探索蛋白质多样性:氨基酸顺序测定揭示重组蛋白质药物的差异性
2.氨基酸顺序与蛋白质功能的关系蛋白质的功能通常与其氨基酸顺序密切相关。即使仅仅改变一个氨基酸残基,也可能对蛋白质的结构和功能产生显著影响。例如,在抗体类重组蛋白质药物中,单个氨基酸的变异可能导致药物的亲和性、稳定性和生物活性的改变。因此,准确确定蛋白质的氨基酸顺序对于了解其功能和性能至关重要。3.重组...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
因为目前缺少大标度高精度的蛋白质互作序列数据库供互作MSA的直接搜索,如何从单体MSA构造有效的互作MSA、进而产生高精度蛋白质复合物结构预测仍然是一个巨大的挑战。打开网易新闻查看精彩图片图3.通过合理拼接单体MSA构建复合物MSA,进而预测蛋白质复合物结构。在这项研究中,张阳团队基于他们此前开发的DeepMSA迭代M...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
造成现有模型难以预测动态构象分布的主要原因是,蛋白质结构数据集仅有实验解析的单一静态结构或结合态结构,结构数据集的偏置导致了模型难于预测真实的分布。另一方面,物理知识的缺失导致模型无法模拟分子动力学行为,从而与真实世界对齐。在此,来自字节跳动ByteDanceResearch的研究人员提出了一种物理信息引导的蛋白质构象...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
首先,通过计算所有重要的成对序列相似性,为两个基因目录(即来自参考基因组的蛋白质和来自ED的蛋白质)中的每一个建立了一个全对全相似性矩阵。然后对这两个图进行分析,以确定基于序列相似性的蛋白质群。为此,我们使用了HipMCL,它是最初的MCL算法的大规模并行实施方案。从数据检索到聚类生成的整个过程如图...
通过功能优先、人工智能引导的生成模型 Chroma 重塑蛋白质设计
其原因包括对序列、结构和功能之间的关系进行建模很困难,并且大多数计算设计方法依赖于迭代搜索和采样过程,就像进化一样,必须逐步适应崎岖的适应环境。尽管已经开发了许多计算技术来加速这种搜索并改进天然蛋白质结构的预测,但可能的蛋白质的空间仍然很大,并且传统计算方法只能部分访问。确定如何有效地探索可设计蛋白质结构的...
专访清华大学刘俊杰:为基因编辑做减法,无需蛋白质的基于RNA核酶的...
基因承载着遗传信息,定义了生命的多样性和复杂性(www.e993.com)2024年7月25日。基因编辑是理解和改造生命的关键技术,在生物学研究和生物产业发展中发挥着重要作用。历代基因编辑工具,如巨核酸酶、ZFN、TALEN均以蛋白质为基础,识别和切割DNA,编辑位点的重编程较为困难。目前被广泛使用的CRISPR-Cas工具,是RNA引导的蛋白核酸酶,通过引导RNA的间隔序列...
专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...
通过蛋白质组或转录组等组学数据,我们可以更全面地理解细胞的微环境和疾病产生的原因,这对于临床治疗和疾病机制的研究具有重要意义。与AlphaFold等关注单个蛋白质结构的技术相比,我们的研究更侧重于整个细胞和微环境的系统性分析,这使得我们的工作更接近临床应用和疾病机制的探索。雷峰网:虽然是三个论文成果,但...
专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学
通过蛋白质组或转录组等组学数据,我们可以更全面地理解细胞的微环境和疾病产生的原因,这对于临床治疗和疾病机制的研究具有重要意义。与AlphaFold等关注单个蛋白质结构的技术相比,我们的研究更侧重于整个细胞和微环境的系统性分析,这使得我们的工作更接近临床应用和疾病机制的探索。
Trends in Neurosci综述:张振涛团队总结蛋白质相互作用调控α...
α-Syn可以与细胞内其他蛋白质发生多样且复杂的相互作用,形成具有不同结构和毒性的毒株(Strain),导致不同的疾病表型。因此,蛋白间相互作用的多样性以及“交叉接种”可能是导致疾病异质性的重要原因。3α-Syn与微生物蛋白质的相互作用某些微生物蛋白能够在特定条件下形成聚集体,包括大肠杆菌的Curli、酵母菌淀粉样...
准确性比AlphaFold2高6倍,BasecampAI模型,蛋白结构预测新突破
Basecamp表示,其模型BaseFold在更广泛的数据集上进行训练,可以产生比AlphaFold2更准确的蛋白质结构预测。BaseFold利用Basecamp专门构建的基础数据集,显著提高了大型复杂蛋白质结构和小分子相互作用的预测精度,其准确性比AlphaFold2高出六倍,并将小分子对接提高了三倍。对更大、更复杂的蛋白质进行更...