专访诺奖得主David Baker:生物学非常重要,它超越了AI蛋白质设计

Top7基于特定结构设计没有任何功能,但现在我们可以设计具体各种新功能的蛋白质。Q:将蛋白质序列与功能连接起来的领域在哪里?Baker:回到Binder(蛋白质配体结合剂)设计问题,我们正在做的很多事情都是从靶点结构开始。现在使用AlphaFold,可以非常准确地生成许多蛋白质的结构。功能也很重要,因为我们想生成能够治疗疾...

PNAS:颜宁团队以《荷塘月色》为灵感,报道结构生物学研究新范式

CryoSeek的工作流程包括几个步骤:1)从自然来源收集样本;2)用过滤、浓缩等简单程序处理样品;3a)执行标准冷冻样品制备和冷冻电镜数据采集或3b)通过其他方法,如宏基因组测序和质谱分析来表征样品;4)低温电镜数据处理;5)自动建立模型;6)结合步骤3b的其他生物信息学分析结果,根据其结构识别相应的生物实体。为了证明...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

很长一段时间内，结构生物学家们用X射线晶体学、核磁共振波谱学（NMR）、冷冻电镜(Cryo-SEM)三种实验技术解析了很多蛋白质的结构。这个方法有许多弊端，例如，用时长、费用高，而且并非所有蛋白质的三维构型都能用这些实验技术解析。因此，科学家们开始尝试用计算的方法，预测蛋白质结构。1972年，诺贝尔化学奖得主、...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

下图展示了AlphaFold3对RNA修饰蛋白复合物的结构预测,该复合物包含一个蛋白质(蓝色)、一条RNA链(紫色)和两个离子(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。下图展示了AlphaFold3对一种分子复合物的结构预测,该复合物包含一种酶蛋白(蓝色)、离子(黄色球体)和单糖(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。这种酶...

诺奖2024|专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

“生命的奥秘不是纯粹的生物学问题,它不是孤立的。要研究这样一个复杂生命过程,需要用到生物、化学、物理、数学、计算机等等。”他说。以蛋白质为例。组成蛋白质的基本单元氨基酸是由一个氨基、一个羧基、一个氢原子和一个侧链基团组成。不同氨基酸的区别在于它们的侧链基团不同,这影响了它们在蛋白质结构中的相互...

深度|Anthropic CEO:强大的AI将在21世纪为我们带来什么?

我们往往缺乏能够清晰、毫不含糊地隔离生物效应的数据,或者能在一个过程中做出因果干预的数据,或者能直接测量某种效应的数据,而非通过间接或嘈杂的方式推测其结果(www.e993.com)2024年11月8日。即便是像质谱技术收集到的海量分子数据,也常常存在噪声问题,并且遗漏了很多信息,例如这些蛋白质是在什么细胞里?细胞的哪个部分?处于细胞周期的哪个阶段?。

技术变革还是炒作噱头?AI for Bio到底能做什么|AI驱动科学

输入一段给定的序列,它可以输出预测的蛋白质结构;输入一个结构,它可以预测匹配的序列。(于2024年6月25日正式发布,第一个兼具预测蛋白质序列、结构和功能的生物学生成模型,可实现生物学编程,使科学家能够理解和创造新的蛋白质,可通过ESM3的API平台获得封闭测试版。)...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

从生命科学的角度来说,蛋白质是生命体内四种主要大分子之一(另外三种分别是核酸、多糖和脂质)。在生命体内,DNA作为生命信息的载体,负责遗传信息的存储。围绕它的研究、技术及应用,构成了20世纪人类生命科学领域最重大的进步之一。而关于它的故事,从20世纪50年代双螺旋结构的发现,到当下各种新兴医疗技术的诞生,人们已经...

大模型重构生命科学!最大基础模型面世,解锁DNA超长序列

此次发布的xTrimoV3,覆盖DNA、RNA、蛋白质、细胞、小分子、生物视觉和生物知识文本等生命科学7个主流模态。在上一版本已有蛋白质和细胞两大领域基础之上,拓展到了基因组学、转录组学、细胞复杂任务、影像分析和文本分析等领域,从而支持从分子早期研发到生产放大再到后期实验分析的全流程AI建模需求。

深圳大学2025研究生考试大纲:生物化学与生物材料

生物化学考试内容和考试要求如下:1.蛋白质结构与功能重点掌握氨基酸的结构与分类,肽键与肽链;蛋白质结构与功能的关系;蛋白质的理化性质了解内容了解蛋白质分离纯化方法及步骤、多肽链中氨基酸序列分析测定的程序和基本方法。2.核酸的结构与功能...