蛋白质设计再突破!麻省理工团队利用人工智能与梯度优化开发新策略

在蛋白质设计中应用梯度下降,可以将AlphaFold2预测的新蛋白质结构与所需的蛋白质结构进行比较,并使科学家得以进一步优化他们新设计的氨基酸链和由此产生的结构,后者在很大程度上决定了蛋白质的稳定性和功能。图|人工蛋白质设计流程示意图该方法的独特之处在于,它打破了传统设计方法的局限。以往在设计蛋白质时,通...

图神经网络在欺诈检测与蛋白质功能预测中的应用概述

金融交易网络和蛋白质结构存在共同特征:它们在欧几里得(x,y)空间中难以建模,需要通过复杂、大规模且异构的图结构进行精确编码和表征。图是表示关系数据的自然结构范式,特别是在金融网络和蛋白质结构等领域。这类图能够捕捉实体间的复杂关系和交互模式,例如金融系统中的账户间交易或蛋白质中氨基酸的空间连接与相互作用。

Science重磅:AI完成定向蛋白质进化,特性提升100倍

蛋白质语言模型通过大规模序列数据库训练,能够捕捉蛋白质序列与其结构和功能之间的复杂关系。然而,这些模型在优化蛋白质活性时表现有限,在优化蛋白质活性时,它们难以精准捕捉复杂适应度景观,特别是在涉及蛋白质非结合特征的任务中。为突破这一困境,研究团队开发了EVOLVEpro。该平台结合深度学习与主动学习策略,不仅降低...

自由意志是一场幻觉吗?

它利用了一种源自蓝绿藻类的蛋白质,该蛋白质位于细胞膜内,具有光敏性,即当光线照射到这种蛋白质上,它们就会打开细胞膜内的通道,让带电原子(或离子)穿过。这种蛋白质与我们眼睛中用来检测光线的蛋白质相关,正是膜内离子通道的开启,驱动了神经细胞“放电”或发送强烈的电信号。卡尔·迪塞罗斯(KarlDeisseroth)、爱德...

PNAS:颜宁团队以《荷塘月色》为灵感,报道结构生物学研究新范式

由于TLP-1原纤维是从环境中收集的,预测结构与TLP-1相似的蛋白在UniProt数据库中都没有特定的功能注释。虽然对实验结构没有得到任何相似的折叠,但他们在检索到的许多相近序列中发现了一个有趣的特征,即所有检索到的细菌起源的实验结构都是通过DSE机制组装的菌毛。

Nat Aging:阿尔茨海默病中APOE-ε4依赖性/非依赖性蛋白质特征

在剩余的APOE-ε4依赖性蛋白中,有8种广泛表达,包括在脑组织中,4种在其他组织中升高(www.e993.com)2024年11月28日。作者没有检测到17种APOE-ε4依赖性蛋白的任何显著富集的分子特征或GO项(补充表8)。然而,对测量和推断的物理蛋白质相互作用(PPIs)的网络分析显示,APOE-ε4依赖性蛋白质直接与参与微管和着丝粒功能、神经元反应和发育、神经炎症...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型的准确性。八大最火课程01、深度学习蛋白质设计02、CADD计算机辅助药物设计03、AIDD人工智能药物发现与...

湖北工业大学2025考研招生自命题科目考试大纲:338生物化学

脂质的结构特征、分类和理化性质,常见的脂酰甘油类、磷脂类、萜类和类固醇等。4.蛋白质蛋白质的化学组成与分类,氨基酸的分类和理化性质,蛋白质的共价结构,蛋白质的三维结构,蛋白质结构与功能的关系,蛋白质的分离、纯化及鉴定。5.酶酶的化学本质与生物学意义,酶的分类及命名,酶的分离纯化及活力测定,酶促反...

Nature评选今年值得关注的七大科技:蛋白质设计、脑机接口、细胞...

ONE基于膨胀显微成像技术,将样品中的蛋白质与水凝胶基质进行化学耦合,再将蛋白质酶解,随后让水凝胶的体积膨胀到1000倍。蛋白碎片因此在各个方向上被均匀拉伸,既保留了蛋白质结构,又让使用者能够使用常见共聚焦显微镜,分辨出原本仅仅相隔几纳米的特征。在谈到蛋白质的特征形状时,里佐利说:“我们提取抗体,将它们放入凝胶...

医用级原生液体胶原肽,口服胶原肽界的新未来

01、动物源提取:称为动物源胶原蛋白,是通过从动物组织中提取的生物高分子蛋白质,主要来源于猪皮、牛皮和鱼皮等,通常通过酸法和酶法提取制作而成,它具有工艺纯熟、成本可控、生物活性高等特点。动物胶原蛋白的主要优缺点为:(1)、生物活性高,提取自自然生物组织;(2)、拥有完整且稳定的三螺旋结构,同源度高,与人体...