大模型落地应用观察:难点与破局
但科学家若想通过计算氨基酸分子间的相互作用来预测其折叠方式,则要穷尽所有可能的蛋白质构型,需要的时间将超过整个宇宙的年龄。“现在通过使用AI技术,可以在很短的时间内精确算出蛋白质的三维构象,科学家们还在进一步探索运用AI根据特定的功能需求设计自然界不存在的蛋白质或改造已有的蛋白质。”计算生物学家、分子之...
纳米抗体在蛋白构象研究中的应用
能够以较高亲和力结合靶蛋白,同时减少其构象异质性并稳定多蛋白复合物,纳米抗体(nanobody,Nb)衍生的巨型抗体(megabodies)在辅助单粒子冷冻电镜(single-particlecryo-EM)下确定蛋白质结构方面展示了其优势,Uchański等通过将纳米抗体(nanobody,Nb)嫁接到选定的支架蛋白质上以产生稳定和有效折叠的单体...
生命演化偏爱单一手性:为何蛋白质几乎都是“左撇子”?
1.对映体:指互为物体与镜像关系的立体异构体,它们具有相同的分子式但空间排列不同。互为对映体的分子一个具有左旋性,一个具有右旋性。2.手性分子:指具有手性中心的分子结构,其中手性中心通常是一个连有四个不相同原子或基团的碳原子(手性碳原子)。3.二肽:二肽是由两个氨基酸残基通过肽键连接而成的分子。...
AFM|医科院王洪亮/叶军/刘玉玲:丝素蛋白多功能水凝胶促进组织修复...
步骤2:颗粒的热响应自组装成可逆凝聚物或不可逆凝胶状态。图2.丝素蛋白(SF)的链构型和构象示意图。a)SF重链一级结构的示意图。a)12个结晶结构域中的每一个在长度和序列上略有不同,而11个无定形结构域几乎相同。给出结晶结构域之一的氨基酸序列以突出蛋白质的重复性质。b)家蚕的等级结构组织。i)天然纤维内...
新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造
4.物化性质原则:应具有不同的物化性质,如溶解度、极性和脂溶性。这有助于研究这些性质与生物活性之间的关系,并为模型提供更全面的信息。5.结构活性关系原则:应具有相同或者相似的基本活性结构特征,以便更好地理解结构与活性之间的关系。这可以通过分析活性类似化合物的结构来实现,例如共同的药效团或子结构。
北京师范大学赵常贵课题组ACS Catalysis:平面手性环蕃烷的不对称...
构效关系研究表明,平面手性环蕃烷的构象稳定性对药物分子的活性具有较大影响(www.e993.com)2024年10月2日。构象稳定的平面手性大环分子有助于增强其与靶向蛋白的结合力,从而产生更强的生物活性(图一)。因此,发展催化不对称合成平面手性环蕃烷分子的新方法、并研究其构象稳定性,无疑对相关药物分子设计具有重要意义。
新冠研究先锋!高福院士团队2023年新冠相关研究成果集锦|疫苗|抗体...
Omicron不断变异产生新毒株,持续监测它们的免疫逃避是防疫的关键。2023年3月19日,高福团队在CellReportsMedicine上发表研究文章,针对BQ.1.1和XBB等新变体更新了77个单克隆抗体的中和图谱,发现BA.4/5、BQ.1.1和XBB进一步逃逸既往抗体,揭示了抗原构象在单抗功能中的重要作用。
拿下诺贝尔物理学奖的他,想讲明白生命是什么
这一重排也许只影响这个基因的一个小小的区域,而且可能发生了大量不同的重排。将实际的构型从任何可能的同分异构分子中区别开来的能量阈值一定要足够大(与一个原子的平均热能相比),大到足够将之转化为一个罕见事件,这些罕见事件就是我们所说的自发突变。
不同几何构型虾青素的体外抗氧化作用及对秀丽隐杆线虫氧化应激的...
2、不同几何构型虾青素的体外抗氧化活性2.1DPPH自由基清除能力9-顺式、13-顺式和全反式虾青素对DPPH自由基的清除率都随着质量浓度的增大而提高,虾青素在质量浓度20~100μg/mL范围内,9-顺式对DPPH自由基清除率质量浓度高于13-顺式和全反式。不同几何构型虾青素清除DPPH自由基的半抑制浓度(IC50)没有显著区...
西湖大学冷冻电镜解析新冠病毒细胞受体结构:“开关”双构象
研究团队从418140个选定的粒子中以2.9??的总分辨率进行了3D重建,该复合物以异二聚体的二聚体形式存在。团队从同一数据集中提取了ACE2同型二聚体中PD的两个构型,即开放和关闭。复合物“开放(open)”和“关闭(closed)”两种构象结构比较表明,两种构象的变化仅通过PD结构域的旋转而实现,其余复合物几乎保持不变...