重磅突破!AI 填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发

然而,结构生物学领域历来专注于研究折叠成稳定3D结构的蛋白质和核酸,目前对蛋白质在细胞中如何发挥功能的理解大多基于“序列-结构-功能”关系这一概念。而真核生物中约有30%的蛋白质并不折叠成稳定的3D结构,这些动态变形的蛋白质就是IDPs,或者当它们位于其他结构化蛋白质域的背景下时,被称为“固有无...

...杨茂君破译线粒体超大分子量多酶复合物的全景空间结构及组装机制

二者同属α-酮酸脱氢酶复合体家族(OADHcfamily)1,该家族成员主要由三个种类的酶单元多聚构成:(E1)α-酮酸脱氢酶家族蛋白;(E2)酰基转移酶家族蛋白;(E3)黄素蛋白;其分子量在4到10兆道尔顿(MDa)之间。长期研究表明,OADHc在线粒体内多条能量代谢通路上均发挥重要作用。其中,PDHc作为糖代谢过程中的门...

东北农业大学李柏良教授、郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性

含量略少于PAS6/7的BTN是免疫球蛋白家族的受体蛋白,泌乳时富集在细胞质膜顶端和MFGM,是乳腺中唯一的I型跨膜糖蛋白,胞外含有两个免疫球蛋白家族的结构域,为跨膜结构域和胞内结构域。在髓磷脂少突细胞糖蛋白中,这两个结构域在结构上类似于免疫球蛋白折叠,胞外结构域和大多数蛋白的羧基端都含有锌指结构域,独特的...

Nature与Science同时出王炸!生命科学领域又一位“天才少年”诞生...

b)RFdiffusion实现蛋白结构设计蛋白Binder生成蛋白骨架设计单体蛋白从头生成多聚体蛋白从头生成RoseTTAFoldAll-Atom大模型的介绍c)Chroma的基本构架与实现蛋白构象空间全空间采样d)ProteinGenerator蛋白质骨架与序列设计与rfdiffusion的异同e)蛋白设计案例实操第五天lecture5蛋白大语言模型的应用a)ProGEN...

...Res | 浙江大学朱永群团队揭示了细菌鞭毛运动旋转开关的结构基础

CheY蛋白的结合诱导了C环向MS环的显著向上移动和其原聚物向马达中心的向内运动,最终重塑了FliG亚基的结构,逆转了α扭矩螺旋的方向和表面静电势,从而引发了逆时针到顺时针的旋转切换。FliG亚基的构象变化表明,在旋转开关过程中,电机上的定子单元需要在内膜中重新定位。

Cell | 揭秘纤毛内运输的奥秘:逆向纤毛内运输的分子结构新发现

货物结合位点:逆向和顺向IFT列车在货物结合位点的构象上存在显著差异(www.e993.com)2024年11月8日。例如,顺向列车中特有的货物结合位点在逆向列车中被遮蔽,确保了货物的单向运输。通过交联质谱数据分析,研究人员识别出了689个残基间的相互作用,其中包括48个IFT复合物蛋白的交联。这些交联在逆向模型中显示为合理的距离,进一步验证了其结构模型。这种结...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

基于AF的蛋白-蛋白对接/蛋白-多肽对接利用AF2做多构象预测和功能发现基于AF2的环肽设计d)trrosetta幻想设计e)基于ProteinMPNN的蛋白质设计MPNN模型简介设计流程方法比较第四天蛋白质的从头生成模型a)扩散模型b)RFdiffusion实现蛋白结构设计蛋白Binder生成蛋白骨架设计单体蛋白从头生成多聚体蛋白从头生成...

AI又一突破!填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发病机制

01哥本哈根大学、圣裘德儿童研究医院和伊利诺伊理工学院的研究团队推出了一种设计具有特定结构性质的蛋白质变体的通用算法。02IDPs是一种无法折叠成稳定或有序三维结构的蛋白质,被认为在健康系统和各种疾病的病理生理学中都具有重要的生物学意义。03该算法利用粗粒度模拟和自由能计算,结合蒙特卡洛采样方法,在序列空间中...

武汉病毒所在版纳病毒结构组装研究方面取得新进展

解析VP1(RdRp),VP2(内衣壳蛋白)、VP4(穿膜蛋白)、VP8(外衣壳主要蛋白)、VP9(受体识别蛋白)、VP10(胶水蛋白)的原子分辨率结构(图1)。在所有结构蛋白中,VP10具有独特属性,与内衣壳、外衣壳和刺突分别发生直接相互作用而稳定整个病毒粒子。此外,病毒单个刺突为VP4与VP9组成的异源六聚体,与其他光滑型呼肠孤病毒...

David Baker最新Science论文:AI从头设计蛋白,用作生物传感器

该研究利用人工智能从头设计了一种带有中心空腔的、小分子量的假环肽,可以通过改变重复单元的数量来扩大或缩小,以匹配目标配体的大小。研究团队展示了这种假环肽的两种应用:1)作为一个结构域结合到一个更大的、全新设计的蛋白质中;2)用于小分子传感的纳米孔融合以及用于化学诱导二聚化的分裂蛋白。这些发现将为蛋白...