科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
O'Neill实验室的一位大学生在对基因组数据库进行保守序列筛查时,兴奋地发现大量物种间均存在一个相同的序列。然而当他尝试在实验室重复这些结果时却失败了。这位学生不禁开始质疑数据库基因组是否存在污染,于是他与实验室的同事合作对四个公共数据库(UCSCGenomeBrowser数据库,NCBI的GenBank数据库,DOEJointGenome...
病例分享丨党双锁教授:5个月宝宝进行性黄疸加重,竟是一种遗传病?
不同物种的LARS蛋白比对显示,D456氨基酸为保守序列。生物信息分析结果表明,c.1367A>G经SIFT、Polyphen2及Mutation_Taster均预测有害,为可能致病性突变;c.2212+1G>T经HumanSplicingFinder预测影响剪切。诊断结合患儿临床表现,最终诊断为婴儿肝衰竭综合征1型(ILFS1),LARS基因复合杂合变异,新发的、致病性变异。...
核酸检测11次才确诊:是变异病毒“太狡猾”还是“照妖镜”不够灵?
根据圣湘生物介绍,“之前的试剂盒以新型冠状病毒(SARS-CoV-2)ORF1ab基因及编码核衣壳蛋白N基因的特异性保守序列为靶区域,进行了双靶标基因的设计。对照突变毒株B.1.1.7包含的基因组突变列表,尚无突变落在试剂盒设计的靶标区域,通过专业的生物信息学分析,圣湘生物已经上市的新冠核酸检测试剂盒可覆盖B.1.1....
新冠病毒检测工具,除了核酸试剂盒还有什么?
基于病毒基因保守序列的RT-PCR检测方法,是呼吸道病毒检测的常用方法,本次新冠病毒检测也同样适用。该方法通过对病毒RNA进行提取、逆转录、PCR扩增病毒保守序列(RdRP基因(特异性靶点)、E蛋白基因、N蛋白基因以及一个鉴定保守基因S区位点;可以只检测RdRP基因或者选择RdRP基因和其他多个基因确认),扩增体系中的荧光蛋白会结合...
权威解答丨核酸检测11次才确诊:是变异病毒“太狡猾”还是“照妖镜...
根据圣湘生物介绍,“之前的试剂盒以新型冠状病毒(SARS-CoV-2)ORF1ab基因及编码核衣壳蛋白N基因的特异性保守序列为靶区域,进行了双靶标基因的设计。对照突变毒株B.1.1.7包含的基因组突变列表,尚无突变落在试剂盒设计的靶标区域,通过专业的生物信息学分析,圣湘生物已经上市的新冠核酸检测试剂盒可覆盖B.1.1.7突变毒...
国家自然科学基金委员会发布七个2023年度项目指南
1.bulkTCR/BCR测序数据标准:外周血单样本clonotypes平均值不低于300,000种,组织样本clonotypes平均值不低于100,000种,单样本测序量不低于2Gbp(其中有效clonotype的定义为:能够组装出的全长氨基酸序列且不包含终止密码子,具有明确的胚系V和J基因ID信息,同时CDR3区域具有典型的保守序列)(www.e993.com)2024年10月17日。2.bulkRNA-Seq测序标...
碳青霉烯类耐药性在人源和动物源产NDM酶大肠埃希菌间的传播丨...
(四)动物源和人源NDM阳性大肠杆菌间的保守序列分型由于NDM是CREC菌株中主要的碳青霉烯酶,因此利用生物信息学手段进一步研究了动物源和人源NDM阳性大肠杆菌间的关系。用463株NDM阳性大肠杆菌和463株随机选择匹配的NDM阴性大肠杆菌(1∶1)构建了基于序列分型(sequencingtypes,STs)的最小生成树,其菌株来源组成为人(...
特别关注|丁型肝炎病毒RNA检测的临床意义与方法|丁型肝炎病毒|丁...
常规反转录PCR:提取并纯化待测患者血液中的RNA成分,将其反转录所得cDNA作为扩增模板,选用一对HDV保守序列特异的引物,通过一定循环次数的变性、退火、延伸,获得所需片段的拷贝。Madejón等[41]用RT-PCR产物进行Southern印记杂交,发现常规PCR方法检测HDVRNA比狭缝杂交要灵敏10000倍。
专家论坛|张振锋:丁型肝炎抗体检测方法比较分析|丁型肝炎抗体|...
丁型肝炎的筛查通常首先检测血清中的抗-HD抗体包括IgG和IgM,然后对阳性者再进行HDVRNA的验证。除了筛查之外,抗-HD抗体尤其是IgM也是丁型肝炎疾病状态的一项重要指标。因此有必要对抗-HD抗体检测的方法进行认真分析。1HDV抗原的特征和抗体的诊断意义HDV的基因组为单链环形反义RNA,仅约1680个核苷酸(图1)。HDV...
《食品科学》:上海海洋大学孙晓红教授等:金黄色葡萄球菌RAA-LFD...
以4株金黄色葡萄球菌和10株非金黄色葡萄球菌的基因组DNA为模板,对RAA进行特异性分析。如图3所示,4株金黄色葡萄球菌在试纸条T线有阳性条带出现,而其他10株病原菌经扩增后在试纸条T线位置未出现阳性条带,表明基于nuc基因保守序列设计的金黄色葡萄球菌扩增引物具有高度特异性。