探索蛋白质结构解析的新途径与方法
1.冷冻电子显微镜(cryo-EM):冷冻电子显微镜是近年来蛋白质结构解析领域的重要突破之一。与传统的X射线晶体学不同,cryo-EM技术不需要蛋白质的晶体样品,而是通过冷冻和电子显微镜技术直接观察和分析蛋白质的结构。这种方法对于大型和难溶解的蛋白质非常有优势,使得蛋白质结构解析更加便捷和高效。2.蛋白质动力学分析:蛋白...
蛋白质结构的解析方法:如何揭示蛋白质的三维构象?
核磁共振是另一种用于解析蛋白质结构的重要方法。它基于原子核在磁场中的共振行为,通过测量核磁共振信号来获得蛋白质的结构信息。与X射线晶体学不同,NMR可以在溶液中研究蛋白质的结构,因此适用于那些难以结晶的蛋白质。NMR可以提供关于蛋白质的动态性和溶液环境中的结构信息,对于研究蛋白质的折叠和结构动力学非常有价值。
...马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构冷冻电镜解析...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
...马剑鹏团队开发先进智能算法,大幅提升蛋白质结构冷冻电镜解析...
该算法不但能够成功地解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度(www.e993.com)2024年9月16日。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而,这两种方法均无法对不同...
追问|蛋白质结构预测模型再升级,解锁新功能直接作用药物设计
首先,传统的药物筛选需要有明确的靶标,并确定靶标表面与药物小分子或配体小分子结合的部位,而新模型可以直接预测合适的靶标结合位置,“因此我们有可能针对全新靶标进行结构预测,并以此开发创新药。”常珊说。此外,在蛋白质和药物的相互作用中,两者形状构象都在发生变化,而传统方法很难对两者可能产生的协同变化进行...
科学家解析光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体结构,助推原核生物光合...
“这些高分辨率的结构,清晰地揭示了光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体(Reactioncenter-Lightharvesting,RC-LH)中所有蛋白质亚基和色素分子的组成和空间排布。而对其理化性质的研究,则进一步扩展了人们对不放氧光合系统的多样性,以及分子进化的认识,有助于通过合成生物学方法,将这一简单独特的光合系统应用于光生物电化...
不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生
Anfinsen发现,展开或错误折叠的蛋白质可以自发地重新折叠成它们的正确结构。他的发现证明了蛋白质从其内部编码(来自氨基酸)形成其三维形状,这后来为他赢得了诺贝尔奖。Anfinsen假设,应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的形状。这就是后来广为人知的蛋白质折叠问题。一旦多肽链组装完成,蛋白质就可以在千分...
AI 对科学探索推动的边界在哪?蛋白质、气象等领域专家共话AI4S |...
第一个方向是从数据结构出发,寻找本征的数据刻画空间。在分子的3D结构表示中,团队提出保留二面角自由度、移除其他冗余自由度的方法并将所有分子进行碎片切割处理成此数据结构,进而应用于分子生成。对于蛋白质的数据结构,团队探索了将蛋白质从时空间映射到谱空间的技术,以实现几何和化学信息的统一表示。