青科沙龙第118期 | Cell-叶绿体蛋白转运系统的结构与功能研究
利用冷冻电镜技术,团队试图解析这一超级复合物的结构,以确认马达蛋白的身份。从模糊的电镜图像中,闫浈团队初步推测,是TOC-TIC与Ycf2-FtsHi复合体共同组成了这一超级复合物。即,马达可能是Ycf2-FtsHi复合体。运用基因编辑技术以标签「牵」出复合物这一思路,闫浈实验室从拟南芥中纯化出内源性的Ycf2-F...
谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型的准确性。八大最火课程01、深度学习蛋白质设计02、CADD计算机辅助药物设计03、AIDD人工智能药物发现与...
Nature | 蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质...
具体步骤包括将蛋白质样品加载至纳米孔装置中,并通过电压驱动蛋白质链穿过纳米孔。ClpX解折酶的作用下,蛋白质被逐步解折,并以一定的速度通过孔道,产生特定的电流信号。这些信号被归类为“YYdips”和“variableregions(VRs)”,分别对应于双酪氨酸标记区域和可变区域。通过PASTOR技术检测单个氨基酸替换以及ClpX解折...
AI革新:蛋白质设计新突破,助力癌症与痴呆症研究-虎嗅网
自20世纪60年代起,科学家们对蛋白质的研究就开始了,当时主要靠X射线和核磁共振(NMR)等传统技术来解析其结构。随着对蛋白质生物化学机制认识的深化和计算技术的迅猛进步,研究者们开始转向计算方法来预测蛋白质的结构。2016年,许锦波团队开创性地将深度残差网络(ResNet)运用于结构预测,显著提升了蛋白质残基接...
质谱技术揭秘蛋白质:从结构到功能的深度解析
质谱技术与其他结构生物学方法(如X射线晶体学和核磁共振)结合,可以用于蛋白质的结构研究。质谱数据可以提供关于蛋白质的碎片离子和氨基酸序列的信息,进而推断蛋白质的结构。三、质谱技术的关键步骤质谱技术涉及几个关键步骤:1.样品制备:样品制备是质谱分析的前提。样品的纯化和处理对于质谱分析的准确性和可靠性至关...
...马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构冷冻电镜解析...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布(www.e993.com)2024年9月16日。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
tdTomato荧光蛋白质结构和特点,荧光峰值波长,荧光蛋白的定制
结构:tdTomato是由233个氨基酸组成的蛋白质,具有β-桶结构,内部包含荧光色团。与其他红色荧光蛋白相比,tdTomato在温度和酸碱条件下都相对稳定。荧光特性:tdTomato的荧光峰值波长约为581纳米,适合用于红色荧光成像和实验。tdTomato常被用作细胞标记的荧光标记物,在活细胞成像和追踪实验中发挥作用。
科学家成功解析叶绿体基因转录蛋白质机器构造
科学家成功解析叶绿体基因转录蛋白质机器构造叶绿体中的光合作用将光能转化为化学能,吸收二氧化碳,释放氧气,是地球生物圈的重要塑造者。叶绿体约在15亿年前通过蓝藻内共生进化而来。在进化过程中,叶绿体基因要么被废弃,要么逐渐转移到细胞核染色体中,导致多数陆地植物叶绿体基因组只保留了110-130个基因。其中,大部分基因...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
图4.DeepMSA2蛋白质单体MSA构建算法(DeepMSA2-Monomer)。对于蛋白质复互作合物MSA构建(图5),每条组分链都可以通过单体MSA构建步骤得到10个排好序的MSA,可选取每条组分链的前M个排名最高的单体MSA与所有其他链的单体MSA配对,从而得到MN个联合MSA(N是复合体中不同组分单链的数量)。然后,每个联合MSA中的...
中科大揭示了核仁腔的组成和调控机制
课题组长期专注于核仁的基因表达调控和结构维持,相继发现(1)核仁应激导致的错误核糖体RNA的积累会诱导反义核糖体小干扰RNA形成和激活核仁RNA干扰通路;(2)发现应激会导致核仁蛋白的错误转位;(3)本研究进一步指出应激导致的核糖体RNA中间体的积累还会影响核仁的结构维持。这些工作表明了核仁调控在生物学过程中的高度复杂性...