借助AI模型破解蛋白质结构的密码

AI模型成功预测2亿种蛋白质结构另一个重大发现是科学家能够预测蛋白质的结构了。蛋白质中的氨基酸像长串珠子一样连接在一起,折叠成复杂的三维结构,这种结构对蛋白质的功能至关重要。自20世纪70年代以来,科学家们就一直在努力根据氨基酸序列预测蛋白质的结构,但这一直是个巨大的挑战。四年前,这一领域迎来了重大...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

这里展示了蛋白质结构与功能的三个例子。左边这幅图显示了新冠抗体和病毒刺突蛋白结合的样子,抗体通过和刺突蛋白结合,就可以阻挡新冠病毒进入人体细胞。中间这幅图片是一个血红蛋白,它的主要功能是帮助我们把氧气运输到人体各个地方。怎么运输?你看到中间有些小球,这些小球表示的是铁原子。血红蛋白把铁原子包裹起来,铁...

神经网络结构复杂度及其功能表现:梯径理论与算法信息论

第3篇发表在《PhysicalReviewResearch》——Evolutionarytinkeringenrichesthehierarchicalandnestedstructuresinaminoacidsequences(将梯径用在蛋白序列上)第4篇即这篇,发表在《npjComplexity》(将梯径概念扩充并用在蛋白序列上)第5篇关于多肽药物的设计,目前正在第二轮返修中非常感谢北京师范大...

Nature Methods:基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动临床...

例如,研究者可以通过该平台假设特定蛋白质的结构与功能关系,从而为自然或合成变异的分子表型提供见解。通过G2P平台,可以方便地检索并可视化基因-蛋白质的映射关系,并且能够将数据下载用于后续分析。这一工具为基因组学与蛋白质结构之间的桥梁提供了极大的便利,为探索与疾病相关的遗传变异的结构功能机制铺平了道路。近...

2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质奥秘”

图1.蛋白质可以由几十个到几千个氨基酸组成。一串串氨基酸折叠成三维结构,对蛋白质的功能起着决定性作用。(来源:ohanJarnestad)随后,研究人员主要使用X射线晶体学(通常需要付出大量努力)成功制作了约20万种不同蛋白质的图像,这为2024年诺贝尔化学奖奠定了基础。

被质疑“不该拿物理学奖”的诺奖得主,一生经历却足够拍一部《奥本...

令人惊叹的是,各种物理学技术都被用来研究这个分子(www.e993.com)2024年11月3日。核磁共振(NMR)、电子顺磁共振(EPR)、光谱学、共振拉曼散射、X射线结构研究、中子散射、穆斯堡尔光谱学——所有这些固态物理学的巧妙实验技术似乎都与血红蛋白密切相关。有一段时间,血红蛋白成为物理学家理解蛋白质如何运作的“氢原子”。

...丨2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示“蛋白质...

图1.蛋白质可以由几十个到几千个氨基酸组成。一串串氨基酸折叠成三维结构,对蛋白质的功能起着决定性作用。(来源:ohanJarnestad)随后,研究人员主要使用X射线晶体学(通常需要付出大量努力)成功制作了约20万种不同蛋白质的图像,这为2024年诺贝尔化学奖奠定了基础。

揭示蛋白质结构谜团:圆二色谱计算二级结构的方法与意义探析

1.功能和结构关联蛋白质的二级结构与其功能之间存在密切的关联。二级结构元素的类型和相对位置决定了蛋白质的折叠方式和稳定性,从而影响其功能。圆二色谱计算二级结构可以帮助我们理解蛋白质的功能与结构之间的关系。2.结构演化研究通过圆二色谱计算二级结构,我们可以研究蛋白质结构的演化和进化。通过比较不同物种或不...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。

低调又迷人,它完成了DNA和蛋白质都无法做到的事 | 西湖大学付向东...

当然这个预测结构肯定要跟生物学功能的研究结合(couple)在一起,要不然你也不知道是真的是假的,或者你预测的是某一阶段的。所以现在蛋白质结构是远远高于蛋白质复合物的结构,然后蛋白质复合物和蛋白质加起来远远高于RNA的复合物的结构,这所有的东西加起来远远高于RNA本身的结构。