利用人工智能精准预测卵巢癌患者生存结果
整合患者数据、全外显子组测序(WES)、全转录组测序(WTS)结果、药物反应谱以及数字病理谱等多维度信息,作为构建多组学ML模型训练的全面输入特征集合。采用无假设训练的ML模型,针对患者的2年和5年生存阈值进行分类预测。为评估该模型的性能,采用受试者工作特征曲线下面积(AUROC)作为衡量标准,其中AUROC评分≥0.5被视为...
中国生命科学领域的又一台光刻机:华大集团发布纳米孔基因测序仪
长指的是:和短读长测序技术相比,使用CycloneSEQ测序技术读取的基因序列要长得多,覆盖长度的范围也比较全面。目前最长能达到Mbp级别,平均一个基因组测序下来能做到30Kbp—50Kbp的N50基因长度,也就是说从短到长都能测。快指的是:CycloneSEQ测序仪的单条链过孔速度达到350nt/s—420nt/s,而且能...
北京医院张瑞团队:首次揭示真实世界多中心转录组测序的研究结果
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。过去10年中,社区中RNA-seq的质量评估...
用益生菌帮助抗癌!《自然》:全新细菌疫苗一箭双雕,清除肿瘤还能...
在实验中,作者测试的是CT26小鼠结直肠癌细胞系,他们对其进行了外显子与转录组测序。根据测序结果与现有数据库的比对,研究从中确认了CT26特异性的突变序列,并从中筛选出了最合适的新生抗原序列。▲改造大肠杆菌可以有望带来癌症细菌疫苗的治疗策略(图片来源:参考资料[1])除了将新生抗原序列插入Nissle1917的基因中,...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
short-readRNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的解释,比如正确地识别和定量一个基因的多个转录异构体。这一局限与研究特别长或特别多变的转录异构体尤其相关。如...
华大集团发布纳米孔基因测序新品,CEO尹烨:未来测序成本有望降至10...
根据发布会信息,WT02是一款中通量的纳米孔基因测序仪,小巧便携,采用双芯片架构,支持独立运行,具有灵活的通量选择(www.e993.com)2024年10月18日。该产品单次测序成本低、无需凑样、随测随停,能实时输出测序结果。WY01是一台高通量纳米孔测序仪,配套高通量高密度芯片,不仅具有超长读长和持久续测等性能,更能够全面覆盖复杂基因组序列。该...
...序源获华大智造DNBelab C系列服务商认证,全面赋能单细胞测序服务
康圣序源基于这三种平台,提供单细胞二代转录组、单细胞三代全长转录组、单细胞三代全长转录组多重阵列测序、单细胞免疫组库和单细胞ATAC测序等,能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性,在肿瘤学、发育生物学、神经科学和个性化医疗等领域发挥重要作用。
【单细胞测序系列】只做转录组不做蛋白组,意义少一半?
基因表达包含两个基本阶段:转录和翻译,理论认为RNA和蛋白质水平之间存在很强的相关性。但是在本篇实验同时做了WTA和蛋白水平检测(D-H结果),如上发现这一说法并不准确。3哪些指标差异较大?mRNA和蛋白质水平之间的差异有四种模式:●第一组表面标志(CD38、CD28、CD69、CD14、FCGR3A、ENTPD1、SELL、FAS、...
郭靖涛团队合作解码隐睾症生精障碍的病理机制
本研究共纳入46名成年隐睾症患者,通过睾丸组织单细胞转录组测序、组织学验证和精浆分泌蛋白检测等方法进行系统探究。研究结果表明,隐睾患者的精子发生障碍主要源于精原细胞受损,同时伴随着睾丸内生精微环境的功能异常,特别是肥大细胞增多和激活脱颗粒。为探究隐睾患者是否存在正常的精子发生过程,研究人员首先将隐睾患者的...
全球最大结直肠癌多组学研究:科学如何让疾病分类更准确?
在经典的CMS分型中,CMS4间质型肿瘤具有基质细胞浸润较高,转化生长因子β(TGF-β)通路激活等特征,且被普遍认为是预后较差的肿瘤,但在CRPS分型系统中,部分CMS4型肿瘤实际上被判定为预后较好的CRPS2型,而CRPS2型肿瘤具有上皮细胞特征,且在基因组20q11区域具有较多的扩增,这些结果提示整合基因组和转录组数据的分子...