因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

血红蛋白把铁原子包裹起来,铁原子跟氧气结合,通过这种方式把氧气运输到各个细胞里面去。最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质...

...Methods | 揭示糖基化奥秘:GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构...

Re-Glyco算法:Re-Glyco是GlycoShape的核心算法,用于将糖链连接到蛋白质结构上,以恢复糖基化后的糖蛋白三维结构。用户可以从GlycoShape数据库中选择糖链,并将其连接到蛋白质的特定糖基化位点上,从而模拟糖蛋白的原生功能形式。Re-Glyco算法通过计算蛋白质与糖链之间的空间互补性,来预测糖基化位点是否能够被占据。GlcN...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...

...郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性及其体内代谢研究进展

MFGM以磷脂双分子为骨架,外周膜蛋白以部分嵌入或松散的方式附着于磷脂双分子层上,跨膜蛋白穿过磷脂双分子层,糖脂和糖蛋白在膜的外层,胆固醇包埋在磷脂双分子层夹缝中。这些蛋白分布不对称,根据MFGM蛋白的位置可分为整合型、外周型以及与膜结合松散型蛋白,TG对极性脂质单分子层内侧的非糖基化ADPH有很强的亲和力,单层...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下longreads会替代shortreadsRNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

AlphaFold预测蛋白质基本原理图2是AlphaFold2深度学习模型架构示意图(www.e993.com)2024年11月3日。最左边的输入表示需要被预测结构的序列(inputsequence);旁边画了一个小人,代表人类的某种蛋白质。图2:AlphaFold2深度学习模型架构图丨图源:参考文献[5]接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一...

蛋白质测序结果图长什么样子

蛋白质测序是生物学研究中的一个基础步骤,它的主要目标是确定蛋白质的氨基酸序列,也就是蛋白质的主要结构。测序结果通常会以图形的方式展示,以帮助研究者更好地理解蛋白质的结构和功能。一、一般样式一般来说,蛋白质测序结果的展示图主要包括两部分:氨基酸序列和配对图。氨基酸序列通常以水平线条的形式展示,每一个...

地球生命源于外太空?到底是先有DNA,还是先有蛋白质?

生命的起源形式:先有DNA还是先有蛋白质?我们知道,一个细胞的结构大致是由一层具有保护功能的脂质细胞膜包裹着核酸(DNA或RNA)和各种蛋白质。其中,细胞遗传物质编码的蛋白质相当于活体细胞中的螺丝、弹簧和齿轮等所有运转部件,以维持细胞生活所需的能量、养分。

生命演化偏爱单一手性:为何蛋白质几乎都是“左撇子”?

具有手性的氨基酸分子决定着我们在地球的存在方式。科学家针对蛋白质分子在生命演化过程中“左撇子”特性的研究工作,为探索生命起源提供了一把开启谜团的钥匙。正如文艺复兴时期著名的“左撇子”艺术家列奥纳多??达??芬奇引以为傲的“镜像书写方式”(从右向左书写,而且每个字母都是逆向的;镜像书写内容需要用镜子反射才能...

浙江海洋大学2025年研究生初试自命题科目考试大纲--生物与医药

1、生物大分子的结构1)糖类:糖的分类;重要单糖、寡糖和多糖的基本化学结构和性质。2)脂质:脂质的分类,脂肪、磷脂、糖脂、类固醇的基本结构及化学性质,脂质的提取、分离与分析基本方法。3)蛋白质:氨基酸的一般结构、分类与理化性质;氨基酸混合物分离纯化的一般原理与方法;蛋白质一级结构的特征;蛋白质的高级结构的...