从头设计「超难」癌症抗体,大卫贝克团队AI生物计算方法的新应用

图示:计算设计方法。(来源:论文)该团队探索了两种不同的蛋白质设计方法来设计Ras异构体特异性结合物(RIB)。第一种方法是将无序区域(IDR)的序列穿过来自logos(logos库A)的~800个蛋白质支架,这些支架具有特定的氨基酸识别口袋,这些口袋排列成结合一系列扩展构象中的不同序列。第二种方法是通过...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

long-readcDNA方法能直接检测全长转录异构体,从而移除或大幅减少检测偏好,提高差异表达转录本分析的准确率。而以上这些方法都依赖于cDNA转换,这一过程抹去了有关RNA碱基修饰的信息,而且也只能粗略估计多聚腺苷酸(poly(A))尾巴的长度,而directRNA-seq可以直接分析全长转录本异构体、度量碱基修饰(比如N6-甲基腺苷(...

C-H活化,背靠背两篇Science!|基化|底物|配体|手性|阳离子_网易订阅

在ζ消除之前观察到一个非选择性的β-消除途径,给出单一的十氢萘区域异构体,表明区域收敛是在发挥作用。为了证实这一观察结果,将异构体1-,2-和3-(2-皮考基)环癸烷-1-醇(分别为1.2,1.3和1.4)进行跨环ζ消除(Fig.2C)。在所有情况下,decalins(2.2a-2.2c)的产率和比例相当,证实了假设的区域收敛性,并...

药渡Cyber解析艾伯维公司的选择性TYK2抑制剂ABBV-712的发现和优化...

根据肝细胞清除率数据(表6),采用体外体内外推法(IVIVE)计算人体预测清除率(0.5L/h/kg)。以人TYK2全血EC90值(0.33μg/mL)作为Css的靶点计算预测人类有效AUC(6.8μg/mL*h)。EC90值是为了通过抑制该途径获得最大的疗效,尽管保持Css>EC50有望提供可测量的疗效反应。利用这些参数,计算出人体初始有效剂量为350mg。

新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造|化合...

3D-QSAR(三维定量构效关系)则是一种基于分子的三维结构和生物活性之间的关系来预测和解释化合物的活性的方法。它通过考虑分子的空间构型、电荷分布、立体异构体等信息来构建模型。2D-QSAR的优点是计算速度快,模型构建相对简单,并且可以使用大量已知的分子信息进行预测,可以用于研究药物的ADME对活性的影响。然而,它忽...

??南京大学曹毅、王炜/北海道大学龚剑萍等合作,最新Nature...

AZBC-N裂解的计算研究为了研究顺反异构如何影响AZB的力学响应,作者进行了量子化学计算,并使用人工力诱导反应(AFIR)方法在力修正势能面(FMPES)上探索了C-N键断裂的TS(www.e993.com)2024年11月3日。图5a和b显示了4-AZB异构体在初始状态(IS)和300pN力作用下的TS结构。作者测量了偶氮苯分子中两个锚定位置之间距离的变化ΔD,即TS相对...

美国药品专利期限延长法律制度研究|专利权|美国法典|联邦公报...

(一)延长期限的计算方法35U.S.C.156(c)(3)、(g)(6),37C.F.R.1.775以及MPEP第2758节对PTE延长期限的计算方法作出如下规定:延长期限=RRP-PGRRP-DD-??(TP-PGTP),其中,根据35U.S.C.156(c),“RRP”是指监管审查期间(regulatoryreviewperiod)的总天数,“PGRRP”是指...

...exo-trig Heck羰基化串联反应合成二苯氮杂卓酮类阻转异构体

钯催化的分子内不对称Heck羰基化反应是构建含有手性季碳的五元环和六元环有效方法,这类反应通常经过对烯烃的环化碳钯化形成关键的烷基钯中间体,该中间体由于不含β-H无法进行β-H消除反应而产生季碳中心手性,进而发生CO插入生成结构丰富多样的羰基化合物。目前,由于手性配体的高速发展,分子内不对称Heck羰基化反应构建...

学会计算四级分数:交白卷都不会得零分

(一般省份425分也算通过)。那么了解100分到710分两种分制直接如何换算才是你制胜的法宝。它们之间有一个复杂的计算公式,涉及很多函数还要考虑考生排名和正态分布。这个公式我们是很难弄懂的,但是英语四六级委员会的专家通过特殊的软件给出了一套估分公式,即标准分转化表,只要知道这个转化表,通过查表法即可算出自己...

邀请函 | ACD/Labs与您相约2023PDQC药物工艺开发及质量控制会议

研究者可以将典型批次色谱图整合至项目数据库中,并根据监测数据追踪杂质来源、去除方式等,自动计算清除率。研究者可以基于上述杂质控制图、多批次数据汇总、工艺过程的杂质清除率数据,质量标准制定提供依据。单一步骤和多步反应清除率计算公式及结果如下:强制降解研究...