Nature:AI仍需发力这5个蛋白质设计问题

对于大多数蛋白质，生成式人工智能软件可以生成像手一样精确包裹目标的粘合剂。例如，2023年，DavidBaker和他的同事使用RFdiffusion创建了传感器蛋白，当它们附着在特定肽激素上时会发光。但诸如遍布免疫细胞表面的跨膜分子等蛋白质仍然难以破解。预测蛋白质-蛋白质相互作用的算法之所以成功，是因为所有天然蛋白质都...

文献解析丨人尿液中糖肽的鉴定和表征

复合物唾液化蛋白在防御/免疫蛋白活性、蛋白酶抑制剂活性、信号肽和SERPIN结构域也显著富集。高甘露糖糖蛋白与所有人类蛋白质进行比较时,并未观察到分子功能相关的显著富集。图4.显著性的糖蛋白基因富集分析4.糖基化异质性:研究观察到同一蛋白质上不同糖基化位点的糖链类型存在显著差异,这种现象表明了蛋白质上糖...

Nature:计算蛋白质设计,AI如何重塑生物学的未来

蛋白质不仅可以作为酶类,其还能够作为构建模块,用于自组装成能够携带货物进入细胞、产生机械力,或展开错误折叠的蛋白质等复杂结构。通过合理设计,蛋白质可以被赋予多种新颖的功能,用于解决实际的生物医学问题。在COVID-19大流行期间,韩国和英国相继批准了基于计算设计的蛋白质制成的疫苗SKYCovione的紧急使用,这标志着计...

技术变革还是炒作噱头?AI for Bio到底能做什么|AI驱动科学

通过蛋白质结构预测,了解蛋白质的构型,可以帮助我们了解其工作原理。可用于合理化药物设计。只要知晓一种蛋白质的结构,就可以开始研究哪些类型的分子可与其相互作用并改变其功能。但它的预测结果真的足以代替实验确定的蛋白质结构吗?这很难说。一方面,如果以模型预测的结构为起点,使用配体结合计算模型来预测哪些药物...

...河南中医药大学揭示皂角抗喘息性支气管炎的成分及作用机制

共鉴定出864个显著的生物过程,主要涉及激素反应和细胞迁移的正向调节。在细胞组分方面,找到了50个相关术语,重点关注膜筏、膜微域和焦点粘附。此外,还富集了59个分子功能,包括氧化还原酶、蛋白激酶、磷酸转移酶和酒精受体活性。根据P值选择每个类别(BP、CC和MF)的前10条通路,并使用条形图进行可视化(图3C)。

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

其中,变异的分类包括错义突变(missense)、无义突变(nonsense)、同义突变(synonymous)、移码突变(frameshift)等,这些变异被映射到相应的蛋白质序列和结构上(www.e993.com)2024年11月13日。通过对变异映射到PDB和AlphaFold三维结构的详细统计,展示了G2P平台在变异功能分析中的应用,为研究者提供了精确的蛋白质结构功能分析工具,尤其是在分析遗传变异...

FSHW | 微冻结合气调包装卵形鲳鲹鱼片品质相关蛋白分析研究

两项比较的前4个功能类别包括“信号转导机制”、“细胞骨架”、“细胞内运输、分泌和囊泡运输”、“翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣蛋白”。在AP/FS和MAP/FS的比较结果中发现了相似的KOG分布和修饰,表明微冻贮藏后的AP和MAP鱼肉的蛋白质组学分析有相似的变化。重要的是,信号转导机制和细胞骨架功能在肌肉蛋白变化...

和树根一样的茶是什么茶?详解其类别及来源

在发酵过程中,普洱茶会经历微生物的作用,茶叶内部的组织会发生变化。茶叶的纤维素、蛋白质和多酚等成分会被微生物发酵分解,茶叶的结构变得疏松,而在揉捻的过程中,茶叶被捻成长条状,形成了树根形状。茶叶的成长过程中,受到多种因素的被称为影响,如土、气候、养分等。而茶树的根系是茶树与土之间的重要联系接口,能...

原生液体胶原肽,胶原蛋白肽界的王者

胶原蛋白被誉为“皮肤的软黄金”,在人体中起着支撑和保护皮肤的作用。抗衰专家ReyhanNergizUnal博士提到:“胶原蛋白肽能促使成纤维细胞产生皮肤抗衰老分子,胶原蛋白是一种生物信使,这意味着接触胶原蛋白会改变真皮细胞的行为,使其变得紧致而富有弹性,同时也会增加胶原蛋白的产生。”对此,一向奉行“吃啥补啥”主义...

知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用

AlphaFold3(AF3)是一个能够高准确度预测包含几乎所有在蛋白质数据银行(PDB)中的分子类型的复合物的模型。在除了一个类别之外的所有情况下,它的性能都显著高于专门针对特定任务的强大方法,包括蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用的更高准确性。这是通过对AlphaFold2架构和训练过程的重大演进实现的,既适应更一般...