...杨茂君破译线粒体超大分子量多酶复合物的全景空间结构及组装机制

Protein&Cell+NC|杨茂君破译线粒体超大分子量多酶复合物的全景空间结构及组装机制,蛋白,细胞,亚基,杨茂君,线粒体,复合物

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

在过去的几十年中,科学家们开发了不同的实验技术去观察和测定蛋白质在细胞里的三维构型,其中最精确的一种叫做晶体衍射技术。后续科学家们也开发了另外两种技术,一种是核磁共振,另一种是现在非常流行的冷冻电镜技术。这三种技术都可以以不同的方式去观察和测定蛋白质的三维构型,但也都存在问题。首先,这些方法需要非...

同时生成蛋白序列和结构,David Baker团队序列空间扩散新模型

蛋白质去噪扩散概率模型用于从头生成蛋白质骨架,但其在引导生成具有序列特异性属性和功能特性的蛋白质方面存在局限。为了克服这一限制,华盛顿大学DavidBaker团队,开发了一种基于RoseTTAFold的序列空间扩散模型ProteinGenerator(PG),可同时生成蛋白质序列和结构。从噪声序列表示开始,PG通过迭代去噪生成序列和结构对...

专家解读化学诺奖:如果没有今年的化学奖,可能就没有物理学奖

蛋白设计也好,蛋白质结构预测也好,它归根到底跟一个问题有关系,就是叫蛋白质折叠。我先来简单解释一下什么叫蛋白质折叠。我们知道,蛋白质首先是有空间结构的,而且有很多蛋白的空间结构是唯一的。蛋白质的氨基酸序列,是由遗传密码来决定的。遗传密码是一维的,所以它这里有个问题,就是如何由一维的蛋白质序列记住这个...

AI凭啥又得奖?就凭它半小时干完了几年的活

又快又准的蛋白质结构预测一组获奖者是戴密斯·哈萨比斯(DemisHassabis)与约翰·朱默帕(JohnM.Jumper),他们参与创造了AI蛋白质结构分析工具AlphaFold。蛋白质的功能是由分子的三维空间结构决定的,因此,想要真正地理解蛋白质如何发挥作用,科学家们就必须准确地掌握蛋白质的空间结构。

Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

宏基因组编码的蛋白质种类繁多,反映了多种功能和活动(www.e993.com)2024年11月8日。对这一巨大序列空间的探索仅限于与参考微生物基因组和来自这些基因组的蛋白质家族进行比较分析。在此,我们开发了一种计算方法,从宏基因组的序列空间中生成无参考的蛋白质家族,以研究目前通过参考基因组所能实现的功能多样性之外尚未开发的功能多样性。我们分析了...

数据变为声音,聆听氢键“奏鸣”,科学家揭示蛋白质折叠构象过程

氢键在维持蛋白质的空间结构中扮演重要角色。许多有趣甚至难以理解的现象，都可以归功于氢键的存在，比如冰作为一种固体，密度却比液态水小。科研人员想了许多方法来研究氢键，这一次，他们想到了数据声音化。因为，人对声音信息的处理速度更快。于是，我们可以在不同的音调中了解蛋白质如何折叠，又如何在其内部形成...

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生

折叠的“密码”是什么?折叠机制又是什么?20世纪60年代早期,第一批通过实验确定的蛋白质结构问世。剑桥大学的两位生物学家MaxPerutz和JohnKendrew将蛋白质培育成晶体,用X射线轰击它们,并测量射线的弯曲情况——这种技术称为X射线晶体学。通过这种方法,他们确定了血红蛋白和肌红蛋白的三维结构。

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

日前,QuantaMagazine科学作家YaseminSaplakoglu在一篇长文中详细介绍了蛋白质折叠问题的历史——从早期实验学家使用X射线晶体学解析蛋白质结构,到计算生物学家尝试通过算法预测结构,再到AlphaFold的出现及其带来的颠覆性影响。同时,她也探讨了人工智能在蛋白质科学领域的突破性进展,特别是AlphaFold如何改变蛋...

光纤、水泥、扁虫、蛋白质,上过太空,它们有了“超能力”

日本宇宙航空研究开发机构（JAXA）也是活跃于微重力蛋白质晶体生长研究的机构之一。其中一项研究检查了与杜氏肌营养不良症相关的蛋白质的晶体结构。微重力结晶研究产生了几种有前途的化合物，包括一种名为TAS-205的分子。此外，大型制药公司也越来越重视微重力环境下晶体生长为药物研发带来的益处。例如，默沙东公司的PD-1...