新冠病毒毒株,...
苏珍萍 朱庆义:气单胞菌属致病性与实验室分子诊断新技术临床应用
注:VP试验表示VIP试验;+表示≥90%+;-表示<10%的菌株+:V表示11%~89%菌株+;S表示敏感:R表示耐药。3.分子诊断(1)多位点系统发育分析检测毒力因子:采用多位点序列分型(Multilocussequencetyping,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段,测定其序列,分析菌株的变异,从而进...
艰难梭菌感染的实验室诊断与检测方法
Reil等[64]于2011年首次将此技术应用于CD分型,并指出此方法能够有效鉴定RT001、027和078型菌株(www.e993.com)2024年10月19日。目前国内CD主要的流行型别为RT017型菌株,Li等[65]认为MALDI-TOFMS是鉴定RT017型菌株快速且可靠的工具。以基因测序作为参比方法进行对比时,此技术的鉴定能力要强于传统的生化鉴定方法,但如何控制不同系统在鉴定性能上...
医药行业病毒载体专题报告:CGT关键原料,关注外包生产
3.1.3AAV载体改造策略:分型发现、设计及修饰为了将野生型AAV变成适合体内基因递送的重组型AAV载体,研究人员对其进行了一系列的遗传改造。重组型AAV载体的病毒衣壳依然沿用野生型AAV的序列与构造,如完全剔除了rep基因和cap基因,仅仅保留有了负责引导病毒载体基因组复制和包装的ITRs序列。
合成生物学报告:第三次生物技术革命中的机遇与挑战
根据中信证券的统计,国内外从事合成生物学领域的公司已多达500家,工具型公司多是与DNA相关,提供包括测序、合成,基因编辑等服务,平台型公司侧重对菌株的筛选与改造、培养成分开发等,旨在提供生物体设计与软件开发等合成生物平台,由于自身缺乏应用层面的落地产品,盈利能力受限。产品型公司则打通从生物改造、发酵纯化到产品...
公卫·科普 | 高通量测序技术——打开病原体诊断的“钥匙”
mNGS检测流程可分为样本处理、核酸提取、文库制备、模板制备和测序、数据分析以及报告出具几个步骤(图3)。开展过程中需要在实验的关键步骤设定质控点和合适的对照来尽量减少假阳性和假阴性检测结果的发生,这些都对开展mNGS检测服务的公司提出了很高的要求。随着mNGS在临床范围内的应用日渐增多,外送的方案由于时间周期较长...
快报|TransFlow:基于全基因组测序的结核分枝杆菌近期传播自动化...
作者首先通过VNTR基因分型筛选了125个样本,然后在其中的122个样本中成功地进行了WGS。此外,我们还从原文作者那里取得了相关的流行病学数据。对于该数据集,我们测试了基于传播的方法,共鉴定出了103个测序菌株分布在36个传播簇中,成簇比例为84%(图4),这与原始研究的结果几乎相同(103株菌和38个传播簇,成簇...